116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0168 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0168  glutamate synthase alpha subunit  100 
 
 		 229 aa  461  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5920  glutamate synthase alpha subunit  71.12 
 
 		 232 aa  331  5e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.755435  normal  0.413716 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0458  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  66.22 
 
 		 230 aa  301  7.000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.951315  normal  0.387952 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3032  glutamate synthase alpha subunit  68 
 
 		 228 aa  293  1e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.54309 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2500  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  63.39 
 
 		 225 aa  289  2e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0493584  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1700  glutamate synthase alpha subunit domain protein  61.84 
 
 		 236 aa  286  2e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3466  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  58.67 
 
 		 224 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201288  normal  0.713984 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2584  hypothetical protein  57.27 
 
 		 227 aa  257  9e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0278158  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2275  glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal  57.27 
 
 		 227 aa  257  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.225316  hitchhiker  0.00959584 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4805  glutamate synthase alpha subunit domain protein  60.44 
 
 		 247 aa  255  3e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2249  glutamate synthase alpha subunit  59.11 
 
 		 224 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191415 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3523  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  59.38 
 
 		 242 aa  254  5e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0202692 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1298  glutamate synthase alpha subunit  58.7 
 
 		 227 aa  252  3e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.186101  normal  0.822119 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1137  formyl-methanofuran dehydrogenase subunit C  58.22 
 
 		 229 aa  247  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.165169 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5511  glutamate synthase alpha subunit  59.31 
 
 		 228 aa  246  2e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21487 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1345  glutamate synthase, alpha subunit-like  55.7 
 
 		 227 aa  246  3e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1657  glutamate synthase alpha subunit  56.76 
 
 		 229 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1939  glutamate synthase alpha subunit domain protein  56.76 
 
 		 229 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1869  putative glutamate synthase  57.27 
 
 		 225 aa  243  3e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.310557  normal  0.791624 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1943  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  56.82 
 
 		 227 aa  242  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.513232 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1574  glutamate synthase alpha subunit domain protein  56.11 
 
 		 229 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4894  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  57.71 
 
 		 238 aa  239  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4983  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  57.71 
 
 		 238 aa  239  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5262  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  57.27 
 
 		 238 aa  238  5e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.221211 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4696  glutamate synthase family protein  55.46 
 
 		 235 aa  236  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.917164 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4809  glutamate synthase alpha subunit  55.41 
 
 		 229 aa  229  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453145  hitchhiker  0.00411559 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5639  glutamate synthase alpha subunit domain protein  53.98 
 
 		 228 aa  229  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.55547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6007  glutamate synthase alpha subunit  54.87 
 
 		 228 aa  227  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.607641  decreased coverage  0.00322278 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5750  formyl-methanofuran dehydrogenase  53.33 
 
 		 228 aa  225  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6576  glutamate synthase alpha subunit domain protein  53.54 
 
 		 228 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.026671 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3292  glutamate synthase alpha subunit  52.21 
 
 		 228 aa  216  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2633  glutamate synthase alpha subunit domain protein  52.49 
 
 		 235 aa  202  3e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2024  glutamate synthase alpha subunit  33.33 
 
 		 246 aa  81.6  0.000000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0544  glutamate synthase alpha subunit domain protein  28.57 
 
 		 281 aa  75.1  0.0000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00693523 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16290  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  28.44 
 
 		 245 aa  73.6  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.518041  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1816  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  26.9 
 
 		 251 aa  68.9  0.00000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0997673  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1339  glutamate synthase alpha subunit  27.27 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.794654 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2490  glutamate synthase alpha subunit  28.83 
 
 		 248 aa  64.3  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0526  glutamate synthase alpha subunit  26.49 
 
 		 245 aa  63.5  0.000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.187094  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0540  glutamate synthase alpha subunit  26.49 
 
 		 245 aa  63.5  0.000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.800593  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2357  glutamate synthase alpha subunit domain protein  27.49 
 
 		 250 aa  61.6  0.000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000800072  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0332  glutamate synthase alpha subunit  28.69 
 
 		 245 aa  61.6  0.000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.951103  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1235  hypothetical protein  28 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1157  glutamate synthase alpha subunit domain protein  34.31 
 
 		 381 aa  61.6  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000112739  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1442  formylmethanofuran dehydrogenase  25.95 
 
 		 294 aa  59.3  0.00000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.717791  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1752  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  26.49 
 
 		 249 aa  57  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.216628 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1663  formylmethanofuran dehydrogenase  30.3 
 
 		 424 aa  57.4  0.0000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0029  glutamate synthase alpha subunit domain protein  25.77 
 
 		 252 aa  57.8  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1289  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  27.11 
 
 		 245 aa  57  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000639589 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0618  formylmethanofuran dehydrogenase  27.43 
 
