190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2076 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  80.93 
 
 		 389 aa  677    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 		 389 aa  803    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  97.94 
 
 		 389 aa  790    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  96.14 
 
 		 389 aa  778    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  80.93 
 
 		 389 aa  677    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  80.93 
 
 		 389 aa  677    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  83.29 
 
 		 389 aa  696    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  62.57 
 
 		 390 aa  531  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  40 
 
 		 398 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  39.9 
 
 		 399 aa  289  7e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  39.57 
 
 		 403 aa  279  7e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  39.53 
 
 		 407 aa  270  4e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  39.01 
 
 		 411 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  39.3 
 
 		 403 aa  267  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  38.72 
 
 		 397 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  38.08 
 
 		 397 aa  259  7e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  39.23 
 
 		 397 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  37.06 
 
 		 397 aa  249  8e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2394  PepSY-associated TM helix  34.95 
 
 		 393 aa  212  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.320508  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1143  PepSY-associated TM helix  29.38 
 
 		 377 aa  157  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.193504  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  27.79 
 
 		 396 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  24.01 
 
 		 361 aa  103  4e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  26.41 
 
 		 380 aa  103  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.66 
 
 		 376 aa  100  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3065  PepSY-associated TM helix  25.22 
 
 		 366 aa  98.2  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.5229  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0872  putative iron-regulated membrane protein  23.53 
 
 		 348 aa  95.9  1e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1718  PepSY-associated TM helix family protein  20.83 
 
 		 366 aa  89  1e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.92 
 
 		 385 aa  87.8  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1573  PepSY-associated TM helix domain protein  25 
 
 		 351 aa  87.4  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0338986 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  23.81 
 
 		 356 aa  87.4  4e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  21.59 
 
 		 371 aa  80.9  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0607  PepSY-associated TM helix domain protein  25.25 
 
 		 408 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.861518  normal  0.0104892 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  22.81 
 
 		 394 aa  79.3  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.19 
 
 		 387 aa  79  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  25.6 
 
 		 444 aa  78.2  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2723  putative iron-regulated membrane protein  24.43 
 
 		 372 aa  78.6  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454931  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  24.48 
 
 		 502 aa  77  0.0000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.81 
 
 		 405 aa  76.6  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.89 
 
 		 374 aa  76.3  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  26.44 
 
 		 385 aa  74.7  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  23.73 
 
 		 497 aa  74.7  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0244  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.8 
 
 		 412 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0226  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.28 
 
 		 412 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.16 
 
 		 369 aa  73.9  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3346  uncharacterized iron-regulated membrane protein  22.82 
 
 		 411 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4111  hypothetical protein  23.8 
 
 		 408 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.911346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0684  hypothetical protein  24.94 
 
 		 406 aa  72  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.15671  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.53 
 
 		 386 aa  70.5  0.00000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4788  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.28 
 
 		 892 aa  70.1  0.00000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.3 
 
 		 425 aa  69.3  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.94 
 
 		 526 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0337  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.95 
 
 		 412 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  24.42 
 
 		 437 aa  68.9  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.8 
 
 		 369 aa  68.2  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0347  hypothetical protein  24.54 
 
 		 470 aa  68.2  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.28 
 
 		 409 aa  68.2  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0909277  normal  0.103498 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  21.92 
 
 		 391 aa  67.8  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.85 
 
 		 382 aa  67.4  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  25.19 
 
 		 641 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  21.68 
 
 		 381 aa  67  0.0000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.5 
 
 		 525 aa  66.6  0.0000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  22.61 
 
 		 408 aa  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  24.45 
 
 		 371 aa  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2081  PepSY-associated TM helix domain protein  23.06 
 
 		 381 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  24.2 
 
 		 496 aa  65.1  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  22.67 
 
 		 382 aa  65.5  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.79 
 
 		 525 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  23.9 
 
 		 1117 aa  64.3  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3375  hypothetical protein  24.75 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0248134  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  22.37 
 
 		 410 aa  63.5  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  24.06 
 
 		 410 aa  63.2  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.19 
 
 		 554 aa  63.2  0.000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0433  PepSY-associated TM helix domain protein  22.67 
 
 		 433 aa  63.2  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  21.29 
 
 		 377 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4555  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.99 
 
 		 403 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0349  PepSY-associated TM helix domain protein  23.3 
 
 		 370 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.472223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5344  PepSY-associated TM helix domain protein  21.28 
 
 		 391 aa  62  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  21.65 
 
 		 377 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  24.39 
 
 		 376 aa  62  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39830  hypothetical protein  24.26 
 
 		 383 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.123723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.3 
 
 		 370 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.19 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  20.91 
 
 		 396 aa  61.2  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  24.75 
 
 		 459 aa  60.8  0.00000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  22.45 
 
 		 393 aa  60.5  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  20.73 
 
 		 527 aa  60.5  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.65 
 
 		 560 aa  60.1  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  23.82 
 
 		 529 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.65 
 
 		 560 aa  59.7  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0817  PepSY-associated TM helix domain protein  22.64 
 
 		 393 aa  59.7  0.00000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04986  hypothetical protein  23.36 
 
 		 479 aa  58.9  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.77 
 
 		 370 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  23.66 
 
 		 397 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  20.6 
 
 		 381 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  22.55 
 
 		 627 aa  59.3  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  24.47 
 
 		 538 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0153  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.28 
 
 		 412 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.39 
 
 		 560 aa  58.9  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.3 
 
 		 525 aa  58.9  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5028  flavodoxin/nitric oxide synthase  21.41 
 
 		 849 aa  58.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>