120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1344 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  58.44 
 
 		 565 aa  684    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  57.48 
 
 		 559 aa  667    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  58.45 
 
 		 560 aa  675    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  58.63 
 
 		 560 aa  678    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  58.45 
 
 		 560 aa  676    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  58.61 
 
 		 575 aa  681    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  60 
 
 		 570 aa  663    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  59.46 
 
 		 554 aa  675    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  59.33 
 
 		 575 aa  686    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 		 556 aa  1156    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  65.68 
 
 		 547 aa  739    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  58.44 
 
 		 575 aa  683    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  72.66 
 
 		 541 aa  808    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  54.26 
 
 		 574 aa  596  1e-169  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  53.11 
 
 		 519 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  45.93 
 
 		 534 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  45.47 
 
 		 534 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  47.39 
 
 		 529 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  45.09 
 
 		 542 aa  438  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  38.94 
 
 		 521 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  41.94 
 
 		 545 aa  372  1e-102  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  36.75 
 
 		 543 aa  369  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.56 
 
 		 530 aa  366  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.5 
 
 		 530 aa  360  3e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  41.6 
 
 		 538 aa  358  9e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  40.68 
 
 		 529 aa  357  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.89 
 
 		 539 aa  353  7e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.12 
 
 		 526 aa  347  4e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.57 
 
 		 525 aa  345  2e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.97 
 
 		 575 aa  337  2.9999999999999997e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.82 
 
 		 525 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  37.3 
 
 		 539 aa  331  3e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  38.37 
 
 		 641 aa  330  4e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  37.8 
 
 		 536 aa  330  6e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  38.04 
 
 		 540 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  36.68 
 
 		 550 aa  311  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  37.3 
 
 		 542 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  37.8 
 
 		 524 aa  303  6.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.25 
 
 		 551 aa  299  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.49 
 
 		 506 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.33 
 
 		 506 aa  292  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.24 
 
 		 507 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.25 
 
 		 562 aa  286  9e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  36.36 
 
 		 476 aa  267  5e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  34.49 
 
 		 627 aa  260  6e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  32.5 
 
 		 506 aa  258  3e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  33.48 
 
 		 506 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  37.11 
 
 		 560 aa  245  9.999999999999999e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  34.35 
 
 		 571 aa  243  6e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  32.35 
 
 		 553 aa  243  9e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.72 
 
 		 560 aa  219  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  29.92 
 
 		 529 aa  213  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  28.45 
 
 		 559 aa  201  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  27.86 
 
 		 519 aa  200  6e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.74 
 
 		 557 aa  200  6e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.45 
 
 		 559 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.1 
 
 		 559 aa  194  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.18 
 
 		 525 aa  150  6e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  23.93 
 
 		 543 aa  147  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.53 
 
 		 533 aa  145  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  25.24 
 
 		 540 aa  136  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  25.84 
 
 		 519 aa  134  3.9999999999999996e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.26 
 
 		 518 aa  112  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.46 
 
 		 525 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  25.29 
 
 		 534 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  24.94 
 
 		 546 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  25.25 
 
 		 547 aa  102  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.9 
 
 		 539 aa  99  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.5 
 
 		 539 aa  98.6  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.82 
 
 		 529 aa  94.4  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  24.56 
 
 		 539 aa  92.8  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.79 
 
 		 540 aa  90.5  8e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  23.3 
 
 		 539 aa  90.1  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.39 
 
 		 374 aa  85.5  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  23.05 
 
 		 527 aa  85.5  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  24.27 
 
 		 497 aa  85.1  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  24.21 
 
 		 496 aa  81.3  0.00000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30 
 
 		 387 aa  80.5  0.00000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  25.97 
 
 		 555 aa  75.9  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  24.71 
 
 		 502 aa  73.2  0.00000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.91 
 
 		 501 aa  69.7  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  24.49 
 
 		 503 aa  67.8  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.49 
 
 		 503 aa  67.8  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.24 
 
 		 503 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  20.05 
 
 		 403 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  24.42 
 
 		 503 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  21.81 
 
 		 391 aa  58.2  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  20.29 
 
 		 403 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  21.46 
 
 		 408 aa  55.1  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  24.12 
 
 		 377 aa  54.3  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  24.56 
 
 		 410 aa  53.9  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.2 
 
 		 376 aa  53.9  0.000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  24.12 
 
 		 377 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  22.17 
 
 		 399 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  21.18 
 
 		 398 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  22.5 
 
 		 397 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  22.31 
 
 		 397 aa  50.8  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  22.41 
 
 		 504 aa  50.4  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.65 
 
 		 425 aa  50.1  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.38 
 
 		 390 aa  50.1  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>