140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3222 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  57.52 
 
 		 547 aa  649    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 		 529 aa  1082    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  57.74 
 
 		 534 aa  660    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  58.11 
 
 		 525 aa  662    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  52.47 
 
 		 539 aa  558  1e-158  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  52.66 
 
 		 539 aa  559  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  52.85 
 
 		 539 aa  560  1e-158  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  51.61 
 
 		 540 aa  554  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  52.08 
 
 		 539 aa  549  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  33.82 
 
 		 555 aa  307  3e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  31.54 
 
 		 540 aa  207  5e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  27.02 
 
 		 519 aa  194  4e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  28.17 
 
 		 543 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  25.99 
 
 		 529 aa  120  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.75 
 
 		 562 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.03 
 
 		 533 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  25.22 
 
 		 641 aa  114  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.16 
 
 		 525 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  25.54 
 
 		 559 aa  111  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.37 
 
 		 560 aa  111  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.61 
 
 		 560 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.51 
 
 		 525 aa  109  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.55 
 
 		 560 aa  108  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  26.28 
 
 		 506 aa  108  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  25.23 
 
 		 543 aa  107  5e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.34 
 
 		 525 aa  106  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  26.53 
 
 		 574 aa  106  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.12 
 
 		 575 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.88 
 
 		 575 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  24.94 
 
 		 565 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.31 
 
 		 554 aa  105  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  26.38 
 
 		 506 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.31 
 
 		 547 aa  103  8e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.21 
 
 		 575 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.63 
 
 		 526 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.17 
 
 		 518 aa  100  8e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.65 
 
 		 570 aa  99.8  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  26.26 
 
 		 521 aa  99  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25 
 
 		 541 aa  95.5  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.7 
 
 		 534 aa  94.7  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  23.33 
 
 		 539 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  24 
 
 		 542 aa  92  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.22 
 
 		 534 aa  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.51 
 
 		 506 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.14 
 
 		 529 aa  90.9  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.53 
 
 		 557 aa  89.4  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  22.6 
 
 		 519 aa  87.4  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.37 
 
 		 506 aa  87.4  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  22.99 
 
 		 540 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.81 
 
 		 374 aa  85.5  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  23.08 
 
 		 476 aa  85.5  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.82 
 
 		 556 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  23.78 
 
 		 538 aa  83.2  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  25.26 
 
 		 627 aa  82.4  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.1 
 
 		 551 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.47 
 
 		 530 aa  81.6  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.49 
 
 		 530 aa  80.1  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  22.83 
 
 		 519 aa  79  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.89 
 
 		 575 aa  79  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  22.25 
 
 		 524 aa  77  0.0000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  23.16 
 
 		 546 aa  75.5  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  21.89 
 
 		 536 aa  75.1  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  23.8 
 
 		 496 aa  73.2  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.32 
 
 		 503 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  22.47 
 
 		 550 aa  73.2  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  23.43 
 
 		 529 aa  71.6  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.89 
 
 		 507 aa  72  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  20.51 
 
 		 503 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.51 
 
 		 503 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.38 
 
 		 571 aa  70.5  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  22.85 
 
 		 545 aa  70.1  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.86 
 
 		 539 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  22.19 
 
 		 376 aa  67.4  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  23.44 
 
 		 553 aa  67  0.0000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.28 
 
 		 559 aa  66.6  0.0000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0219  hypothetical protein  31.25 
 
 		 180 aa  66.6  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  25.09 
 
 		 542 aa  64.3  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  20.93 
 
 		 497 aa  64.3  0.000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26 
 
 		 560 aa  62.8  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.47 
 
 		 387 aa  63.5  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  21.66 
 
 		 559 aa  62.8  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.17 
 
 		 559 aa  63.2  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  25.57 
 
 		 560 aa  62.8  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  24.02 
 
 		 437 aa  62  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4375  PepSY-associated TM helix domain protein  21.39 
 
 		 380 aa  62  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.170457 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4265  PepSY-associated TM helix domain protein  21.39 
 
 		 380 aa  62  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.312937 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  19.72 
 
 		 503 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3271  PepSY-associated TM helix  23.89 
 
 		 373 aa  61.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.359337 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.37 
 
 		 376 aa  61.6  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.62 
 
 		 370 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  22.57 
 
 		 371 aa  58.5  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  22.81 
 
 		 381 aa  57  0.0000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  20.6 
 
 		 377 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  22.58 
 
 		 502 aa  56.2  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1737  hypothetical protein  24.24 
 
 		 380 aa  56.6  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.396154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  19.41 
 
 		 369 aa  56.2  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.38 
 
 		 370 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0349  PepSY-associated TM helix domain protein  21.55 
 
 		 370 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.472223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.29 
 
 		 410 aa  55.8  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.03 
 
 		 377 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>