108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5750 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5750  formyl-methanofuran dehydrogenase  100 
 
 
228 aa  465  9.999999999999999e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6007  glutamate synthase alpha subunit  91.23 
 
 
228 aa  433  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.607641  decreased coverage  0.00322278 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5639  glutamate synthase alpha subunit domain protein  89.91 
 
 
228 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.55547  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6576  glutamate synthase alpha subunit domain protein  85.96 
 
 
228 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.026671 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3292  glutamate synthase alpha subunit  84.65 
 
 
228 aa  407  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1869  putative glutamate synthase  74.22 
 
 
225 aa  350  1e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.310557  normal  0.791624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4696  glutamate synthase family protein  69.47 
 
 
235 aa  320  9.999999999999999e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.917164 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1939  glutamate synthase alpha subunit domain protein  65.5 
 
 
229 aa  315  5e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1657  glutamate synthase alpha subunit  65.5 
 
 
229 aa  314  7e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1574  glutamate synthase alpha subunit domain protein  64.19 
 
 
229 aa  310  1e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1943  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  66.23 
 
 
227 aa  310  2e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.513232 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1137  formyl-methanofuran dehydrogenase subunit C  63.32 
 
 
229 aa  295  3e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.165169 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4809  glutamate synthase alpha subunit  63.32 
 
 
229 aa  294  6e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453145  hitchhiker  0.00411559 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2249  glutamate synthase alpha subunit  60.96 
 
 
224 aa  288  7e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.191415 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3466  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  59.65 
 
 
224 aa  285  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201288  normal  0.713984 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2584  hypothetical protein  58.33 
 
 
227 aa  284  9e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0278158  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4894  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  63.11 
 
 
238 aa  283  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4983  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  63.11 
 
 
238 aa  283  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5262  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  63.56 
 
 
238 aa  283  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.221211 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2275  glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal  57.89 
 
 
227 aa  281  6.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.225316  hitchhiker  0.00959584 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3523  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  61.06 
 
 
242 aa  279  3e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0202692 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1298  glutamate synthase alpha subunit  60.89 
 
 
227 aa  278  7e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.186101  normal  0.822119 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5511  glutamate synthase alpha subunit  61.14 
 
 
228 aa  276  1e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.21487 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1345  glutamate synthase, alpha subunit-like  60.18 
 
 
227 aa  275  3e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4805  glutamate synthase alpha subunit domain protein  59.56 
 
 
247 aa  273  2.0000000000000002e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2633  glutamate synthase alpha subunit domain protein  60.35 
 
 
235 aa  270  1e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3032  glutamate synthase alpha subunit  60 
 
 
228 aa  260  1e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.54309 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0458  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  58.22 
 
 
230 aa  259  2e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.951315  normal  0.387952 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1700  glutamate synthase alpha subunit domain protein  52 
 
 
236 aa  238  5e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5920  glutamate synthase alpha subunit  53.3 
 
 
232 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.755435  normal  0.413716 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2500  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  53.51 
 
 
225 aa  236  2e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0493584  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0168  glutamate synthase alpha subunit  53.33 
 
 
229 aa  225  3e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16290  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  26.02 
 
 
245 aa  72.8  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.518041  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2024  glutamate synthase alpha subunit  33.71 
 
 
246 aa  72.4  0.000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0526  glutamate synthase alpha subunit  29.57 
 
 
245 aa  66.2  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.187094  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0540  glutamate synthase alpha subunit  29.57 
 
 
245 aa  66.2  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.800593  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0030  glutamate synthase alpha subunit  28.96 
 
 
670 aa  65.9  0.0000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1289  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  32.1 
 
 
245 aa  65.5  0.0000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000639589 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1816  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  26.07 
 
 
251 aa  64.7  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0997673  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0544  glutamate synthase alpha subunit domain protein  27.85 
 
 
281 aa  62  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00693523 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1607  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  27.57 
 
 
572 aa  61.6  0.000000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1442  formylmethanofuran dehydrogenase  26.92 
 
 
294 aa  60.8  0.00000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.717791  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2490  glutamate synthase alpha subunit  26.42 
 
 
248 aa  59.3  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1302  glutamate synthase alpha subunit  28.97 
 
 
261 aa  59.3  0.00000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1981  formylmethanofuran dehydrogenase  27.65 
 
 
332 aa  57.8  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.372116 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1885  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  27.4 
 
 
646 aa  58.2  0.0000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.273779  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1339  glutamate synthase alpha subunit  25.41 
 
 
251 aa  57  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.794654 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0084  formylmethanofuran dehydrogenase  39.13 
 
 
425 aa  57.4  0.0000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0495  formylmethanofuran dehydrogenase  30.95 
 
 
272 aa  57.4  0.0000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.943026  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0381  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  34.58 
 
 
415 aa  57.4  0.0000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1424  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  30.95 
 
