123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3308 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  60.34 
 
 
559 aa  672    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  59.49 
 
 
560 aa  689    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  59.49 
 
 
560 aa  690    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  59.93 
 
 
560 aa  691    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  59.66 
 
 
575 aa  672    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  60.11 
 
 
565 aa  679    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  61.11 
 
 
570 aa  662    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  59.42 
 
 
554 aa  675    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  60.49 
 
 
575 aa  682    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  72.66 
 
 
556 aa  821    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  68.25 
 
 
547 aa  780    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  60.49 
 
 
575 aa  680    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 
541 aa  1122    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  54.64 
 
 
574 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  52.02 
 
 
519 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  46.39 
 
 
534 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  46.67 
 
 
534 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  46.63 
 
 
529 aa  464  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  44.49 
 
 
542 aa  442  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  37.38 
 
 
543 aa  382  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  42.58 
 
 
545 aa  385  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  39.3 
 
 
529 aa  369  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  38.16 
 
 
521 aa  365  1e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  40.85 
 
 
538 aa  363  6e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.35 
 
 
530 aa  362  1e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.2 
 
 
530 aa  357  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.33 
 
 
525 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.91 
 
 
525 aa  348  2e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.32 
 
 
539 aa  348  2e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.74 
 
 
526 aa  346  5e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  38.42 
 
 
641 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.3 
 
 
575 aa  325  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  35.89 
 
 
539 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  36.92 
 
 
536 aa  318  2e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  37.16 
 
 
540 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.25 
 
 
551 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  35.6 
 
 
550 aa  301  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  36.63 
 
 
524 aa  290  5.0000000000000004e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  34.48 
 
 
562 aa  287  4e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  35.08 
 
 
542 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.21 
 
 
506 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.54 
 
 
507 aa  279  1e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.97 
 
 
506 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  34.12 
 
 
627 aa  263  4.999999999999999e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  33.33 
 
 
476 aa  259  9e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  32.21 
 
 
506 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  33.56 
 
 
506 aa  246  6e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  36.52 
 
 
560 aa  239  1e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  31.21 
 
 
553 aa  238  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.3 
 
 
560 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  31.14 
 
 
571 aa  219  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  29.59 
 
 
519 aa  207  4e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  28.57 
 
 
529 aa  197  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27 
 
 
557 aa  187  6e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.59 
 
 
559 aa  178  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  27.76 
 
 
559 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.41 
 
 
559 aa  174  5e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.13 
 
 
525 aa  162  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.98 
 
 
533 aa  149  9e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  26.81 
 
 
540 aa  140  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  23.93 
 
 
543 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  26.72 
 
 
519 aa  132  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.12 
 
 
518 aa  126  9e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  24.95 
 
 
546 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  22.73 
 
 
539 aa  110  6e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  25.92 
 
 
547 aa  110  6e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.63 
 
 
539 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.84 
 
 
539 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.76 
 
 
525 aa  108  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  24 
 
 
534 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.36 
 
 
529 aa  105  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  22.55 
 
 
539 aa  103  8e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.5 
 
 
540 aa  98.2  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.88 
 
 
374 aa  90.9  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  23.5 
 
 
527 aa  87  8e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  21.8 
 
 
555 aa  84  0.000000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  26.22 
 
 
497 aa  82  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  23.53 
 
 
496 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.94 
 
 
501 aa  76.3  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.66 
 
 
387 aa  70.1  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  24.88 
 
 
502 aa  68.6  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  22.6 
 
 
403 aa  67.4  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  23.05 
 
 
503 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.05 
 
 
503 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  23.13 
 
 
503 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.32 
 
 
503 aa  60.1  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  23.63 
 
 
403 aa  58.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  25.33 
 
 
410 aa  57.8  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  24 
 
 
377 aa  57.4  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  23.56 
 
 
377 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.38 
 
 
389 aa  53.9  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  20.87 
 
 
391 aa  53.1  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.11 
 
 
390 aa  52.8  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  20.4 
 
 
398 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  19.36 
 
 
376 aa  52  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  24.24 
 
 
504 aa  51.6  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  23.18 
 
 
410 aa  51.2  0.00005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.95 
 
 
389 aa  50.8  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  20.54 
 
 
397 aa  50.4  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  21.72 
 
 
408 aa  50.4  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>