162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0449 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  100 
 
 		 539 aa  1101    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  87.17 
 
 		 539 aa  978    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  87.36 
 
 		 539 aa  981    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  88.87 
 
 		 539 aa  993    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  82.93 
 
 		 540 aa  925    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  52.08 
 
 		 529 aa  549  1e-155  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  48.98 
 
 		 534 aa  524  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  49.62 
 
 		 525 aa  522  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  49.72 
 
 		 547 aa  509  1e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  38.28 
 
 		 555 aa  341  2e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  30.07 
 
 		 543 aa  220  5e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  32.26 
 
 		 519 aa  213  4.9999999999999996e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  30.76 
 
 		 540 aa  207  5e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  27.46 
 
 		 641 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.09 
 
 		 525 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.95 
 
 		 525 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.38 
 
 		 525 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  26.25 
 
 		 529 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.62 
 
 		 533 aa  114  6e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.68 
 
 		 526 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.94 
 
 		 530 aa  104  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.72 
 
 		 530 aa  103  9e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  24.59 
 
 		 546 aa  102  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.56 
 
 		 518 aa  100  8e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.48 
 
 		 562 aa  99.8  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  25.51 
 
 		 538 aa  99.8  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  24.55 
 
 		 543 aa  98.6  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.24 
 
 		 541 aa  97.8  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  24.58 
 
 		 521 aa  97.4  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  25.9 
 
 		 506 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  27.03 
 
 		 506 aa  94.4  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.66 
 
 		 507 aa  93.6  8e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.07 
 
 		 575 aa  93.6  9e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.89 
 
 		 575 aa  92.8  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.02 
 
 		 575 aa  91.7  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  22.87 
 
 		 539 aa  91.3  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  24.06 
 
 		 565 aa  90.5  6e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.5 
 
 		 571 aa  90.5  6e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  24.23 
 
 		 519 aa  90.5  7e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.09 
 
 		 557 aa  90.1  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.59 
 
 		 551 aa  89.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  22.66 
 
 		 559 aa  88.6  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.24 
 
 		 539 aa  87.4  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.31 
 
 		 575 aa  87.4  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  21.41 
 
 		 497 aa  87  7e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.49 
 
 		 570 aa  87  8e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.81 
 
 		 554 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.43 
 
 		 560 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  23.81 
 
 		 536 aa  85.9  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.02 
 
 		 547 aa  84  0.000000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  24.15 
 
 		 542 aa  83.6  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.56 
 
 		 556 aa  83.6  0.000000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  23.56 
 
 		 540 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  24.22 
 
 		 542 aa  82.8  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.01 
 
 		 506 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.43 
 
 		 560 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.65 
 
 		 560 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  26.97 
 
 		 550 aa  82.4  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  22.47 
 
 		 574 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0219  hypothetical protein  42.75 
 
 		 180 aa  82  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.98 
 
 		 506 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.8 
 
 		 534 aa  82  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.36 
 
 		 534 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  24.51 
 
 		 476 aa  80.5  0.00000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  26.27 
 
 		 627 aa  78.6  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  24.35 
 
 		 560 aa  78.2  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  24.81 
 
 		 376 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.16 
 
 		 374 aa  77.4  0.0000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24 
 
 		 529 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.26 
 
 		 560 aa  74.3  0.000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.34 
 
 		 503 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.38 
 
 		 559 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  22.77 
 
 		 559 aa  70.5  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  22.62 
 
 		 524 aa  70.5  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  21.38 
 
 		 503 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.38 
 
 		 503 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  25 
 
 		 371 aa  68.9  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  24.24 
 
 		 545 aa  68.2  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  22.73 
 
 		 503 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  27.63 
 
 		 519 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  22.05 
 
 		 502 aa  67.4  0.0000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39830  hypothetical protein  24.93 
 
 		 383 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.123723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.25 
 
 		 382 aa  66.6  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  25 
 
 		 397 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  22.58 
 
 		 377 aa  65.5  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.86 
 
 		 382 aa  65.5  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  22.78 
 
 		 527 aa  65.5  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3375  hypothetical protein  24.41 
 
 		 383 aa  65.1  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0248134  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.53 
 
 		 386 aa  64.7  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.21 
 
 		 377 aa  64.3  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.4 
 
 		 559 aa  64.7  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.84 
 
 		 501 aa  64.3  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.79 
 
 		 370 aa  63.9  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  23.75 
 
 		 529 aa  63.2  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  25.3 
 
 		 397 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  21.75 
 
 		 504 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  22.37 
 
 		 459 aa  62.8  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0349  PepSY-associated TM helix domain protein  24.89 
 
 		 370 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.472223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.3 
 
 		 370 aa  62  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  22.33 
 
 		 377 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>