282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1181 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 		 376 aa  761    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  57.7 
 
 		 356 aa  412  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2723  putative iron-regulated membrane protein  42.29 
 
 		 372 aa  254  1.0000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454931  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  35.85 
 
 		 371 aa  251  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3065  PepSY-associated TM helix  38.42 
 
 		 366 aa  249  8e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.5229  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  29.4 
 
 		 361 aa  219  3.9999999999999997e-56  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0872  putative iron-regulated membrane protein  27.64 
 
 		 348 aa  205  1e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1718  PepSY-associated TM helix family protein  27.95 
 
 		 366 aa  189  9e-47  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  27.63 
 
 		 380 aa  133  6.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  25.26 
 
 		 398 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  25.07 
 
 		 403 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.66 
 
 		 389 aa  104  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  25.89 
 
 		 377 aa  103  7e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.81 
 
 		 389 aa  103  7e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  25.42 
 
 		 377 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  23.81 
 
 		 389 aa  100  6e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.28 
 
 		 390 aa  99.8  8e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.24 
 
 		 389 aa  99  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.3 
 
 		 370 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.54 
 
 		 389 aa  97.8  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  25.07 
 
 		 389 aa  97.1  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  24.01 
 
 		 397 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  23.9 
 
 		 397 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  26.82 
 
 		 376 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.22 
 
 		 369 aa  94.7  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.94 
 
 		 370 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.28 
 
 		 389 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  23.5 
 
 		 397 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  23.56 
 
 		 403 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0349  PepSY-associated TM helix domain protein  25.94 
 
 		 370 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.472223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  24.52 
 
 		 407 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2394  PepSY-associated TM helix  26.04 
 
 		 393 aa  92  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.320508  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  24.19 
 
 		 399 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.51 
 
 		 501 aa  91.3  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  25.34 
 
 		 396 aa  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.25 
 
 		 849 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  23.32 
 
 		 397 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1573  PepSY-associated TM helix domain protein  22.54 
 
 		 351 aa  90.5  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0338986 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.39 
 
 		 374 aa  89  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  23.71 
 
 		 411 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  25 
 
 		 840 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  22.97 
 
 		 396 aa  88.2  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  25.8 
 
 		 381 aa  87.8  3e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.88 
 
 		 850 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.21 
 
 		 851 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.33 
 
 		 575 aa  85.9  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  25.59 
 
 		 506 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1143  PepSY-associated TM helix  24.38 
 
 		 377 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.193504  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.47 
 
 		 850 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0607  PepSY-associated TM helix domain protein  25.84 
 
 		 408 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.861518  normal  0.0104892 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.43 
 
 		 377 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  24.05 
 
 		 506 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.94 
 
 		 525 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.53 
 
 		 506 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.6 
 
 		 387 aa  83.2  0.000000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24 
 
 		 369 aa  82.8  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0817  PepSY-associated TM helix domain protein  23.85 
 
 		 393 aa  82  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.78 
 
 		 405 aa  81.3  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4265  PepSY-associated TM helix domain protein  22.14 
 
 		 380 aa  79.7  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.312937 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4375  PepSY-associated TM helix domain protein  22.14 
 
 		 380 aa  79.7  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.170457 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  24.75 
 
 		 543 aa  79.7  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.03 
 
 		 842 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  25.65 
 
 		 529 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  24.86 
 
 		 496 aa  79  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0793  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.33 
 
 		 843 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0586  membrane protein  26.01 
 
 		 459 aa  78.6  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  24.02 
 
 		 371 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4111  hypothetical protein  25.12 
 
 		 408 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.911346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2069  PepSY-associated TM helix domain protein  24.93 
 
 		 397 aa  77  0.0000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  23.86 
 
 		 519 aa  76.6  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  23.35 
 
 		 543 aa  76.3  0.0000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  24.67 
 
 		 408 aa  76.3  0.0000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  24.3 
 
 		 408 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  20.71 
 
 		 388 aa  75.9  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  24.1 
 
 		 405 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.32 
 
 		 518 aa  74.7  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  23.62 
 
 		 542 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  23.71 
 
 		 539 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  23.04 
 
 		 497 aa  74.3  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.75 
 
 		 506 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  23.85 
 
 		 547 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58560  oxidoreductase  22.07 
 
 		 850 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  23.8 
 
 		 527 aa  73.6  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3632  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.03 
 
 		 840 aa  73.6  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732599 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  26.94 
 
 		 385 aa  73.6  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.92 
 
 		 526 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  22.04 
 
 		 444 aa  72.4  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.22 
 
 		 385 aa  72.4  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2949  hypothetical protein  23.99 
 
 		 337 aa  72  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  26.5 
 
 		 382 aa  72.4  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4569  iron-uptake factor  23.88 
 
 		 822 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.55 
 
 		 575 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1819  PepSY-associated TM helix  25.39 
 
 		 370 aa  71.6  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0029007  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  23.51 
 
 		 536 aa  71.2  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  23.42 
 
 		 393 aa  72  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  23.12 
 
 		 502 aa  71.6  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  23.51 
 
 		 844 aa  71.6  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3375  hypothetical protein  24.61 
 
 		 383 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0248134  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.55 
 
 		 575 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  22.74 
 
 		 565 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>