207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0349 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0349  PepSY-associated TM helix domain protein  100 
 
 		 370 aa  748    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.472223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  92.16 
 
 		 377 aa  674    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  98.92 
 
 		 370 aa  739    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  95.95 
 
 		 370 aa  711    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  79.34 
 
 		 377 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  77.41 
 
 		 377 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  76.86 
 
 		 376 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  55.25 
 
 		 396 aa  383  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  51.64 
 
 		 386 aa  366  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3375  hypothetical protein  50.14 
 
 		 383 aa  362  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0248134  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3008  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  54.67 
 
 		 399 aa  359  5e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.917647 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2069  PepSY-associated TM helix domain protein  54.42 
 
 		 397 aa  358  6e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39830  hypothetical protein  49.59 
 
 		 383 aa  358  9e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.123723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1877  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  54.1 
 
 		 395 aa  348  1e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1737  hypothetical protein  54.67 
 
 		 380 aa  346  3e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.396154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0817  PepSY-associated TM helix domain protein  48.49 
 
 		 393 aa  342  7e-93  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5344  PepSY-associated TM helix domain protein  47.08 
 
 		 391 aa  342  9e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1435  PepSY-associated membrane protein  50.96 
 
 		 376 aa  323  2e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3271  PepSY-associated TM helix  49.32 
 
 		 373 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.359337 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  45.05 
 
 		 382 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3894  PepSY-associated TM helix domain protein  48.37 
 
 		 371 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7043  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  48.22 
 
 		 377 aa  291  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2081  PepSY-associated TM helix domain protein  40.95 
 
 		 381 aa  262  6e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5956  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.85 
 
 		 402 aa  203  4e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52704  decreased coverage  0.00676622 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  25.4 
 
 		 397 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  24.73 
 
 		 397 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  25.13 
 
 		 397 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  23.86 
 
 		 380 aa  89.7  7e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  25.06 
 
 		 407 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.94 
 
 		 376 aa  88.2  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  25.79 
 
 		 398 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  23.12 
 
 		 411 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  24.52 
 
 		 397 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  25.07 
 
 		 399 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  24.07 
 
 		 543 aa  78.2  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  21.84 
 
 		 385 aa  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.67 
 
 		 387 aa  75.5  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  28.12 
 
 		 504 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  25.81 
 
 		 356 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  29.76 
 
 		 506 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.53 
 
 		 390 aa  72  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  25.77 
 
 		 503 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0201  peptidase  26.83 
 
 		 451 aa  70.9  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  23.39 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  23.06 
 
 		 388 aa  70.9  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  29.27 
 
 		 506 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  23.43 
 
 		 641 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  24.93 
 
 		 502 aa  67.8  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  23.54 
 
 		 519 aa  67.4  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.18 
 
 		 369 aa  67.4  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  23.39 
 
 		 403 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.2 
 
 		 389 aa  67  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.12 
 
 		 526 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.43 
 
 		 525 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3266  hypothetical protein  29.61 
 
 		 479 aa  66.2  0.0000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.634571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.74 
 
 		 389 aa  66.2  0.0000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  24.73 
 
 		 538 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22 
 
 		 525 aa  65.5  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  20.54 
 
 		 385 aa  65.9  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  23.06 
 
 		 547 aa  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  24.81 
 
 		 627 aa  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.1 
 
 		 389 aa  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  22.76 
 
 		 529 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  20.98 
 
 		 405 aa  65.1  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.62 
 
 		 562 aa  64.7  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.69 
 
 		 539 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.3 
 
 		 389 aa  64.3  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  22 
 
 		 534 aa  64.3  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  25.17 
 
 		 503 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.17 
 
 		 503 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.52 
 
 		 503 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.96 
 
 		 525 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5756  Propeptide PepSY amd peptidase M4  21.35 
 
 		 388 aa  63.5  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.91 
 
 		 389 aa  63.2  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.34 
 
 		 374 aa  63.2  0.000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  21.65 
 
 		 543 aa  63.2  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  22.34 
 
 		 389 aa  62.8  0.000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.54 
 
 		 525 aa  62  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  20.47 
 
 		 539 aa  62  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  20.79 
 
 		 361 aa  62  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  23.91 
 
 		 389 aa  61.6  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.03 
 
 		 540 aa  62  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0120  PepSY-associated TM helix  24.81 
 
 		 392 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  22.76 
 
 		 540 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0586  membrane protein  22.73 
 
 		 459 aa  61.2  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  18.62 
 
 		 382 aa  60.8  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.22 
 
 		 529 aa  60.5  0.00000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  25.46 
 
 		 524 aa  60.1  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1819  PepSY-associated TM helix  23.08 
 
 		 370 aa  60.1  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0029007  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  21.82 
 
 		 385 aa  60.1  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  25.53 
 
 		 521 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.32 
 
 		 539 aa  59.7  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.6 
 
 		 575 aa  59.3  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.32 
 
 		 539 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.45 
 
 		 533 aa  59.3  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1802  putative oxidoreductase  26.13 
 
 		 385 aa  58.2  0.0000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  24.75 
 
 		 540 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  25.12 
 
 		 410 aa  58.5  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.44 
 
 		 506 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2394  PepSY-associated TM helix  27.08 
 
 		 393 aa  57.8  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.320508  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>