88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1943 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_1943  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  100 
 
 		 227 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.513232 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1137  formyl-methanofuran dehydrogenase subunit C  72.49 
 
 		 229 aa  341  5.999999999999999e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.165169 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1939  glutamate synthase alpha subunit domain protein  71.62 
 
 		 229 aa  332  3e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1657  glutamate synthase alpha subunit  71.62 
 
 		 229 aa  331  4e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1574  glutamate synthase alpha subunit domain protein  69.87 
 
 		 229 aa  327  9e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4696  glutamate synthase family protein  70.48 
 
 		 235 aa  325  5e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.917164 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4809  glutamate synthase alpha subunit  71.18 
 
 		 229 aa  317  1e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453145  hitchhiker  0.00411559 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1869  putative glutamate synthase  69.51 
 
 		 225 aa  315  3e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.310557  normal  0.791624 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5639  glutamate synthase alpha subunit domain protein  67.54 
 
 		 228 aa  309  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.55547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5750  formyl-methanofuran dehydrogenase  66.23 
 
 		 228 aa  310  2e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6007  glutamate synthase alpha subunit  67.98 
 
 		 228 aa  307  8e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.607641  decreased coverage  0.00322278 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6576  glutamate synthase alpha subunit domain protein  66.67 
 
 		 228 aa  304  6e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.026671 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3292  glutamate synthase alpha subunit  65.79 
 
 		 228 aa  301  4.0000000000000003e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5511  glutamate synthase alpha subunit  66.96 
 
 		 228 aa  296  2e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21487 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2633  glutamate synthase alpha subunit domain protein  67.7 
 
 		 235 aa  293  2e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4983  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  66.81 
 
 		 238 aa  288  4e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4894  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  66.81 
 
 		 238 aa  288  4e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5262  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  66.38 
 
 		 238 aa  288  7e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.221211 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2584  hypothetical protein  59.91 
 
 		 227 aa  285  5e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0278158  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2275  glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal  60.35 
 
 		 227 aa  285  5e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.225316  hitchhiker  0.00959584 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1298  glutamate synthase alpha subunit  64.91 
 
 		 227 aa  284  5.999999999999999e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.186101  normal  0.822119 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3523  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  65.02 
 
 		 242 aa  284  8e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0202692 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2249  glutamate synthase alpha subunit  61.23 
 
 		 224 aa  282  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.191415 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3466  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  61.23 
 
 		 224 aa  280  1e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201288  normal  0.713984 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1345  glutamate synthase, alpha subunit-like  61.16 
 
 		 227 aa  278  7e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4805  glutamate synthase alpha subunit domain protein  64 
 
 		 247 aa  273  1.0000000000000001e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3032  glutamate synthase alpha subunit  63 
 
 		 228 aa  273  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.54309 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0458  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  60.62 
 
 		 230 aa  272  3e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.951315  normal  0.387952 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5920  glutamate synthase alpha subunit  56.14 
 
 		 232 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.755435  normal  0.413716 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2500  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  55.36 
 
 		 225 aa  244  9.999999999999999e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0493584  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1700  glutamate synthase alpha subunit domain protein  54.46 
 
 		 236 aa  244  9.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0168  glutamate synthase alpha subunit  56.82 
 
 		 229 aa  242  3.9999999999999997e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2024  glutamate synthase alpha subunit  31.28 
 
 		 246 aa  72.4  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1442  formylmethanofuran dehydrogenase  27.95 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.717791  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16290  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  28.1 
 
 		 245 aa  66.2  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.518041  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0332  glutamate synthase alpha subunit  31.07 
 
 		 245 aa  62.4  0.000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.951103  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1302  glutamate synthase alpha subunit  25.7 
 
 		 261 aa  60.8  0.00000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0540  glutamate synthase alpha subunit  29.94 
 
 		 245 aa  58.2  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.800593  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0526  glutamate synthase alpha subunit  29.94 
 
 		 245 aa  58.2  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.187094  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0030  glutamate synthase alpha subunit  29.28 
 
 		 670 aa  57.4  0.0000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1752  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  27.47 
 
 		 249 aa  56.6  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.216628 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1235  hypothetical protein  26.96 
 
 		 248 aa  55.5  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2490  glutamate synthase alpha subunit  27.6 
 
 		 248 aa  54.7  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1289  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  26.9 
 
 		 245 aa  53.9  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000639589 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0381  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  34.26 
 
