211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5305 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  100 
 
 		 385 aa  792    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  40.87 
 
 		 385 aa  295  7e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  41.47 
 
 		 385 aa  293  3e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  39.31 
 
 		 1117 aa  265  8e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5756  Propeptide PepSY amd peptidase M4  41.53 
 
 		 388 aa  263  3e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  39.73 
 
 		 410 aa  262  8e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  39.49 
 
 		 437 aa  259  6e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  39.47 
 
 		 425 aa  258  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  37.98 
 
 		 391 aa  243  5e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  36.81 
 
 		 394 aa  237  3e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  36.41 
 
 		 405 aa  231  1e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 382 aa  206  5e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.31 
 
 		 369 aa  206  7e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.36 
 
 		 482 aa  205  1e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.230745  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  35.99 
 
 		 410 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  33.93 
 
 		 369 aa  191  2.9999999999999997e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0684  hypothetical protein  34.88 
 
 		 406 aa  188  1e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.15671  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1730  PepSY-associated TM helix domain protein  33.16 
 
 		 384 aa  186  6e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07035  putative iron-regulated transmembrane protein  33.07 
 
 		 377 aa  178  2e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.346517  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  30.03 
 
 		 388 aa  170  4e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  31.65 
 
 		 371 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  29.06 
 
 		 360 aa  142  8e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  28.27 
 
 		 381 aa  138  2e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  31.27 
 
 		 459 aa  119  9.999999999999999e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.96 
 
 		 842 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12440  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein alpha-component/ iron-regulated membrane protein  23.39 
 
 		 783 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91057  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  28.51 
 
 		 381 aa  102  9e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  24.34 
 
 		 844 aa  101  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.85 
 
 		 851 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4558  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.52 
 
 		 409 aa  99.4  8e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179796 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  24.66 
 
 		 850 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1819  PepSY-associated TM helix  26.88 
 
 		 370 aa  98.2  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0029007  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.53 
 
 		 850 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58560  oxidoreductase  24.73 
 
 		 850 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.53 
 
 		 849 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.67 
 
 		 850 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0578  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.8 
 
 		 844 aa  95.1  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.142303  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0714  hypothetical protein  26.39 
 
 		 362 aa  93.2  6e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0335793 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0793  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.87 
 
 		 843 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  24.94 
 
 		 840 aa  89  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  23.46 
 
 		 380 aa  87.8  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3632  flavodoxin/nitric oxide synthase  24 
 
 		 840 aa  87.4  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732599 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.08 
 
 		 390 aa  86.3  8e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  23.77 
 
 		 381 aa  86.3  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2398  PepSY-associated TM helix domain protein  22.53 
 
 		 398 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  24.37 
 
 		 397 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4569  iron-uptake factor  27.61 
 
 		 822 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2403  PepSY-associated TM helix  25.75 
 
 		 393 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  24.88 
 
 		 408 aa  79  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6053  hypothetical protein  27.56 
 
 		 388 aa  79  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4883  hypothetical protein  23.72 
 
 		 379 aa  76.3  0.0000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.740599  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.95 
 
 		 389 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2075  PepSY-associated TM helix domain protein  25.32 
 
 		 411 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.668984  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5168  PepSY-associated TM helix domain protein  24.48 
 
 		 380 aa  73.9  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2121  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.61 
 
 		 403 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425818 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  26.48 
 
 		 389 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0237  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.96 
 
 		 435 aa  73.6  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  24.08 
 
 		 444 aa  72.8  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3117  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.45 
 
 		 456 aa  72.4  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  23.73 
 
 		 408 aa  72  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  22.66 
 
 		 381 aa  70.5  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.63 
 
 		 389 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.83 
 
 		 389 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04986  hypothetical protein  26 
 
 		 479 aa  69.7  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  25.37 
 
 		 389 aa  69.7  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  23.32 
 
 		 539 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0908  putative integral membrane protein  24.66 
 
 		 504 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.843799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0298  PepSY-associated TM helix family protein  21.49 
 
 		 374 aa  68.9  0.0000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0757143  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5663  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.91 
 
 		 459 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  21.43 
 
 		 398 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.81 
 
 		 389 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4375  PepSY-associated TM helix domain protein  22.49 
 
 		 380 aa  67.8  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.170457 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4265  PepSY-associated TM helix domain protein  22.49 
 
 		 380 aa  67.8  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.312937 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0526  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.39 
 
 		 457 aa  66.6  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.679087 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.8 
 
 		 389 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.61 
 
 		 386 aa  66.2  0.0000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  29.33 
 
 		 396 aa  65.5  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1802  putative oxidoreductase  23 
 
 		 385 aa  65.9  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.45 
 
 		 370 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3148  PepSY-associated TM helix domain protein  23.61 
 
 		 460 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.11538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2923  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.61 
 
 		 460 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.339688 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3047  PepSY-associated TM helix domain protein  24.64 
 
 		 456 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.136247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  23.87 
 
 		 397 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  22.65 
 
 		 405 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0120  PepSY-associated TM helix  23.6 
 
 		 392 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5028  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.49 
 
 		 849 aa  63.9  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1779  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.53 
 
 		 398 aa  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.334456 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  22.6 
 
 		 502 aa  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.14 
 
 		 370 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0572  PepSY-associated TM helix domain protein  20 
 
 		 458 aa  62.8  0.000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.472751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2081  PepSY-associated TM helix domain protein  21.53 
 
 		 381 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5344  PepSY-associated TM helix domain protein  22.44 
 
 		 391 aa  62.4  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.42 
 
 		 377 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4625  Propeptide PepSY amd peptidase M4  26.01 
 
 		 512 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0791517  normal  0.93462 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  23.06 
 
 		 542 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  22.76 
 
 		 403 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20 
 
 		 374 aa  61.6  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3144  sulfite reductase  20.57 
 
 		 456 aa  61.2  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  21.45 
 
 		 497 aa  60.8  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  22.43 
 
 		 397 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>