123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2356 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  100 
 
 		 574 aa  1184    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  53.2 
 
 		 547 aa  591  1e-168  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  53.87 
 
 		 556 aa  585  1e-166  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  54.64 
 
 		 541 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  48.34 
 
 		 560 aa  555  1e-157  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  48.52 
 
 		 560 aa  556  1e-157  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  48.34 
 
 		 560 aa  557  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  48.17 
 
 		 559 aa  552  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  48.93 
 
 		 554 aa  550  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  50.09 
 
 		 575 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  50.87 
 
 		 570 aa  546  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  48.33 
 
 		 565 aa  548  1e-154  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  50.09 
 
 		 575 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  48.15 
 
 		 575 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  44.76 
 
 		 519 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42 
 
 		 534 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.83 
 
 		 534 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  40.54 
 
 		 542 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.66 
 
 		 529 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  39.85 
 
 		 545 aa  365  1e-99  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.32 
 
 		 525 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  38.06 
 
 		 521 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  37.7 
 
 		 529 aa  332  1e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 526 aa  329  7e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.79 
 
 		 525 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  38.69 
 
 		 641 aa  327  5e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.26 
 
 		 530 aa  323  5e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.26 
 
 		 530 aa  317  3e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  33.51 
 
 		 543 aa  314  1.9999999999999998e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  35.87 
 
 		 539 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.35 
 
 		 539 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  36.64 
 
 		 538 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.2 
 
 		 575 aa  296  6e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  36.45 
 
 		 550 aa  290  6e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  35.77 
 
 		 536 aa  288  2e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  34.48 
 
 		 551 aa  283  8.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  35.01 
 
 		 540 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  34.81 
 
 		 524 aa  272  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  33.58 
 
 		 562 aa  270  4e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  33.03 
 
 		 542 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  34.19 
 
 		 507 aa  251  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  34.32 
 
 		 506 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  34.8 
 
 		 560 aa  238  2e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  32.91 
 
 		 627 aa  234  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  33.27 
 
 		 506 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  31.82 
 
 		 506 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  31.21 
 
 		 476 aa  225  2e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  32.48 
 
 		 506 aa  223  9e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  34.8 
 
 		 560 aa  210  7e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  31.56 
 
 		 553 aa  208  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  28.68 
 
 		 529 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.2 
 
 		 571 aa  187  4e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  28.57 
 
 		 559 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.62 
 
 		 557 aa  172  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.73 
 
 		 559 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.01 
 
 		 559 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  27.29 
 
 		 519 aa  161  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  25.86 
 
 		 543 aa  143  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.32 
 
 		 533 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  24.27 
 
 		 540 aa  127  7e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  25.59 
 
 		 519 aa  124  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.04 
 
 		 525 aa  124  7e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  25.09 
 
 		 547 aa  117  7.999999999999999e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.12 
 
 		 525 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  23.3 
 
 		 534 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.53 
 
 		 529 aa  107  7e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  21.15 
 
 		 546 aa  102  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.67 
 
 		 518 aa  98.6  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.81 
 
 		 539 aa  96.3  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.81 
 
 		 539 aa  94.7  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  24.34 
 
 		 555 aa  92  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  31.71 
 
 		 387 aa  90.9  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  22.3 
 
 		 539 aa  90.1  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  22.03 
 
 		 539 aa  89.4  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.06 
 
 		 540 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.44 
 
 		 374 aa  79.3  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  23.87 
 
 		 496 aa  73.2  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  23.44 
 
 		 502 aa  71.2  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  21.28 
 
 		 497 aa  70.1  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.43 
 
 		 501 aa  67.8  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  23.08 
 
 		 527 aa  64.7  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  20.89 
 
 		 398 aa  60.5  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  22.92 
 
 		 407 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  21.76 
 
 		 399 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.43 
 
 		 389 aa  55.8  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  22.88 
 
 		 397 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  24.55 
 
 		 377 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  24.55 
 
 		 377 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.06 
 
 		 389 aa  55.5  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.22 
 
 		 389 aa  54.7  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  22.73 
 
 		 397 aa  54.3  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  22.13 
 
 		 411 aa  54.3  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  25.45 
 
 		 376 aa  53.5  0.000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  23.18 
 
 		 396 aa  53.5  0.000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  20.71 
 
 		 380 aa  53.1  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  23.33 
 
 		 397 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  23.04 
 
 		 410 aa  52.8  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  21.97 
 
 		 397 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.37 
 
 		 410 aa  52.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  21.77 
 
 		 371 aa  51.2  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>