 		 268 aa  56.6  0.0000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.031501  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0562  glutamate synthase alpha subunit  24.11 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0381  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  31.82 
 
 		 415 aa  56.2  0.0000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0867  glutamate synthase alpha subunit  27.19 
 
 		 256 aa  56.2  0.0000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0287996  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1094  glutamate synthase alpha subunit  25.34 
 
 		 256 aa  55.8  0.0000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1450  formylmethanofuran dehydrogenase  30.3 
 
 		 415 aa  55.5  0.0000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0030  glutamate synthase alpha subunit  26.78 
 
 		 670 aa  55.5  0.0000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1596  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  26.27 
 
 		 256 aa  54.7  0.000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1531  formylmethanofuran dehydrogenase  31.06 
 
 		 415 aa  54.7  0.000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000509371 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1812  glutamate synthase alpha subunit  29.2 
 
 		 568 aa  53.9  0.000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000275446 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1080  glutamate synthase alpha subunit  26.73 
 
 		 263 aa  54.3  0.000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1424  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  27.66 
 
 		 272 aa  53.5  0.000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.176644  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0563  formylmethanofuran dehydrogenase  24 
 
 		 289 aa  53.1  0.000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0084  formylmethanofuran dehydrogenase  32.41 
 
 		 425 aa  53.5  0.000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0495  formylmethanofuran dehydrogenase  28.68 
 
 		 272 aa  53.5  0.000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.943026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2233  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  29.46 
 
 		 304 aa  51.6  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.457097  normal  0.0399291 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1607  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  34.55 
 
 		 572 aa  51.6  0.00001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0342  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  31.03 
 
 		 272 aa  51.2  0.00001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.340647  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1740  glutamate synthase alpha subunit domain protein  24.06 
 
 		 659 aa  50.8  0.00002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.627915  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2857  formylmethanofurane dehydrogenase subunit, putative  41.03 
 
 		 270 aa  50.4  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.000000505673  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1302  glutamate synthase alpha subunit  23.83 
 
 		 261 aa  50.8  0.00002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1692  glutamate synthase alpha subunit  29.81 
 
 		 247 aa  50.1  0.00003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.737414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1723  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  33.8 
 
 		 777 aa  49.3  0.00004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0956  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  25.13 
 
 		 256 aa  49.7  0.00004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0211  glutamate synthase alpha subunit  25.91 
 
 		 264 aa  49.3  0.00005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1127  hypothetical protein  26.79 
 
 		 256 aa  48.5  0.00008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000223973  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1885  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  28.48 
 
 		 646 aa  48.1  0.0001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0585  glutamate synthase, large subunit, putative  23.95 
 
 		 1478 aa  47  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0586  putative glutamate synthase, large subunit  23.96 
 
 		 1478 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0201  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  25.44 
 
 		 240 aa  46.6  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_945  glutamate synthase-like protein protein, alpha subunit-like protein  26.34 
 
 		 256 aa  46.6  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0498  glutamate synthase, large subunit  25 
 
 		 1478 aa  46.2  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0441  glutamate synthase, NADPH, large subunit  25 
 
 		 1478 aa  46.2  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0437  glutamate synthase, NADPH, large subunit  25 
 
 		 1478 aa  46.2  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1290  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  28.03 
 
 		 301 aa  46.6  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0530  glutamate synthase, large subunit  25 
 
 		 1478 aa  46.2  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5932  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  29.73 
 
 		 274 aa  46.2  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0388185  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6507  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  32.43 
 
 		 286 aa  46.2  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0305137 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0535  putative glutamate synthase, large subunit  25 
 
 		 1478 aa  46.2  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.684549  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4791  putative glutamate synthase, large subunit  25 
 
 		 1478 aa  46.6  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.621621  normal  0.701675 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0513  putative glutamate synthase, large subunit  25 
 
 		 1478 aa  46.2  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1069  glutamate synthase alpha subunit  29.63 
 
 		 312 aa  45.8  0.0006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1100  glutamate synthase alpha subunit  40.51 
 
 		 553 aa  45.4  0.0007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.154608 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0484  Glutamate synthase (ferredoxin)  29.63 
 
 		 1505 aa  45.4  0.0007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0370  formylmethanofuran dehydrogenase  23.46 
 
 		 266 aa  45.4  0.0008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0393  glutamate synthase (ferredoxin)  25.75 
 
 		 1507 aa  45.1  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0147  glutamate synthase (ferredoxin)  25.84 
 
 		 1510 aa  45.1  0.0009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0663  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  24 
 
 		 247 aa  44.3  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.358325 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1981  formylmethanofuran dehydrogenase  26.52 
 
 		 332 aa  45.1  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.372116 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1098  formylmethanofuran dehydrogenase  35.05 
 
 		 257 aa  45.1  0.001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0830  glutamate synthase alpha subunit  28.43 
 
 		 568 aa  44.7  0.001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.990819  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>