162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2856 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  75.05 
 
 
542 aa  750    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  100 
 
 
539 aa  1086    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  71.93 
 
 
540 aa  769    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  65.16 
 
 
575 aa  628  1e-179  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  59.51 
 
 
536 aa  574  1.0000000000000001e-162  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  45.92 
 
 
521 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  45.81 
 
 
529 aa  411  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  45.96 
 
 
545 aa  408  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  46.63 
 
 
550 aa  387  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.79 
 
 
525 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  44.22 
 
 
542 aa  384  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  46.08 
 
 
526 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  43.95 
 
 
641 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  45.82 
 
 
538 aa  377  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  45.6 
 
 
530 aa  372  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.53 
 
 
525 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  45.19 
 
 
530 aa  368  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  37.1 
 
 
543 aa  358  1.9999999999999998e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.72 
 
 
562 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  42.97 
 
 
524 aa  352  1e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  46.02 
 
 
539 aa  335  2e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.37 
 
 
554 aa  335  2e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.45 
 
 
560 aa  322  9.000000000000001e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.64 
 
 
534 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.45 
 
 
560 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.45 
 
 
560 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.33 
 
 
534 aa  320  6e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.91 
 
 
570 aa  319  7e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.92 
 
 
551 aa  319  9e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  40.65 
 
 
476 aa  319  9e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  36.06 
 
 
559 aa  317  2e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.42 
 
 
506 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.3 
 
 
556 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.2 
 
 
547 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.28 
 
 
575 aa  311  1e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  35.81 
 
 
565 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.88 
 
 
506 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  34.88 
 
 
575 aa  310  4e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.32 
 
 
529 aa  310  4e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.28 
 
 
575 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  35.22 
 
 
574 aa  300  3e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.27 
 
 
541 aa  299  8e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.7 
 
 
507 aa  296  6e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  44.49 
 
 
560 aa  296  7e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  34.3 
 
 
529 aa  286  7e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  37.55 
 
 
519 aa  278  1e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.29 
 
 
560 aa  272  1e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  36.31 
 
 
627 aa  270  5.9999999999999995e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  39.55 
 
 
506 aa  269  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.81 
 
 
571 aa  268  2.9999999999999995e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  37.87 
 
 
506 aa  263  6e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  36.73 
 
 
553 aa  257  4e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  31.24 
 
 
557 aa  220  6e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  32.42 
 
 
519 aa  219  7e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  30.02 
 
 
559 aa  203  5e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.83 
 
 
559 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.64 
 
 
559 aa  201  3e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.54 
 
 
374 aa  131  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  24.52 
 
 
543 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.96 
 
 
525 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  26.33 
 
 
540 aa  121  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.05 
 
 
533 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  25.76 
 
 
519 aa  120  6e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  31.16 
 
 
387 aa  116  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.36 
 
 
518 aa  115  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  23.09 
 
 
546 aa  107  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  26.08 
 
 
555 aa  106  8e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  23.32 
 
 
547 aa  105  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  24.14 
 
 
534 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.94 
 
 
525 aa  103  7e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.16 
 
 
540 aa  99  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  24.46 
 
 
496 aa  98.6  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.06 
 
 
501 aa  94  6e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  23.81 
 
 
497 aa  93.2  9e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  24.13 
 
 
539 aa  93.6  9e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.62 
 
 
539 aa  93.2  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  24.47 
 
 
527 aa  92.4  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.56 
 
 
539 aa  91.7  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.33 
 
 
529 aa  91.7  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  24.81 
 
 
539 aa  91.3  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  25.97 
 
 
502 aa  77.8  0.0000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.78 
 
 
503 aa  77  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  26.44 
 
 
503 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.44 
 
 
503 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  22.03 
 
 
410 aa  72.8  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1143  PepSY-associated TM helix  26.79 
 
 
377 aa  72.4  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.193504  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  21.29 
 
 
425 aa  70.5  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  26.02 
 
 
371 aa  70.5  0.00000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  22.83 
 
 
396 aa  69.3  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.14 
 
 
369 aa  68.9  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  23.82 
 
 
385 aa  68.6  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.47 
 
 
376 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  23.08 
 
 
380 aa  68.2  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  26.41 
 
 
503 aa  67.8  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  18.99 
 
 
369 aa  67.8  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5242  PepSY-associated TM helix domain protein  25.3 
 
 
433 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.816011 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  21.75 
 
 
410 aa  65.5  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  19.95 
 
 
371 aa  64.7  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.78 
 
 
382 aa  63.9  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5317  PepSY-associated TM helix domain protein  24.05 
 
 
430 aa  62.4  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.970559 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>