160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3578 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  87.36 
 
 
539 aa  981    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  98.52 
 
 
539 aa  1088    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 
539 aa  1102    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  92.94 
 
 
539 aa  1035    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  83.15 
 
 
540 aa  939    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  52.66 
 
 
529 aa  559  1e-158  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  50.47 
 
 
525 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  49.91 
 
 
534 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  48.67 
 
 
547 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  38.5 
 
 
555 aa  352  8.999999999999999e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  31.94 
 
 
543 aa  229  9e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  32.21 
 
 
540 aa  226  9e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  32.38 
 
 
519 aa  213  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  28.28 
 
 
641 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.03 
 
 
525 aa  118  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.77 
 
 
525 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  26.67 
 
 
529 aa  113  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.48 
 
 
533 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.23 
 
 
530 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.99 
 
 
530 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.29 
 
 
525 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.86 
 
 
526 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  23.03 
 
 
538 aa  105  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.64 
 
 
575 aa  105  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.34 
 
 
575 aa  104  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.24 
 
 
575 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  22.76 
 
 
543 aa  100  5e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  23.72 
 
 
565 aa  99.8  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.82 
 
 
562 aa  98.6  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.64 
 
 
518 aa  99.4  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  26.7 
 
 
506 aa  99  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0219  hypothetical protein  44.44 
 
 
180 aa  97.8  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.08 
 
 
541 aa  97.8  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  24.73 
 
 
519 aa  94.7  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.36 
 
 
551 aa  94.7  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  24.74 
 
 
521 aa  94.4  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.88 
 
 
507 aa  94.4  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  23.8 
 
 
559 aa  93.6  8e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  22.56 
 
 
574 aa  93.2  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  22.06 
 
 
546 aa  92.8  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  22.97 
 
 
539 aa  92.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.05 
 
 
539 aa  92.8  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.97 
 
 
554 aa  91.3  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.35 
 
 
571 aa  90.5  6e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.84 
 
 
575 aa  90.5  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  23.23 
 
 
497 aa  90.1  9e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.73 
 
 
556 aa  89.7  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  24.22 
 
 
542 aa  89.4  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.24 
 
 
570 aa  89  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.82 
 
 
560 aa  87  8e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.51 
 
 
560 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.46 
 
 
560 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.47 
 
 
547 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.17 
 
 
557 aa  85.1  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  24.71 
 
 
542 aa  85.1  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  24.52 
 
 
627 aa  84.3  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.93 
 
 
506 aa  83.6  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.43 
 
 
506 aa  83.6  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  22.93 
 
 
536 aa  82.8  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.11 
 
 
534 aa  81.3  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.99 
 
 
529 aa  81.3  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  25 
 
 
560 aa  80.9  0.00000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  23.03 
 
 
476 aa  80.1  0.00000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  32.17 
 
 
506 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  23.43 
 
 
540 aa  78.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  25.62 
 
 
550 aa  78.2  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  23.21 
 
 
524 aa  77.8  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.58 
 
 
534 aa  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.67 
 
 
560 aa  77.4  0.0000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.42 
 
 
503 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.87 
 
 
374 aa  74.3  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  22.15 
 
 
503 aa  73.9  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.15 
 
 
503 aa  73.9  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  27.75 
 
 
519 aa  71.6  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.08 
 
 
501 aa  70.5  0.00000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  21.27 
 
 
459 aa  68.9  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  27.08 
 
 
545 aa  67.8  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  22.57 
 
 
503 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.93 
 
 
410 aa  66.2  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.13 
 
 
369 aa  66.2  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39830  hypothetical protein  25 
 
 
383 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.123723  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.83 
 
 
559 aa  65.5  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  22.73 
 
 
376 aa  65.5  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  23.83 
 
 
559 aa  65.1  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  22.19 
 
 
502 aa  64.7  0.000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  21.76 
 
 
382 aa  64.7  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  22.22 
 
 
527 aa  64.7  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3375  hypothetical protein  24.54 
 
 
383 aa  64.7  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0248134  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  23.65 
 
 
529 aa  64.3  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.8 
 
 
386 aa  64.3  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.47 
 
 
559 aa  64.3  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.51 
 
 
382 aa  63.9  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  21.51 
 
 
504 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  29.91 
 
 
553 aa  62.4  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  24.18 
 
 
397 aa  62  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.91 
 
 
376 aa  61.6  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  22 
 
 
496 aa  61.6  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  22.17 
 
 
394 aa  61.6  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.37 
 
 
377 aa  60.5  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  21.19 
 
 
385 aa  58.9  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.199374 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>