204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1365 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  100 
 
 		 543 aa  1102    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  60.78 
 
 		 540 aa  633  1e-180  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  44.26 
 
 		 519 aa  424  1e-117  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  37.21 
 
 		 555 aa  294  3e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  32.29 
 
 		 539 aa  231  3e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  31.94 
 
 		 539 aa  229  9e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  31.82 
 
 		 539 aa  228  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  31.47 
 
 		 540 aa  225  1e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  30.07 
 
 		 539 aa  220  5e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  29.63 
 
 		 547 aa  219  7e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.29 
 
 		 525 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  30.28 
 
 		 534 aa  212  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.17 
 
 		 529 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  25.93 
 
 		 543 aa  184  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.09 
 
 		 533 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.03 
 
 		 575 aa  153  8e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  26.72 
 
 		 521 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26 
 
 		 575 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  25.83 
 
 		 565 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  31.14 
 
 		 506 aa  151  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  30.56 
 
 		 506 aa  150  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.09 
 
 		 575 aa  149  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.5 
 
 		 534 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.74 
 
 		 525 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.65 
 
 		 575 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.88 
 
 		 554 aa  147  5e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  25.35 
 
 		 559 aa  146  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.97 
 
 		 534 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.6 
 
 		 560 aa  144  5e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  27.63 
 
 		 542 aa  142  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.43 
 
 		 560 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.13 
 
 		 547 aa  140  7e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  28.52 
 
 		 529 aa  140  7.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25 
 
 		 560 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  26.93 
 
 		 536 aa  136  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  28.02 
 
 		 519 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.82 
 
 		 518 aa  134  3e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.62 
 
 		 551 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  25.86 
 
 		 574 aa  133  9e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  25.1 
 
 		 538 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.93 
 
 		 556 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.79 
 
 		 570 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.95 
 
 		 557 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  28.26 
 
 		 627 aa  127  4.0000000000000003e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  27.71 
 
 		 545 aa  126  9e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  27.83 
 
 		 542 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.21 
 
 		 530 aa  124  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.64 
 
 		 529 aa  124  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.92 
 
 		 501 aa  124  6e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  26.11 
 
 		 524 aa  122  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.68 
 
 		 525 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25 
 
 		 530 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.29 
 
 		 526 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.36 
 
 		 562 aa  120  9e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  26.6 
 
 		 540 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  25.48 
 
 		 641 aa  118  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  23.7 
 
 		 546 aa  117  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  24.06 
 
 		 539 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  24.43 
 
 		 497 aa  117  7.999999999999999e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.79 
 
 		 571 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  27.02 
 
 		 550 aa  114  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.01 
 
 		 541 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.2 
 
 		 525 aa  113  9e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.83 
 
 		 507 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  29.48 
 
 		 476 aa  112  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.87 
 
 		 539 aa  109  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.93 
 
 		 503 aa  104  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.12 
 
 		 506 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.87 
 
 		 374 aa  101  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  26.49 
 
 		 503 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.49 
 
 		 503 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.97 
 
 		 506 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  24.58 
 
 		 519 aa  98.6  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.68 
 
 		 387 aa  97.4  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  26.15 
 
 		 503 aa  92  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  26.92 
 
 		 502 aa  92  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  28.21 
 
 		 504 aa  88.6  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  24.56 
 
 		 496 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  22.89 
 
 		 529 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.05 
 
 		 559 aa  80.5  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.2 
 
 		 377 aa  80.5  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.24 
 
 		 370 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.74 
 
 		 370 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  24.49 
 
 		 559 aa  79  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.83 
 
 		 559 aa  78.2  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  23.5 
 
 		 371 aa  77.8  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  22.11 
 
 		 377 aa  77.4  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  24.38 
 
 		 380 aa  77  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.27 
 
 		 386 aa  76.3  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  23.6 
 
 		 376 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0349  PepSY-associated TM helix domain protein  24.07 
 
 		 370 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.472223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0607  PepSY-associated TM helix domain protein  25.65 
 
 		 408 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.861518  normal  0.0104892 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3346  uncharacterized iron-regulated membrane protein  25.97 
 
 		 411 aa  74.3  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39830  hypothetical protein  25.81 
 
 		 383 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.123723  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  21.95 
 
 		 377 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0244  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.49 
 
 		 412 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  22.96 
 
 		 407 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  24.37 
 
 		 560 aa  72  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5242  PepSY-associated TM helix domain protein  23.64 
 
 		 433 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.816011 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.36 
 
 		 560 aa  71.2  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260826 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>