185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0313 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  100 
 
 		 496 aa  1018    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  47.07 
 
 		 497 aa  477  1e-133  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  37.53 
 
 		 502 aa  278  1e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.4 
 
 		 501 aa  278  2e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  28.73 
 
 		 538 aa  123  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.69 
 
 		 506 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.33 
 
 		 530 aa  121  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.33 
 
 		 530 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  26.43 
 
 		 529 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.07 
 
 		 539 aa  114  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 506 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.49 
 
 		 554 aa  107  6e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.88 
 
 		 526 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.21 
 
 		 525 aa  104  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.74 
 
 		 525 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.47 
 
 		 575 aa  102  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.84 
 
 		 575 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  26.22 
 
 		 536 aa  100  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.59 
 
 		 575 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.59 
 
 		 575 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  26.17 
 
 		 519 aa  100  7e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  27.06 
 
 		 641 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  25.76 
 
 		 476 aa  99.8  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.22 
 
 		 525 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  24.73 
 
 		 539 aa  98.2  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  23.58 
 
 		 521 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  25.06 
 
 		 527 aa  97.8  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  27.27 
 
 		 524 aa  97.4  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.37 
 
 		 533 aa  95.9  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  25.77 
 
 		 565 aa  96.3  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  26.34 
 
 		 540 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.95 
 
 		 507 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.54 
 
 		 374 aa  93.6  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  23.58 
 
 		 545 aa  92.8  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  24.93 
 
 		 543 aa  90.9  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  24.47 
 
 		 559 aa  90.9  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  24.87 
 
 		 542 aa  90.9  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  24.34 
 
 		 506 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.33 
 
 		 560 aa  89  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  26.54 
 
 		 627 aa  88.2  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.33 
 
 		 560 aa  87  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  25 
 
 		 506 aa  87  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.33 
 
 		 560 aa  86.7  8e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  22.28 
 
 		 503 aa  86.7  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  24.56 
 
 		 543 aa  85.9  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  22.74 
 
 		 504 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  24.55 
 
 		 398 aa  84  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  23.8 
 
 		 540 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.83 
 
 		 547 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.47 
 
 		 534 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.47 
 
 		 534 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  21.83 
 
 		 503 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.83 
 
 		 503 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.83 
 
 		 503 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.66 
 
 		 551 aa  79.3  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  23.8 
 
 		 542 aa  78.2  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.62 
 
 		 518 aa  78.6  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  23.38 
 
 		 534 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  22.62 
 
 		 547 aa  77.4  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  23.86 
 
 		 403 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.24 
 
 		 369 aa  77  0.0000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.12 
 
 		 525 aa  77  0.0000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  25.33 
 
 		 403 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  22.92 
 
 		 396 aa  76.6  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  21.85 
 
 		 360 aa  75.9  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  23.29 
 
 		 519 aa  75.1  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.58 
 
 		 385 aa  74.7  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  24.18 
 
 		 380 aa  74.3  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.34 
 
 		 570 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  24.74 
 
 		 399 aa  73.9  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  23.87 
 
 		 574 aa  73.9  0.000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  24.66 
 
 		 550 aa  73.6  0.000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.8 
 
 		 529 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2157  putative iron-regulated membrane protein  21.93 
 
 		 504 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.921249  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  24.86 
 
 		 397 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1143  PepSY-associated TM helix  24.4 
 
 		 377 aa  72  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.193504  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0885  hypothetical protein  21.93 
 
 		 504 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0795  hypothetical protein  21.93 
 
 		 504 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  24.94 
 
 		 397 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  22.02 
 
 		 407 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.92 
 
 		 387 aa  71.2  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.21 
 
 		 556 aa  70.9  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  22.16 
 
 		 371 aa  70.1  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  20 
 
 		 410 aa  70.1  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  23.32 
 
 		 391 aa  69.7  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0872  putative iron-regulated membrane protein  20.91 
 
 		 348 aa  69.7  0.0000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.86 
 
 		 376 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.87 
 
 		 385 aa  69.7  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  24.22 
 
 		 397 aa  68.6  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  24.54 
 
 		 397 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.64 
 
 		 529 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.53 
 
 		 541 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  23.68 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.8 
 
 		 389 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.06 
 
 		 389 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  23.68 
 
 		 389 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  24.07 
 
 		 519 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  23.32 
 
 		 553 aa  66.6  0.0000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3346  uncharacterized iron-regulated membrane protein  25.39 
 
 		 411 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.619285 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>