 		 415 aa  53.5  0.000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1531  formylmethanofuran dehydrogenase  35.19 
 
 		 415 aa  53.9  0.000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000509371 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1607  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  34.23 
 
 		 572 aa  54.3  0.000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1692  glutamate synthase alpha subunit  28.02 
 
 		 247 aa  53.1  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.737414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0563  formylmethanofuran dehydrogenase  25.58 
 
 		 289 aa  52.4  0.000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0211  glutamate synthase alpha subunit  26.57 
 
 		 264 aa  52  0.000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1424  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  26.19 
 
 		 272 aa  50.8  0.00002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.176644  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0495  formylmethanofuran dehydrogenase  26.19 
 
 		 272 aa  50.4  0.00002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.943026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1450  formylmethanofuran dehydrogenase  33.33 
 
 		 415 aa  50.1  0.00003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1740  glutamate synthase alpha subunit domain protein  23.76 
 
 		 659 aa  49.3  0.00005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.627915  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1098  formylmethanofuran dehydrogenase  28.76 
 
 		 257 aa  49.3  0.00005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1663  formylmethanofuran dehydrogenase  32.41 
 
 		 424 aa  48.9  0.00006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0022  formylmethanofuran dehydrogenase  28.23 
 
 		 272 aa  48.5  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0084  formylmethanofuran dehydrogenase  33.98 
 
 		 425 aa  48.1  0.0001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0562  glutamate synthase alpha subunit  22.38 
 
 		 242 aa  48.1  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5932  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  31.53 
 
 		 274 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0388185  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3064  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  32.43 
 
 		 276 aa  47.4  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0618  formylmethanofuran dehydrogenase  26.56 
 
 		 268 aa  47.4  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.031501  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0342  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  24.6 
 
 		 272 aa  47.4  0.0002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.340647  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2708  glutamate synthase alpha subunit domain protein  25.82 
 
 		 248 aa  46.6  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.414191  normal  0.756124 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1885  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  28.36 
 
 		 646 aa  45.8  0.0006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1290  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  35.45 
 
 		 301 aa  45.4  0.0008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0370  formylmethanofuran dehydrogenase  35.48 
 
 		 266 aa  45.4  0.0008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2857  formylmethanofurane dehydrogenase subunit, putative  35.24 
 
 		 270 aa  45.1  0.0008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.000000505673  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1339  glutamate synthase alpha subunit  27.59 
 
 		 251 aa  45.1  0.0009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.794654 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1596  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  26.15 
 
 		 256 aa  44.7  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1981  formylmethanofuran dehydrogenase  24.68 
 
 		 332 aa  44.7  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.372116 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1802  glutamate synthase (ferredoxin)  30.57 
 
 		 1498 aa  44.3  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0512049  normal  0.419037 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0029  glutamate synthase alpha subunit domain protein  25 
 
 		 252 aa  43.5  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0201  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  24.28 
 
 		 307 aa  44.3  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0127762  normal  0.0655916 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0523  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  32.99 
 
 		 264 aa  43.5  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300278  normal  0.650549 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1100  glutamate synthase alpha subunit  35.96 
 
 		 553 aa  43.5  0.003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.154608 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0867  glutamate synthase alpha subunit  26.67 
 
 		 256 aa  43.5  0.003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0287996  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2403  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  31.3 
 
 		 268 aa  43.1  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0283  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  34.09 
 
 		 269 aa  43.5  0.003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.363907  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0575  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  25.58 
 
 		 256 aa  42.7  0.004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00575915  decreased coverage  0.000443842 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1812  glutamate synthase alpha subunit  32.58 
 
 		 568 aa  43.1  0.004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000275446 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6507  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  32.43 
 
 		 286 aa  42.7  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0305137 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1083  glutamate synthase alpha subunit  24.09 
 
 		 320 aa  42.7  0.005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.386486  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0875  formylmethanofuran dehydrogenase  32.58 
 
 		 266 aa  42.4  0.006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.118005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1080  glutamate synthase alpha subunit  25.49 
 
 		 263 aa  42.4  0.006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0830  glutamate synthase alpha subunit  29.73 
 
 		 568 aa  42  0.007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.990819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1990  formylmethanofuran dehydrogenase  24.37 
 
 		 266 aa  42  0.008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.114316  normal  0.184502 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1816  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  25.48 
 
 		 251 aa  41.6  0.01  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0997673  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>