166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1211 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  100 
 
 
521 aa  1051    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  63.71 
 
 
529 aa  627  1e-178  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  58.02 
 
 
525 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  58.9 
 
 
526 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  57.55 
 
 
525 aa  565  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  58.1 
 
 
641 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  47.47 
 
 
539 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  46.58 
 
 
524 aa  407  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  40.73 
 
 
543 aa  398  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  44.64 
 
 
542 aa  394  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  47.86 
 
 
575 aa  394  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  43.08 
 
 
545 aa  386  1e-106  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  45.71 
 
 
542 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  45.61 
 
 
550 aa  385  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  44.36 
 
 
540 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.55 
 
 
506 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  45.38 
 
 
536 aa  379  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.07 
 
 
530 aa  366  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  44.7 
 
 
538 aa  368  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.23 
 
 
506 aa  363  4e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.15 
 
 
560 aa  361  2e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.96 
 
 
560 aa  361  2e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.07 
 
 
547 aa  361  2e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.07 
 
 
530 aa  360  3e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.62 
 
 
562 aa  360  3e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.96 
 
 
560 aa  359  6e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.75 
 
 
556 aa  359  6e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  36.94 
 
 
559 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.88 
 
 
575 aa  352  7e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.64 
 
 
554 aa  352  8e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.78 
 
 
575 aa  351  1e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.5 
 
 
575 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  37.69 
 
 
565 aa  347  3e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.16 
 
 
541 aa  343  5e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.5 
 
 
534 aa  342  9e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.08 
 
 
570 aa  339  8e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.69 
 
 
534 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.29 
 
 
539 aa  332  8e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  40.37 
 
 
553 aa  320  3.9999999999999996e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  38.06 
 
 
574 aa  319  7.999999999999999e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.02 
 
 
529 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  40.94 
 
 
476 aa  312  1e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  38.03 
 
 
519 aa  307  3e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.25 
 
 
507 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.49 
 
 
571 aa  296  5e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  43.61 
 
 
560 aa  295  2e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.12 
 
 
551 aa  294  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  38.73 
 
 
627 aa  279  1e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  35.26 
 
 
529 aa  278  1e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  38.43 
 
 
506 aa  278  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.02 
 
 
560 aa  276  5e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  37.67 
 
 
506 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  34.04 
 
 
557 aa  253  8.000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  32.57 
 
 
559 aa  229  1e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  32.39 
 
 
559 aa  227  3e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  35.33 
 
 
519 aa  227  4e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  31.87 
 
 
559 aa  224  4e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  26.72 
 
 
543 aa  152  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.59 
 
 
533 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  28.38 
 
 
540 aa  144  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  25.92 
 
 
519 aa  130  7.000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.27 
 
 
525 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.66 
 
 
518 aa  127  5e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  27.27 
 
 
497 aa  119  9e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  24.09 
 
 
546 aa  110  6e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  27.51 
 
 
502 aa  105  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  24.21 
 
 
534 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24 
 
 
525 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.05 
 
 
540 aa  100  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.26 
 
 
529 aa  99  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  23.58 
 
 
496 aa  97.8  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  24.58 
 
 
539 aa  97.4  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  27.18 
 
 
547 aa  97.8  5e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  25.4 
 
 
539 aa  97.4  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.37 
 
 
539 aa  97.1  7e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.74 
 
 
539 aa  94.4  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  24.02 
 
 
527 aa  92.8  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  22.76 
 
 
555 aa  92.4  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  24.23 
 
 
399 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  22.32 
 
 
459 aa  75.5  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  31.63 
 
 
387 aa  72.4  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.52 
 
 
374 aa  71.2  0.00000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  23.24 
 
 
391 aa  68.9  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.22 
 
 
501 aa  68.2  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  26.22 
 
 
371 aa  67.4  0.0000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  26.7 
 
 
410 aa  67.4  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  24.07 
 
 
381 aa  66.2  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0578  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.49 
 
 
844 aa  66.2  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.142303  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0244  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.82 
 
 
412 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  22.31 
 
 
403 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  22.22 
 
 
398 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3346  uncharacterized iron-regulated membrane protein  24.32 
 
 
411 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  21.49 
 
 
381 aa  64.3  0.000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  21.57 
 
 
371 aa  64.3  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.59 
 
 
386 aa  64.3  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.11 
 
 
503 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  21.96 
 
 
425 aa  63.2  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  21.59 
 
 
380 aa  62.4  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  22.11 
 
 
503 aa  62  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.11 
 
 
503 aa  62  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>