114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1421 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1421  glutamate synthase alpha subunit domain protein  100 
 
 		 291 aa  599  1e-170  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2403  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  34 
 
 		 268 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5932  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  33.03 
 
 		 274 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0388185  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0022  formylmethanofuran dehydrogenase  28.47 
 
 		 272 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2626  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  30.42 
 
 		 269 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1665  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  26.83 
 
 		 269 aa  102  7e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.477479  normal  0.947493 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2857  formylmethanofurane dehydrogenase subunit, putative  32.86 
 
 		 270 aa  98.2  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.000000505673  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3133  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  29.95 
 
 		 281 aa  98.2  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0875  formylmethanofuran dehydrogenase  31.4 
 
 		 266 aa  95.5  8e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.118005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6507  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  37.66 
 
 		 286 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0305137 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0523  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  29.07 
 
 		 264 aa  92  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300278  normal  0.650549 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0370  formylmethanofuran dehydrogenase  31.98 
 
 		 266 aa  88.6  1e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3064  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  32.16 
 
 		 276 aa  88.2  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5773  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  33.17 
 
 		 265 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.14713  normal  0.931253 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2233  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  31.02 
 
 		 304 aa  88.2  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.457097  normal  0.0399291 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0246  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  28.74 
 
 		 266 aa  85.1  0.000000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.314224 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0618  formylmethanofuran dehydrogenase  30.32 
 
 		 268 aa  85.5  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.031501  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1990  formylmethanofuran dehydrogenase  31.98 
 
 		 266 aa  84  0.000000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.114316  normal  0.184502 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0563  formylmethanofuran dehydrogenase  25.57 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1098  formylmethanofuran dehydrogenase  29.03 
 
 		 257 aa  81.6  0.00000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1442  formylmethanofuran dehydrogenase  27.43 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.717791  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0084  formylmethanofuran dehydrogenase  26.27 
 
 		 425 aa  80.9  0.00000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2464  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  26.17 
 
 		 281 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.109296 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1775  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  30.6 
 
 		 265 aa  79.3  0.00000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  0.875805 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1981  formylmethanofuran dehydrogenase  28.88 
 
 		 332 aa  77.8  0.0000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.372116 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2112  formylmethanofuran dehydrogenase  32.45 
 
 		 254 aa  77.4  0.0000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1450  formylmethanofuran dehydrogenase  31.94 
 
 		 415 aa  77  0.0000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1531  formylmethanofuran dehydrogenase  32 
 
 		 415 aa  76.6  0.0000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000509371 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0342  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  25.62 
 
 		 272 aa  75.5  0.0000000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.340647  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0495  formylmethanofuran dehydrogenase  25.24 
 
 		 272 aa  75.1  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.943026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1424  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  25 
 
 		 272 aa  74.7  0.000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.176644  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1663  formylmethanofuran dehydrogenase  30.52 
 
 		 424 aa  73.9  0.000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0381  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  32.64 
 
 		 415 aa  73.2  0.000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1793  glutamate synthase alpha subunit  29.02 
 
 		 267 aa  73.2  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0607708  normal  0.627493 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1824  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  31.77 
 
 		 265 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2159  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  29 
 
 		 265 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0901303 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5997  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  27.46 
 
 		 265 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128161  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0201  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  28.9 
 
 		 307 aa  70.1  0.00000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0127762  normal  0.0655916 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1473  formylmethanofuran dehydrogenase  27.38 
 
 		 275 aa  69.3  0.00000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.143119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1290  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  30.6 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0283  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  25 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.363907  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1100  glutamate synthase alpha subunit  30.08 
 
 		 553 aa  58.2  0.0000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.154608 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1607  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  31.58 
 
 		 572 aa  57.4  0.0000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1812  glutamate synthase alpha subunit  29.55 
 
 		 568 aa  56.6  0.0000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000275446 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0575  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  27.75 
 
 		 256 aa  55.1  0.000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00575915  decreased coverage  0.000443842 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0830  glutamate synthase alpha subunit  28.79 
 
 		 568 aa  53.9  0.000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.990819  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0529  Glutamate synthase (ferredoxin)  31 
 
 		 1474 aa  52.8  0.000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.41827  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0030  glutamate synthase alpha subunit  31.25 
 
 		 670 aa  52.8  0.000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1198  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C (tungsten)  30.25 
 
 		 152 aa  51.6  0.00001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2951  glutamate synthase subunit alpha  24.39 
 
 		 1482 aa  49.7  0.00006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1189  glutamate synthase alpha subunit  28.35 
 
 		 255 aa  49.7  0.00006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3748  glutamate synthase subunit alpha  27.04 
 
 		 1488 aa  48.9  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956068  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2357  glutamate synthase alpha subunit domain protein  37.93 
 
