171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02200 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  100 
 
 
540 aa  1082    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  60.78 
 
 
543 aa  659    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  43.61 
 
 
519 aa  395  1e-108  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  36.8 
 
 
555 aa  268  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  32.04 
 
 
539 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  31.68 
 
 
539 aa  229  9e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.4 
 
 
540 aa  228  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  30.99 
 
 
539 aa  226  7e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  31.84 
 
 
529 aa  221  3e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  30.66 
 
 
539 aa  217  4e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  29.8 
 
 
547 aa  216  7e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  28.86 
 
 
534 aa  204  3e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29 
 
 
525 aa  204  5e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.94 
 
 
575 aa  161  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  25.47 
 
 
543 aa  160  5e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  28.96 
 
 
521 aa  160  8e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  30.12 
 
 
536 aa  159  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  27.72 
 
 
529 aa  157  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.27 
 
 
554 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  25 
 
 
565 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.05 
 
 
575 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.19 
 
 
575 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.4 
 
 
533 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.24 
 
 
575 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.19 
 
 
547 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  25.58 
 
 
559 aa  144  5e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.73 
 
 
560 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.53 
 
 
560 aa  141  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.34 
 
 
560 aa  140  7e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.6 
 
 
526 aa  140  7e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.27 
 
 
525 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  28.91 
 
 
542 aa  138  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  28.9 
 
 
519 aa  135  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.58 
 
 
562 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  28.16 
 
 
506 aa  134  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  30.02 
 
 
545 aa  133  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.05 
 
 
556 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  26.24 
 
 
539 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.28 
 
 
534 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  26.67 
 
 
540 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  27.25 
 
 
542 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  24.47 
 
 
574 aa  127  5e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  25.77 
 
 
538 aa  127  5e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.81 
 
 
525 aa  127  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.1 
 
 
534 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.74 
 
 
570 aa  127  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.84 
 
 
506 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.96 
 
 
518 aa  126  9e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  27.55 
 
 
641 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.38 
 
 
541 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.95 
 
 
525 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.07 
 
 
557 aa  124  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.49 
 
 
506 aa  123  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  27.95 
 
 
506 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  28.15 
 
 
627 aa  123  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  26.88 
 
 
524 aa  123  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.92 
 
 
530 aa  120  7.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.74 
 
 
539 aa  120  9e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  28.12 
 
 
550 aa  119  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.05 
 
 
530 aa  118  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.02 
 
 
507 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.32 
 
 
501 aa  114  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.62 
 
 
551 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  25.28 
 
 
546 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.19 
 
 
529 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  27.22 
 
 
503 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.22 
 
 
503 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.66 
 
 
571 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  23.51 
 
 
497 aa  108  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.43 
 
 
503 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  26.04 
 
 
519 aa  105  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  28.98 
 
 
476 aa  103  8e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.22 
 
 
374 aa  103  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  27.49 
 
 
503 aa  102  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  28.29 
 
 
502 aa  100  8e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  23.8 
 
 
496 aa  95.5  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  24.73 
 
 
559 aa  92  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.09 
 
 
559 aa  92  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.51 
 
 
387 aa  90.1  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  25.36 
 
 
504 aa  89.7  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.29 
 
 
559 aa  85.1  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  26.86 
 
 
560 aa  82.4  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  23.89 
 
 
553 aa  77.8  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  19.7 
 
 
369 aa  75.1  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  26.58 
 
 
410 aa  72.8  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  22.3 
 
 
399 aa  70.5  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  22.87 
 
 
403 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2157  putative iron-regulated membrane protein  26.14 
 
 
504 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.921249  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  24.64 
 
 
529 aa  68.9  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  23.4 
 
 
403 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0885  hypothetical protein  26.14 
 
 
504 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0795  hypothetical protein  26.14 
 
 
504 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.44 
 
 
560 aa  67.8  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.69 
 
 
382 aa  67.4  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  21.84 
 
 
396 aa  67  0.0000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.44 
 
 
370 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  22.94 
 
 
376 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0607  PepSY-associated TM helix domain protein  25.49 
 
 
408 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.861518  normal  0.0104892 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.69 
 
 
386 aa  65.9  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1435  PepSY-associated membrane protein  24.42 
 
 
376 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324657  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>