142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1239 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  61.3 
 
 		 541 aa  643    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 		 570 aa  1168    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  60 
 
 		 556 aa  656    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  54.82 
 
 		 547 aa  640    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  56.04 
 
 		 554 aa  625  1e-178  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  54.28 
 
 		 575 aa  624  1e-177  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  53.65 
 
 		 565 aa  619  1e-176  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  54.2 
 
 		 560 aa  615  1e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  53.85 
 
 		 560 aa  615  1e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  53.65 
 
 		 575 aa  617  1e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  54.2 
 
 		 560 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  54.01 
 
 		 575 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  52.62 
 
 		 559 aa  600  1e-170  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  50.87 
 
 		 574 aa  546  1e-154  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  52.21 
 
 		 519 aa  504  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.19 
 
 		 534 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.57 
 
 		 534 aa  451  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.28 
 
 		 529 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  43.06 
 
 		 542 aa  416  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  41.63 
 
 		 545 aa  373  1e-102  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  38.08 
 
 		 521 aa  361  2e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.32 
 
 		 525 aa  350  3e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  41.46 
 
 		 538 aa  349  9e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  38.57 
 
 		 529 aa  344  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.91 
 
 		 530 aa  344  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.72 
 
 		 575 aa  340  2.9999999999999998e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.91 
 
 		 530 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.07 
 
 		 526 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  38.14 
 
 		 641 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  34.66 
 
 		 543 aa  336  5.999999999999999e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.17 
 
 		 525 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  37.88 
 
 		 539 aa  333  5e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  38.14 
 
 		 550 aa  327  5e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  39.64 
 
 		 524 aa  323  5e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  37.24 
 
 		 540 aa  313  6.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.55 
 
 		 539 aa  312  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.8 
 
 		 551 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  36.6 
 
 		 542 aa  306  7e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  37.52 
 
 		 536 aa  306  7e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.33 
 
 		 506 aa  299  9e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.14 
 
 		 506 aa  287  4e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.66 
 
 		 562 aa  281  3e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  35.01 
 
 		 627 aa  271  2e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  34.05 
 
 		 476 aa  259  7e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.81 
 
 		 507 aa  259  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  34.97 
 
 		 506 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  35.06 
 
 		 506 aa  250  5e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  32.85 
 
 		 553 aa  242  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  36.82 
 
 		 560 aa  239  9e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38 
 
 		 560 aa  226  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  33.46 
 
 		 571 aa  225  2e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  29.87 
 
 		 529 aa  224  4e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  28.45 
 
 		 559 aa  194  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.4 
 
 		 559 aa  192  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.92 
 
 		 559 aa  192  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  28.67 
 
 		 519 aa  185  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.94 
 
 		 557 aa  178  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.3 
 
 		 525 aa  157  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.14 
 
 		 533 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  26.79 
 
 		 543 aa  142  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  26.79 
 
 		 540 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  26.13 
 
 		 519 aa  122  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.27 
 
 		 529 aa  105  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  23.95 
 
 		 547 aa  103  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.33 
 
 		 518 aa  101  5e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  23.63 
 
 		 534 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.58 
 
 		 525 aa  99.8  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  26.06 
 
 		 546 aa  97.8  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.54 
 
 		 539 aa  95.9  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.82 
 
 		 539 aa  94.7  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  23.91 
 
 		 539 aa  94.4  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  24.21 
 
 		 555 aa  93.2  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  23.8 
 
 		 539 aa  92.8  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.88 
 
 		 387 aa  92.4  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.33 
 
 		 374 aa  92  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.3 
 
 		 540 aa  92  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.12 
 
 		 501 aa  76.6  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  26.34 
 
 		 496 aa  74.7  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  24.07 
 
 		 527 aa  73.9  0.000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  22.75 
 
 		 410 aa  67  0.0000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  25 
 
 		 502 aa  66.2  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  22.47 
 
 		 398 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  24.68 
 
 		 497 aa  63.9  0.000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1143  PepSY-associated TM helix  26.71 
 
 		 377 aa  62.8  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.193504  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  25.25 
 
 		 377 aa  62  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  22.3 
 
 		 397 aa  61.2  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  22.42 
 
 		 403 aa  60.8  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  22.3 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  21.99 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  21.23 
 
 		 403 aa  60.5  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  25.25 
 
 		 377 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  21.73 
 
 		 397 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  23.41 
 
 		 504 aa  57  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.29 
 
 		 425 aa  56.2  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  24.74 
 
 		 371 aa  55.8  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  20.64 
 
 		 389 aa  55.8  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  22.42 
 
 		 411 aa  55.1  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0028  PepSY-associated TM helix  27.15 
 
 		 362 aa  54.7  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.522005  normal  0.11263 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  21.77 
 
 		 399 aa  54.3  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  23.74 
 
 		 393 aa  54.3  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>