 		 250 aa  48.5  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000800072  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01631  glutamate synthase subunit alpha  26.32 
 
 		 1460 aa  48.5  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1325  glutamate synthase subunit alpha  27.42 
 
 		 1482 aa  47.8  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2872  glutamate synthase subunit alpha  27.42 
 
 		 1482 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0333567 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2954  glutamate synthase subunit alpha  27.42 
 
 		 1482 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.791133  normal  0.168031 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1178  glutamate synthase subunit alpha  27.42 
 
 		 1482 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1607  tungsten containing formylmethanofruran dehydrogenase subunit C-related protein  25.19 
 
 		 313 aa  47.8  0.0002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1136  glutamate synthase subunit alpha  27.42 
 
 		 1482 aa  47.8  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1222  glutamate synthase subunit alpha  27.42 
 
 		 1462 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1255  glutamate synthase subunit alpha  27.42 
 
 		 1462 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.600674 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3135  glutamate synthase subunit alpha  27.42 
 
 		 1482 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.429634  normal  0.864328 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1468  Glutamate synthase (ferredoxin)  28.95 
 
 		 1551 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.163376 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1289  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  30 
 
 		 245 aa  47.4  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000639589 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3050  glutamate synthase subunit alpha  27.42 
 
 		 1482 aa  47.4  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.156524 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6007  glutamate synthase alpha subunit  29.17 
 
 		 228 aa  46.6  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.607641  decreased coverage  0.00322278 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0403  glutamate synthase subunit alpha  30.89 
 
 		 1507 aa  46.6  0.0005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0405842 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0029  glutamate synthase alpha subunit domain protein  28 
 
 		 252 aa  46.6  0.0005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16290  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  31.25 
 
 		 245 aa  46.6  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.518041  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1874  glutamate synthase subunit alpha  32.79 
 
 		 1487 aa  46.2  0.0006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0857  glutamate synthase subunit alpha  29.77 
 
 		 1483 aa  46.2  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.245541 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1069  glutamate synthase alpha subunit  25 
 
 		 312 aa  46.2  0.0006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2165  glutamate synthase subunit alpha  31.97 
 
 		 1487 aa  45.8  0.0008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.409887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2790  glutamate synthase subunit alpha  26.61 
 
 		 1482 aa  45.4  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0211  glutamate synthase alpha subunit  32.67 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0834  glutamate synthase subunit alpha  27.5 
 
 		 1482 aa  45.4  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.87862  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00926  glutamate synthase subunit alpha  28.33 
 
 		 1487 aa  45.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1078  ferredoxin-dependent glutamate synthase  24.27 
 
 		 1529 aa  44.3  0.002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1487  glutamate synthase, large subunit  26.61 
 
 		 1465 aa  45.1  0.002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0194294  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19531  ferredoxin-dependent glutamate synthase  24.27 
 
 		 1475 aa  44.7  0.002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0201  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  33.77 
 
 		 240 aa  44.7  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0550  glutamate synthase subunit alpha  30.89 
 
 		 1482 aa  44.7  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.213876 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0526  glutamate synthase alpha subunit  29.81 
 
 		 245 aa  44.7  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.187094  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0540  glutamate synthase alpha subunit  29.81 
 
 		 245 aa  44.7  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.800593  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0544  glutamate synthase alpha subunit domain protein  33.72 
 
 		 281 aa  44.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00693523 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1176  glutamate synthase (NADPH) large subunit  28 
 
 		 1479 aa  44.3  0.003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1083  glutamate synthase alpha subunit  26.97 
 
 		 320 aa  43.9  0.003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.386486  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4114  glutamate synthase subunit alpha  31.67 
 
 		 1461 aa  43.9  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000785816 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1126  glutamate synthase subunit alpha  31.15 
 
 		 1482 aa  43.9  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.052618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1032  glutamate synthase subunit alpha  28.79 
 
 		 1482 aa  43.5  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.843249 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3466  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  27.5 
 
 		 224 aa  43.5  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201288  normal  0.713984 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1657  glutamate synthase alpha subunit  27.32 
 
 		 229 aa  43.5  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0878  Glutamate synthase (ferredoxin)  27.43 
 
 		 1475 aa  43.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0730  glutamate synthase, large subunit  27.43 
 
 		 1475 aa  43.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5076  glutamate synthase subunit alpha  29.17 
 
 		 1481 aa  42.7  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1482  glutamate synthase, large subunit  30 
 
 		 1473 aa  43.1  0.006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5511  glutamate synthase alpha subunit  32.93 
 
 		 228 aa  43.1  0.006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21487 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2490  glutamate synthase alpha subunit  26.61 
 
 		 248 aa  42.7  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5126  glutamate synthase subunit alpha  29.17 
 
 		 1481 aa  43.1  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.979784  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>