139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3064 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3064  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  100 
 
 
276 aa  536  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2626  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  64 
 
 
269 aa  326  2.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3133  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  56.38 
 
 
281 aa  266  2.9999999999999995e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5932  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  50.72 
 
 
274 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0388185  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6507  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  42.27 
 
 
286 aa  210  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0305137 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2464  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  42.14 
 
 
281 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.109296 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1665  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  39.05 
 
 
269 aa  180  2e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.477479  normal  0.947493 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2857  formylmethanofurane dehydrogenase subunit, putative  39.71 
 
 
270 aa  175  9e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.000000505673  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1775  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  44.07 
 
 
265 aa  170  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  0.875805 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0022  formylmethanofuran dehydrogenase  37.63 
 
 
272 aa  169  4e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5773  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  46.1 
 
 
265 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.14713  normal  0.931253 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5997  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  46.64 
 
 
265 aa  162  7e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128161  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0523  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  41.57 
 
 
264 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300278  normal  0.650549 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2159  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  44.24 
 
 
265 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0901303 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2403  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  38.43 
 
 
268 aa  156  3e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1824  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  43.49 
 
 
265 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1793  glutamate synthase alpha subunit  41.67 
 
 
267 aa  138  7.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0607708  normal  0.627493 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1098  formylmethanofuran dehydrogenase  32.85 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1450  formylmethanofuran dehydrogenase  36 
 
 
415 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1663  formylmethanofuran dehydrogenase  33.18 
 
 
424 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1442  formylmethanofuran dehydrogenase  33.33 
 
 
294 aa  112  6e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.717791  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0563  formylmethanofuran dehydrogenase  29.58 
 
 
289 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1531  formylmethanofuran dehydrogenase  36 
 
 
415 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.000509371 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0084  formylmethanofuran dehydrogenase  29.3 
 
 
425 aa  109  6e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1290  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  34.88 
 
 
301 aa  108  7.000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0381  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  35 
 
 
415 aa  107  2e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2233  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  32.39 
 
 
304 aa  105  7e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.457097  normal  0.0399291 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0495  formylmethanofuran dehydrogenase  27.73 
 
 
272 aa  101  1e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.943026  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0875  formylmethanofuran dehydrogenase  29.77 
 
 
266 aa  100  3e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.118005  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0342  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  28.02 
 
 
272 aa  99.4  6e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.340647  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0618  formylmethanofuran dehydrogenase  30.62 
 
 
268 aa  98.6  1e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.031501  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1424  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  27.4 
 
 
272 aa  97.4  2e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.176644  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1189  glutamate synthase alpha subunit  33.61 
 
 
255 aa  96.7  4e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1473  formylmethanofuran dehydrogenase  28.25 
 
 
275 aa  92.4  7e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.143119  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2112  formylmethanofuran dehydrogenase  34.76 
 
 
254 aa  92  1e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0201  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  29.46 
 
 
307 aa  91.7  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0127762  normal  0.0655916 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0370  formylmethanofuran dehydrogenase  30.45 
 
 
266 aa  90.9  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1421  glutamate synthase alpha subunit domain protein  29.07 
 
 
291 aa  90.1  3e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1990  formylmethanofuran dehydrogenase  28.02 
 
 
266 aa  89.4  6e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.114316  normal  0.184502 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1981  formylmethanofuran dehydrogenase  29.21 
 
 
332 aa  87.8  2e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.372116 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0246  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  29.09 
 
 
266 aa  85.1  0.000000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.314224 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0283  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  30.45 
 
 
269 aa  81.3  0.00000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.363907  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0575  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  28.18 
 
 
256 aa  66.6  0.0000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00575915  decreased coverage  0.000443842 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1069  glutamate synthase alpha subunit  36.08 
 
 
312 aa  66.6  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1607  tungsten containing formylmethanofruran dehydrogenase subunit C-related protein  37.11 
 
 
313 aa  65.5  0.0000000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0878  glutamate synthase alpha subunit  34.02 
 
 
312 aa  62  0.00000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.225814  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1083  glutamate synthase alpha subunit  35.62 
 
 
320 aa  58.5  0.0000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.386486  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0890  glutamate synthase (ferredoxin)  32.65 
 
 
1536 aa  54.3  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00390315  decreased coverage  0.000127994 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1100  glutamate synthase alpha subunit  34.92 
 
 
553 aa  54.3  0.000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.154608 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6576  glutamate synthase alpha subunit domain protein  35.09 
 
 
228 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.026671 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3292  glutamate synthase alpha subunit  35.4 
 
 
228 aa  54.7  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1869  putative glutamate synthase  32.73 
 
