138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3407 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  60.34 
 
 		 541 aa  637    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  100 
 
 		 559 aa  1162    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  79.68 
 
 		 565 aa  927    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  88.57 
 
 		 560 aa  1027    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  88.57 
 
 		 560 aa  1027    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  88.39 
 
 		 560 aa  1025    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  80 
 
 		 575 aa  924    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  75.67 
 
 		 554 aa  880    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  80 
 
 		 575 aa  926    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  57.48 
 
 		 556 aa  640    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  58.03 
 
 		 547 aa  651    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  80.21 
 
 		 575 aa  931    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  52.62 
 
 		 570 aa  579  1e-164  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  48.17 
 
 		 574 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  51.26 
 
 		 519 aa  487  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.81 
 
 		 534 aa  445  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  45.19 
 
 		 534 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  43.86 
 
 		 542 aa  435  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.65 
 
 		 529 aa  435  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  42.75 
 
 		 545 aa  404  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.75 
 
 		 530 aa  356  5.999999999999999e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  39.23 
 
 		 538 aa  355  7.999999999999999e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  36.94 
 
 		 521 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.75 
 
 		 530 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.18 
 
 		 575 aa  350  3e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.36 
 
 		 539 aa  345  1e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  35.08 
 
 		 543 aa  344  2e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  38.48 
 
 		 529 aa  344  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.45 
 
 		 525 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.33 
 
 		 526 aa  326  7e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  36.16 
 
 		 539 aa  317  4e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  37.63 
 
 		 536 aa  317  5e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.6 
 
 		 525 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  36.52 
 
 		 641 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  36.77 
 
 		 540 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.02 
 
 		 551 aa  297  4e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  35.87 
 
 		 542 aa  292  9e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  35.19 
 
 		 524 aa  289  9e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.33 
 
 		 562 aa  288  2e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.17 
 
 		 506 aa  280  5e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.74 
 
 		 506 aa  280  7e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  33.78 
 
 		 550 aa  278  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.42 
 
 		 507 aa  277  4e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  32.58 
 
 		 506 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  33.64 
 
 		 627 aa  256  6e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  32.67 
 
 		 506 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  35.02 
 
 		 476 aa  253  7e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  34.63 
 
 		 560 aa  244  3.9999999999999997e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  30.76 
 
 		 529 aa  225  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  31.26 
 
 		 553 aa  225  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.21 
 
 		 560 aa  218  2.9999999999999998e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  31.93 
 
 		 571 aa  204  4e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  29.04 
 
 		 519 aa  191  2e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.38 
 
 		 557 aa  179  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  25.98 
 
 		 559 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.32 
 
 		 559 aa  162  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.8 
 
 		 559 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  25.35 
 
 		 543 aa  146  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.61 
 
 		 533 aa  141  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.9 
 
 		 525 aa  138  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  25.05 
 
 		 540 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  24.57 
 
 		 547 aa  127  6e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.56 
 
 		 518 aa  119  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  26.38 
 
 		 519 aa  118  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  22.94 
 
 		 546 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  23.71 
 
 		 534 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.54 
 
 		 529 aa  111  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.51 
 
 		 525 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  24.3 
 
 		 527 aa  100  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  33.65 
 
 		 387 aa  94.4  5e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.8 
 
 		 539 aa  93.6  8e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.8 
 
 		 539 aa  93.2  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  22.43 
 
 		 555 aa  91.7  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  23.93 
 
 		 539 aa  91.3  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.21 
 
 		 374 aa  90.9  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  24.01 
 
 		 496 aa  90.5  7e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.47 
 
 		 540 aa  89.7  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  22.66 
 
 		 539 aa  88.6  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  23.49 
 
 		 503 aa  74.3  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.49 
 
 		 503 aa  74.3  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.88 
 
 		 503 aa  73.6  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  24.08 
 
 		 497 aa  69.7  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25 
 
 		 501 aa  68.6  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  22.19 
 
 		 503 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  21.84 
 
 		 403 aa  63.9  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  21.73 
 
 		 403 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.28 
 
 		 389 aa  63.2  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.02 
 
 		 389 aa  62  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  23.11 
 
 		 502 aa  61.6  0.00000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3065  PepSY-associated TM helix  23.91 
 
 		 366 aa  60.8  0.00000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.5229  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  23.93 
 
 		 377 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  23.93 
 
 		 377 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  22.75 
 
 		 389 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.16 
 
 		 410 aa  58.2  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.4 
 
 		 382 aa  57.8  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  21.9 
 
 		 397 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  25 
 
 		 410 aa  55.5  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.18 
 
 		 389 aa  55.8  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.48 
 
 		 376 aa  55.8  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  21.9 
 
 		 397 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>