193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_945 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_945  glutamate synthase-like protein protein, alpha subunit-like protein  100 
 
 
256 aa  528  1e-149  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1127  hypothetical protein  98.05 
 
 
256 aa  518  1e-146  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000223973  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0956  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  92.58 
 
 
256 aa  466  9.999999999999999e-131  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2024  glutamate synthase alpha subunit  54.32 
 
 
246 aa  268  5e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0540  glutamate synthase alpha subunit  52.89 
 
 
245 aa  265  4e-70  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.800593  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0526  glutamate synthase alpha subunit  52.89 
 
 
245 aa  265  4e-70  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.187094  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0562  glutamate synthase alpha subunit  51.65 
 
 
242 aa  255  4e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2357  glutamate synthase alpha subunit domain protein  50.2 
 
 
250 aa  255  5e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000800072  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1289  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  50.62 
 
 
245 aa  245  6e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000639589 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16290  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  49.59 
 
 
245 aa  243  1.9999999999999999e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.518041  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1339  glutamate synthase alpha subunit  49.8 
 
 
251 aa  242  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.794654 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2490  glutamate synthase alpha subunit  50.21 
 
 
248 aa  236  2e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0029  glutamate synthase alpha subunit domain protein  48.39 
 
 
252 aa  235  6e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1235  hypothetical protein  47.3 
 
 
248 aa  230  2e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0544  glutamate synthase alpha subunit domain protein  45.28 
 
 
281 aa  229  4e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00693523 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1752  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  46.47 
 
 
249 aa  224  1e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.216628 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1816  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  45.64 
 
 
251 aa  222  4.9999999999999996e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0997673  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0201  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  45.87 
 
 
240 aa  219  5e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0211  glutamate synthase alpha subunit  45.67 
 
 
264 aa  216  2e-55  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1094  glutamate synthase alpha subunit  45.42 
 
 
256 aa  216  2e-55  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1080  glutamate synthase alpha subunit  45.42 
 
 
263 aa  216  4e-55  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1596  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  45.42 
 
 
256 aa  214  9.999999999999999e-55  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0867  glutamate synthase alpha subunit  44.58 
 
 
256 aa  211  1e-53  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0287996  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0782  glutamate synthase, alpha subunit-like  41.63 
 
 
246 aa  209  2e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00542084  normal  0.210269 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1302  glutamate synthase alpha subunit  45.23 
 
 
261 aa  210  2e-53  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0332  glutamate synthase alpha subunit  41.15 
 
 
245 aa  206  2e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.951103  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2708  glutamate synthase alpha subunit domain protein  42.45 
 
 
248 aa  206  4e-52  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.414191  normal  0.756124 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0663  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  40.65 
 
 
247 aa  205  6e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.358325 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1692  glutamate synthase alpha subunit  39.83 
 
 
247 aa  199  3e-50  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.737414  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0030  glutamate synthase alpha subunit  39.18 
 
 
670 aa  149  4e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1740  glutamate synthase alpha subunit domain protein  40 
 
 
659 aa  144  1e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.627915  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1885  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  30.07 
 
 
646 aa  129  4.0000000000000003e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.273779  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1607  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  36.09 
 
 
572 aa  95.5  7e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0830  glutamate synthase alpha subunit  36.65 
 
 
568 aa  93.6  3e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.990819  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1812  glutamate synthase alpha subunit  32.41 
 
 
568 aa  93.2  4e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000275446 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1100  glutamate synthase alpha subunit  36.97 
 
 
553 aa  89.4  6e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.154608 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1377  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  31.48 
 
 
793 aa  71.6  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.118947  normal  0.859258 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2389  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  33.17 
 
 
777 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1503  ferredoxin-dependent glutamate synthase  26.58 
 
 
1530 aa  69.3  0.00000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28040  glutamate synthase (NADH) large subunit  29.82 
 
 
1527 aa  68.9  0.00000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.723113  normal  0.697076 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2600  glutamate synthase, alpha subunit-like  33.97 
 
 
771 aa  68.6  0.00000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1982  Glutamate synthase (ferredoxin)  28.84 
 
 
1521 aa  68.6  0.0000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.349695  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0383  glutamate synthase alpha subunit domain protein  31.63 
 
 
635 aa  67.4  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2500  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  26.41 
 
 
225 aa  66.6  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0493584  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0102  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  29.69 
 
 
777 aa  65.5  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20710  glutamate synthase (NADH) large subunit  31.46 
 
 
1524 aa  63.9  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.42786 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2949  Glutamate synthase (ferredoxin)  30.2 
 
 
1501 aa  63.5  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.341665  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2159  glutamate synthase alpha subunit  33.33 
 
 
771 aa  62.8  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.681462  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5693  Glutamate synthase (ferredoxin)  28.44 
 
 
1512 aa  60.5  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0890  glutamate synthase (ferredoxin)  32.72 
 
 
1536 aa  59.7  0.00000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00390315  decreased coverage  0.000127994 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1458  glutamate synthase  26.96 
 
 
1508 aa  59.7  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0475565  normal 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ02910  glutamate synthase (NADH), putative  27.56 
 