 
272 aa  57.4  0.0000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.176644  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1752  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  27.03 
 
 
249 aa  56.6  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.216628 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0618  formylmethanofuran dehydrogenase  29.77 
 
 
268 aa  57  0.0000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.031501  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1531  formylmethanofuran dehydrogenase  33.64 
 
 
415 aa  56.6  0.0000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.000509371 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1692  glutamate synthase alpha subunit  30 
 
 
247 aa  56.6  0.0000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.737414  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0830  glutamate synthase alpha subunit  28.18 
 
 
568 aa  56.6  0.0000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.990819  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2233  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  31.75 
 
 
304 aa  56.2  0.0000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.457097  normal  0.0399291 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1740  glutamate synthase alpha subunit domain protein  24.59 
 
 
659 aa  55.8  0.0000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.627915  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1812  glutamate synthase alpha subunit  25.23 
 
 
568 aa  55.8  0.0000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000275446 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0342  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  32.35 
 
 
272 aa  55.8  0.0000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.340647  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0022  formylmethanofuran dehydrogenase  28.12 
 
 
272 aa  55.5  0.0000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0563  formylmethanofuran dehydrogenase  26.36 
 
 
289 aa  55.5  0.0000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1235  hypothetical protein  28.81 
 
 
248 aa  55.1  0.0000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0332  glutamate synthase alpha subunit  32.47 
 
 
245 aa  54.3  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.951103  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0211  glutamate synthase alpha subunit  26.78 
 
 
264 aa  53.9  0.000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1663  formylmethanofuran dehydrogenase  35.35 
 
 
424 aa  53.9  0.000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0562  glutamate synthase alpha subunit  26 
 
 
242 aa  54.3  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1189  glutamate synthase alpha subunit  29.32 
 
 
255 aa  53.5  0.000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1450  formylmethanofuran dehydrogenase  33.67 
 
 
415 aa  53.5  0.000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1290  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  33.9 
 
 
301 aa  53.1  0.000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0201  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  26.57 
 
 
307 aa  52.8  0.000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0127762  normal  0.0655916 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2112  formylmethanofuran dehydrogenase  37.76 
 
 
254 aa  52.4  0.000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0246  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  28.91 
 
 
266 aa  52.8  0.000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.314224 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2857  formylmethanofurane dehydrogenase subunit, putative  36.19 
 
 
270 aa  52  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.000000505673  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1198  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C (tungsten)  35.35 
 
 
152 aa  51.2  0.00001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1100  glutamate synthase alpha subunit  28.33 
 
 
553 aa  51.2  0.00001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.154608 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2357  glutamate synthase alpha subunit domain protein  26.88 
 
 
250 aa  51.2  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000800072  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0875  formylmethanofuran dehydrogenase  29.11 
 
 
266 aa  51.2  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.118005  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3064  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  33.33 
 
 
276 aa  50.8  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1098  formylmethanofuran dehydrogenase  32.41 
 
 
257 aa  50.1  0.00003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2708  glutamate synthase alpha subunit domain protein  26.44 
 
 
248 aa  50.1  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.414191  normal  0.756124 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1990  formylmethanofuran dehydrogenase  32.63 
 
 
266 aa  49.3  0.00004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.114316  normal  0.184502 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0201  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  26.52 
 
 
240 aa  48.9  0.00006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0029  glutamate synthase alpha subunit domain protein  29.69 
 
 
252 aa  49.3  0.00006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0575  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  26.36 
 
 
256 aa  48.9  0.00007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00575915  decreased coverage  0.000443842 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2403  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  28.57 
 
 
268 aa  48.9  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1069  glutamate synthase alpha subunit  33.01 
 
 
312 aa  47.8  0.0001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1473  formylmethanofuran dehydrogenase  40 
 
 
275 aa  48.1  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.143119  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3133  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  34.06 
 
 
281 aa  48.1  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6507  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  29.77 
 
 
286 aa  47.8  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0305137 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0370  formylmethanofuran dehydrogenase  39.62 
 
 
266 aa  47.8  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1665  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  27.93 
 
 
269 aa  46.6  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.477479  normal  0.947493 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0523  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  34.58 
 
 
264 aa  47  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300278  normal  0.650549 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5932  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  34.95 
 
 
274 aa  46.6  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0388185  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0663  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  27.59 
 
 
247 aa  46.2  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.358325 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0956  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  22.15 
 
 
256 aa  46.2  0.0005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0867  glutamate synthase alpha subunit  25.93 
 
 
256 aa  45.8  0.0005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0287996  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1596  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  25.93 
 
 
256 aa  45.8  0.0006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1080  glutamate synthase alpha subunit  26.38 
 
 
263 aa  45.8  0.0006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5773  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  39.08 
 
 
265 aa  45.4  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.14713  normal  0.931253 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>