98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3466 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3466  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  100 
 
 		 224 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201288  normal  0.713984 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2275  glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal  86.78 
 
 		 227 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.225316  hitchhiker  0.00959584 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2584  hypothetical protein  86.78 
 
 		 227 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0278158  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2249  glutamate synthase alpha subunit  87.05 
 
 		 224 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191415 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3523  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  71.04 
 
 		 242 aa  328  3e-89  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0202692 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1345  glutamate synthase, alpha subunit-like  68.61 
 
 		 227 aa  304  9.000000000000001e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4696  glutamate synthase family protein  65.2 
 
 		 235 aa  303  1.0000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.917164 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1939  glutamate synthase alpha subunit domain protein  63.76 
 
 		 229 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4805  glutamate synthase alpha subunit domain protein  67.12 
 
 		 247 aa  302  3.0000000000000004e-81  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1657  glutamate synthase alpha subunit  63.32 
 
 		 229 aa  300  9e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1574  glutamate synthase alpha subunit domain protein  62.88 
 
 		 229 aa  300  9e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5511  glutamate synthase alpha subunit  66.22 
 
 		 228 aa  300  9e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21487 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4983  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  63.96 
 
 		 238 aa  296  2e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5262  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  64.41 
 
 		 238 aa  296  2e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.221211 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4894  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  63.96 
 
 		 238 aa  296  2e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1298  glutamate synthase alpha subunit  65.16 
 
 		 227 aa  293  1e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.186101  normal  0.822119 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5639  glutamate synthase alpha subunit domain protein  62.72 
 
 		 228 aa  293  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.55547  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6576  glutamate synthase alpha subunit domain protein  61.57 
 
 		 228 aa  291  7e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.026671 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3292  glutamate synthase alpha subunit  63.32 
 
 		 228 aa  291  8e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6007  glutamate synthase alpha subunit  60.96 
 
 		 228 aa  290  1e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.607641  decreased coverage  0.00322278 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5750  formyl-methanofuran dehydrogenase  59.65 
 
 		 228 aa  285  2.9999999999999996e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1869  putative glutamate synthase  58.48 
 
 		 225 aa  280  1e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.310557  normal  0.791624 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1943  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  61.23 
 
 		 227 aa  280  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.513232 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1137  formyl-methanofuran dehydrogenase subunit C  61.57 
 
 		 229 aa  278  3e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.165169 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4809  glutamate synthase alpha subunit  61.57 
 
 		 229 aa  278  5e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453145  hitchhiker  0.00411559 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0458  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  62.39 
 
 		 230 aa  273  1.0000000000000001e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.951315  normal  0.387952 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3032  glutamate synthase alpha subunit  62.95 
 
 		 228 aa  271  5.000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.54309 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1700  glutamate synthase alpha subunit domain protein  59.82 
 
 		 236 aa  262  3e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5920  glutamate synthase alpha subunit  58.77 
 
 		 232 aa  259  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.755435  normal  0.413716 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0168  glutamate synthase alpha subunit  58.67 
 
 		 229 aa  258  4e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2500  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  57.4 
 
 		 225 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0493584  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2633  glutamate synthase alpha subunit domain protein  61.14 
 
 		 235 aa  249  3e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2024  glutamate synthase alpha subunit  31.56 
 
 		 246 aa  72.4  0.000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16290  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  30 
 
 		 245 aa  64.3  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.518041  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0563  formylmethanofuran dehydrogenase  30.46 
 
 		 289 aa  60.1  0.00000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1289  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  27.14 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000639589 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0618  formylmethanofuran dehydrogenase  30.23 
 
 		 268 aa  58.2  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.031501  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1442  formylmethanofuran dehydrogenase  33.85 
 
 		 294 aa  58.2  0.0000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.717791  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0030  glutamate synthase alpha subunit  26.64 
 
 		 670 aa  57.4  0.0000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1302  glutamate synthase alpha subunit  26.58 
 
 		 261 aa  55.5  0.0000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0544  glutamate synthase alpha subunit domain protein  29.38 
 
 		 281 aa  55.5  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00693523 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1607  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  28.57 
 
 		 572 aa  55.1  0.0000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2357  glutamate synthase alpha subunit domain protein  28.74 
 
 		 250 aa  53.9  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000800072  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0084  formylmethanofuran dehydrogenase  35.45 
 
 		 425 aa  53.9  0.000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0526  glutamate synthase alpha subunit  27.42 
 
 		 245 aa  53.9  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.187094  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0540  glutamate synthase alpha subunit  27.42 
 
 		 245 aa  53.9  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.800593  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2233  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  31.75 
 
 		 304 aa  53.9  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.457097  normal  0.0399291 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0029  glutamate synthase alpha subunit domain protein  27.45 
 
 		 252 aa  53.1  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1752  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  27.67 
 
