203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3797 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  100 
 
 
397 aa  804    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  86.9 
 
 
397 aa  702    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  93.95 
 
 
397 aa  765    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  96.98 
 
 
397 aa  789    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  67.51 
 
 
399 aa  559  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  69.03 
 
 
403 aa  551  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  67.45 
 
 
403 aa  545  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  65.45 
 
 
411 aa  525  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  64.96 
 
 
398 aa  528  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  66.13 
 
 
407 aa  518  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2394  PepSY-associated TM helix  40.7 
 
 
393 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.320508  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.46 
 
 
389 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.72 
 
 
389 aa  263  6e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.46 
 
 
389 aa  260  4e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.29 
 
 
390 aa  258  2e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  37.87 
 
 
389 aa  248  9e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  36.41 
 
 
389 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.6 
 
 
389 aa  246  6e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.33 
 
 
389 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1143  PepSY-associated TM helix  29.38 
 
 
377 aa  137  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.193504  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  25.75 
 
 
396 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  27.14 
 
 
396 aa  113  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39830  hypothetical protein  28.02 
 
 
383 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.123723  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3375  hypothetical protein  27.11 
 
 
383 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0248134  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  25.58 
 
 
377 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  24.61 
 
 
377 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0817  PepSY-associated TM helix domain protein  27.18 
 
 
393 aa  95.5  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  25.78 
 
 
371 aa  94.4  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5344  PepSY-associated TM helix domain protein  24.87 
 
 
391 aa  93.6  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  26.53 
 
 
376 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.63 
 
 
374 aa  93.2  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  23.92 
 
 
361 aa  91.7  2e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  25.83 
 
 
380 aa  91.7  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.36 
 
 
376 aa  92  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  26.77 
 
 
382 aa  90.9  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2069  PepSY-associated TM helix domain protein  25.43 
 
 
397 aa  86.7  6e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3008  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.9 
 
 
399 aa  86.3  9e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.917647 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  26.39 
 
 
444 aa  85.9  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.19 
 
 
386 aa  84.7  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0349  PepSY-associated TM helix domain protein  25.13 
 
 
370 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.472223  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.4 
 
 
370 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3271  PepSY-associated TM helix  27.35 
 
 
373 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.359337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.33 
 
 
370 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1573  PepSY-associated TM helix domain protein  24.85 
 
 
351 aa  80.9  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0338986 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  22.4 
 
 
459 aa  80.1  0.00000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1435  PepSY-associated membrane protein  26.7 
 
 
376 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324657  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3894  PepSY-associated TM helix domain protein  28.32 
 
 
371 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.07 
 
 
377 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.8 
 
 
387 aa  77.8  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3346  uncharacterized iron-regulated membrane protein  24.59 
 
 
411 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1737  hypothetical protein  27.11 
 
 
380 aa  74.7  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.396154  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  26.79 
 
 
381 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  24.93 
 
 
497 aa  74.3  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.2 
 
 
575 aa  73.6  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  27.63 
 
 
356 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25 
 
 
501 aa  72.4  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1718  PepSY-associated TM helix family protein  22.02 
 
 
366 aa  72  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2081  PepSY-associated TM helix domain protein  24.87 
 
 
381 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0872  putative iron-regulated membrane protein  22.04 
 
 
348 aa  69.7  0.00000000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  26.26 
 
 
627 aa  69.3  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  24.22 
 
 
496 aa  68.6  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0244  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.71 
 
 
412 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0226  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.21 
 
 
412 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1877  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.7 
 
 
395 aa  67.4  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3065  PepSY-associated TM helix  23.38 
 
 
366 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.5229  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0153  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.17 
 
 
412 aa  67  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  24.93 
 
 
425 aa  66.6  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.46 
 
 
525 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  24.42 
 
 
397 aa  66.2  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2723  putative iron-regulated membrane protein  23.53 
 
 
372 aa  66.2  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454931  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2398  PepSY-associated TM helix domain protein  22.77 
 
 
398 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2075  PepSY-associated TM helix domain protein  25.49 
 
 
411 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.668984  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  23.48 
 
 
524 aa  64.3  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  24.16 
 
 
381 aa  64.3  0.000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24 
 
 
525 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  24.61 
 
 
502 aa  64.3  0.000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.34 
 
 
540 aa  63.9  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  24.32 
 
 
371 aa  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04986  hypothetical protein  23.4 
 
 
479 aa  63.9  0.000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  23.45 
 
 
641 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.59 
 
 
525 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0607  PepSY-associated TM helix domain protein  24.15 
 
 
408 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.861518  normal  0.0104892 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.15 
 
 
554 aa  62.8  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  22.89 
 
 
360 aa  62.8  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.68 
 
 
526 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.83 
 
 
506 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  21.51 
 
 
381 aa  61.6  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0347  hypothetical protein  28.7 
 
 
470 aa  62  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.82 
 
 
851 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.3 
 
 
570 aa  61.6  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7043  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  28.51 
 
 
377 aa  60.8  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  23.73 
 
 
527 aa  60.5  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5956  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.42 
 
 
402 aa  60.1  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52704  decreased coverage  0.00676622 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  25.46 
 
 
1117 aa  59.7  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4111  hypothetical protein  23.9 
 
 
408 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.911346  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  22.8 
 
 
543 aa  59.7  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  24.17 
 
 
381 aa  59.3  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4895  peptidase  24.25 
 
 
455 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.606193  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.82 
 
 
539 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.55 
 
 
560 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>