 
225 aa  54.7  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.310557  normal  0.791624 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1468  Glutamate synthase (ferredoxin)  28.57 
 
 
1551 aa  53.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.163376 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0830  glutamate synthase alpha subunit  36.36 
 
 
568 aa  53.5  0.000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.990819  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0458  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  32.12 
 
 
230 aa  53.1  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.951315  normal  0.387952 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1574  glutamate synthase alpha subunit domain protein  32.43 
 
 
229 aa  52.8  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5920  glutamate synthase alpha subunit  35.45 
 
 
232 aa  52.4  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.755435  normal  0.413716 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1939  glutamate synthase alpha subunit domain protein  32.43 
 
 
229 aa  52.4  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1657  glutamate synthase alpha subunit  32.43 
 
 
229 aa  52.4  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1487  glutamate synthase, large subunit  34.13 
 
 
1465 aa  51.6  0.00001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0194294  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1812  glutamate synthase alpha subunit  35.96 
 
 
568 aa  52  0.00001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000275446 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5639  glutamate synthase alpha subunit domain protein  35.09 
 
 
228 aa  51.6  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.55547  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0526  Glutamate synthase (ferredoxin)  29.45 
 
 
1548 aa  51.6  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.801021  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0466  glutamate synthase (ferredoxin)  30.13 
 
 
1546 aa  51.2  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.549913  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1198  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C (tungsten)  36.72 
 
 
152 aa  51.6  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1607  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  31.39 
 
 
572 aa  51.6  0.00002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0550  glutamate synthase subunit alpha  33.81 
 
 
1482 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.213876 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6007  glutamate synthase alpha subunit  34.21 
 
 
228 aa  50.8  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.607641  decreased coverage  0.00322278 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3523  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  31.34 
 
 
242 aa  50.4  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0202692 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4809  glutamate synthase alpha subunit  33.64 
 
 
229 aa  50.4  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.453145  hitchhiker  0.00411559 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5750  formyl-methanofuran dehydrogenase  33.33 
 
 
228 aa  50.4  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0413  glutamate synthase subunit alpha  30.95 
 
 
1481 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.359883 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3032  glutamate synthase alpha subunit  36.08 
 
 
228 aa  49.7  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.54309 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5511  glutamate synthase alpha subunit  38.53 
 
 
228 aa  49.3  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.21487 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3730  Glutamate synthase (ferredoxin)  28.97 
 
 
1554 aa  48.9  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0653  glutamate synthase  29.7 
 
 
1571 aa  48.5  0.0001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.58912  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0525  tungsten formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C-like  39.58 
 
 
295 aa  48.5  0.0001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.618523  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3782  Glutamate synthase (ferredoxin)  28.97 
 
 
1554 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.376942  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1117  Glutamate synthase (ferredoxin)  29.45 
 
 
1468 aa  47.8  0.0002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1816  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  36.44 
 
 
251 aa  47.4  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0997673  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1137  formyl-methanofuran dehydrogenase subunit C  33.04 
 
 
229 aa  47.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.165169 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1339  glutamate synthase alpha subunit  35.04 
 
 
251 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.794654 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1289  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  34.09 
 
 
245 aa  47  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000639589 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4894  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  35.45 
 
 
238 aa  47  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0211  glutamate synthase alpha subunit  34.59 
 
 
264 aa  47.4  0.0003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4983  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  35.45 
 
 
238 aa  47  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1943  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  32.43 
 
 
227 aa  47.4  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.513232 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0529  Glutamate synthase (ferredoxin)  31.45 
 
 
1474 aa  47  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.41827  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5076  glutamate synthase subunit alpha  31.93 
 
 
1481 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1345  glutamate synthase, alpha subunit-like  28.81 
 
 
227 aa  46.6  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0332  glutamate synthase alpha subunit  33.79 
 
 
245 aa  46.6  0.0005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.951103  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5262  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  34.55 
 
 
238 aa  46.2  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.221211 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4949  glutamate synthase subunit alpha  31.93 
 
 
1481 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.772604  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0390  glutamate synthase subunit alpha  31.93 
 
 
1481 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0544  glutamate synthase alpha subunit domain protein  32.6 
 
 
281 aa  46.2  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00693523 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0683  glutamate synthase (ferredoxin)  32.39 
 
 
1580 aa  46.2  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.146525  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45210  glutamate synthase subunit alpha  31.91 
 
 
1480 aa  45.8  0.0008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0029  glutamate synthase alpha subunit domain protein  36.19 
 
 
252 aa  45.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0326  glutamate synthase (ferredoxin)  31.01 
 
 
1533 aa  45.4  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.127491  normal  0.144966 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19531  ferredoxin-dependent glutamate synthase  31.75 
 
 
1475 aa  45.4  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>