 		 249 aa  53.1  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.216628 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0562  glutamate synthase alpha subunit  25.5 
 
 		 242 aa  52.4  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1816  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  26.34 
 
 		 251 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0997673  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0201  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  25.13 
 
 		 240 aa  51.2  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0381  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  33.83 
 
 		 415 aa  49.7  0.00003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2490  glutamate synthase alpha subunit  28.37 
 
 		 248 aa  50.1  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1235  hypothetical protein  27.75 
 
 		 248 aa  49.3  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1339  glutamate synthase alpha subunit  27.2 
 
 		 251 aa  49.7  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.794654 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0022  formylmethanofuran dehydrogenase  30.7 
 
 		 272 aa  49.3  0.00005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1531  formylmethanofuran dehydrogenase  34.91 
 
 		 415 aa  48.9  0.00006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000509371 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1596  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  30.06 
 
 		 256 aa  48.9  0.00006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1885  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  28.89 
 
 		 646 aa  48.1  0.0001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0201  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  29.25 
 
 		 307 aa  47.8  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0127762  normal  0.0655916 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0332  glutamate synthase alpha subunit  30 
 
 		 245 aa  48.1  0.0001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.951103  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0246  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  28.57 
 
 		 266 aa  48.1  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.314224 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1981  formylmethanofuran dehydrogenase  28.39 
 
 		 332 aa  47.8  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.372116 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2857  formylmethanofurane dehydrogenase subunit, putative  43.24 
 
 		 270 aa  47.4  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.000000505673  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0867  glutamate synthase alpha subunit  29.45 
 
 		 256 aa  47.4  0.0002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0287996  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1080  glutamate synthase alpha subunit  28.83 
 
 		 263 aa  47  0.0002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1290  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  33.33 
 
 		 301 aa  46.6  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0729  glutamate synthase (ferredoxin)  34.74 
 
 		 1507 aa  46.6  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6507  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  37.23 
 
 		 286 aa  46.6  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0305137 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1424  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  29.41 
 
 		 272 aa  46.6  0.0003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.176644  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5773  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  39.39 
 
 		 265 aa  46.2  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.14713  normal  0.931253 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0495  formylmethanofuran dehydrogenase  27.34 
 
 		 272 aa  46.2  0.0004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.943026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0342  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  30.39 
 
 		 272 aa  46.2  0.0004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.340647  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1083  glutamate synthase alpha subunit  25.14 
 
 		 320 aa  45.8  0.0006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.386486  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1692  glutamate synthase alpha subunit  26.21 
 
 		 247 aa  45.4  0.0007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.737414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1663  formylmethanofuran dehydrogenase  35.29 
 
 		 424 aa  45.4  0.0007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5932  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  31.53 
 
 		 274 aa  45.4  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0388185  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1100  glutamate synthase alpha subunit  32.43 
 
 		 553 aa  45.1  0.0009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.154608 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1450  formylmethanofuran dehydrogenase  27.36 
 
 		 415 aa  44.3  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0830  glutamate synthase alpha subunit  30 
 
 		 568 aa  44.3  0.001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.990819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1812  glutamate synthase alpha subunit  30 
 
 		 568 aa  44.3  0.001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000275446 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1421  glutamate synthase alpha subunit domain protein  27.5 
 
 		 291 aa  43.5  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3064  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  32.43 
 
 		 276 aa  44.3  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0283  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  27.38 
 
 		 269 aa  43.9  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.363907  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0956  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  25.64 
 
 		 256 aa  43.5  0.003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1094  glutamate synthase alpha subunit  31.25 
 
 		 256 aa  43.1  0.003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0211  glutamate synthase alpha subunit  29.41 
 
 		 264 aa  43.1  0.003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0575  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  35.11 
 
 		 256 aa  42.7  0.004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00575915  decreased coverage  0.000443842 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1069  glutamate synthase alpha subunit  24.87 
 
 		 312 aa  42.7  0.004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1098  formylmethanofuran dehydrogenase  34.69 
 
 		 257 aa  42.4  0.006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1802  glutamate synthase (ferredoxin)  28.67 
 
 		 1498 aa  42  0.007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0512049  normal  0.419037 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0782  glutamate synthase, alpha subunit-like  24.38 
 
 		 246 aa  41.6  0.009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00542084  normal  0.210269 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1226  Glutamate synthase (ferredoxin)  28.24 
 
 		 1499 aa  41.6  0.009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.27984  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0452  glutamate synthase (ferredoxin)  35.09 
 
 		 1477 aa  41.6  0.009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1703  Glutamate synthase (ferredoxin)  26.78 
 
 		 1518 aa  41.6  0.009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.625118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0393  glutamate synthase (ferredoxin)  36.14 
 
 		 1507 aa  41.6  0.01  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1157  glutamate synthase alpha subunit domain protein  30.33 
 
 		 381 aa  41.6  0.01  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000112739  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>