 
2135 aa  57.8  0.0000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.844202  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0326  glutamate synthase (ferredoxin)  32.58 
 
 
1533 aa  57.4  0.0000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.127491  normal  0.144966 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3013  glutamate synthase (NADH) large subunit  27.35 
 
 
1518 aa  57.4  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0945186 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2866  Glutamate synthase (ferredoxin)  28.21 
 
 
1519 aa  57.8  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.166773  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5702  Glutamate synthase (ferredoxin)  26.8 
 
 
1550 aa  56.2  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1173  glutamate synthase (NADH) large subunit  27.02 
 
 
1520 aa  56.2  0.0000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2276  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  27.97 
 
 
776 aa  54.7  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1078  glutamate synthase (NADH) large subunit  29.38 
 
 
1513 aa  55.1  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.706498  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3213  Glutamate synthase (ferredoxin)  28.02 
 
 
1542 aa  55.1  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2822  glutamate synthase (ferredoxin)  27.31 
 
 
1518 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.857674 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2942  Glutamate synthase (ferredoxin)  27.75 
 
 
1524 aa  54.7  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.290675  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2016  glutamate synthase (NADPH)  32.02 
 
 
1535 aa  54.3  0.000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1700  glutamate synthase alpha subunit domain protein  25 
 
 
236 aa  54.3  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3044  glutamate synthase (NADH) large subunit  27.75 
 
 
1518 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.417373  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3103  glutamate synthase (NADH) large subunit  27.75 
 
 
1518 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.238876  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3060  glutamate synthase (NADH) large subunit  27.75 
 
 
1518 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.378956 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2866  ferredoxin-dependent glutamate synthase  28.14 
 
 
1527 aa  53.5  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0168  glutamate synthase alpha subunit  26.79 
 
 
229 aa  53.1  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0232  Glutamate synthase (ferredoxin)  27.17 
 
 
1510 aa  53.1  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.261044 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3072  Glutamate synthase (ferredoxin)  27.78 
 
 
1527 aa  53.1  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.191791  hitchhiker  0.00286701 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2961  Glutamate synthase (ferredoxin)  29.25 
 
 
1536 aa  53.1  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.495295  normal  0.583434 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1350  Glutamate synthase (ferredoxin)  27.62 
 
 
1527 aa  53.5  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000183365 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0107  Glutamate synthase (ferredoxin)  26.9 
 
 
1535 aa  52.8  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16351  ferredoxin-dependent glutamate synthase  26.79 
 
 
1531 aa  52.8  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2275  glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal  26.54 
 
 
227 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.225316  hitchhiker  0.00959584 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2217  Glutamate synthase (ferredoxin)  27.37 
 
 
1516 aa  52.4  0.000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2584  hypothetical protein  25.41 
 
 
227 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0278158  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1442  formylmethanofuran dehydrogenase  33.02 
 
 
294 aa  52  0.000009  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.717791  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1078  ferredoxin-dependent glutamate synthase  29.89 
 
 
1529 aa  51.2  0.00001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1487  glutamate synthase, large subunit  30 
 
 
1465 aa  51.6  0.00001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0194294  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19531  ferredoxin-dependent glutamate synthase  29.89 
 
 
1475 aa  51.6  0.00001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0342  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  24.09 
 
 
272 aa  51.6  0.00001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.340647  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1424  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  26.05 
 
 
272 aa  51.6  0.00001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.176644  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0563  formylmethanofuran dehydrogenase  29.44 
 
 
289 aa  51.6  0.00001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1686  Glutamate synthase (ferredoxin)  28.43 
 
 
1537 aa  51.6  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000647876 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00928  glutamate synthase, large subunit  24.17 
 
 
1516 aa  50.8  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2112  formylmethanofuran dehydrogenase  34.81 
 
 
254 aa  51.2  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5932  formylmethanofuran dehydrogenase subunit C  24.44 
 
 
274 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0388185  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5479  Glutamate synthase (ferredoxin)  26.75 
 
 
1526 aa  51.2  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1723  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  24.89 
 
 
777 aa  50.8  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1954  glutamate synthase subunit alpha  26.59 
 
 
1487 aa  51.2  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13895  ferredoxin-dependent glutamate synthase [NADPH] large subunit gltB  30.2 
 
 
1527 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0084  formylmethanofuran dehydrogenase  30.65 
 
 
425 aa  51.2  0.00002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004466  glutamate synthase [NADPH] large chain  24.17 
 
 
1516 aa  50.8  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0458  glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  21.43 
 
 
230 aa  50.4  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.951315  normal  0.387952 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1665  formylmethanofuran dehydrogenase, subunit C  27.98 
 
 
269 aa  50.4  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.477479  normal  0.947493 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0118  Glutamate synthase (ferredoxin)  26.77 
 
 
1537 aa  50.1  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.750611  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3593  glutamate synthase (ferredoxin)  26.87 
 
 
1514 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.544233  normal  0.0352812 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3292  glutamate synthase alpha subunit  25.75 
 
 
228 aa  50.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>