104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2403 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2403  PepSY-associated TM helix  100 
 
 		 393 aa  804    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2884  hypothetical protein  35.98 
 
 		 371 aa  244  9.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.179346  hitchhiker  0.000404668 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  25 
 
 		 371 aa  105  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  23.06 
 
 		 444 aa  96.3  9e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  24.37 
 
 		 394 aa  88.2  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.54 
 
 		 369 aa  85.5  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1819  PepSY-associated TM helix  22.49 
 
 		 370 aa  85.1  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0029007  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.02 
 
 		 382 aa  85.1  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  21.95 
 
 		 385 aa  79.7  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.68 
 
 		 425 aa  77.4  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.65 
 
 		 385 aa  77  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  24.04 
 
 		 1117 aa  76.6  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  23.37 
 
 		 371 aa  74.3  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  21.79 
 
 		 405 aa  73.6  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  25.75 
 
 		 385 aa  73.2  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  24.44 
 
 		 391 aa  73.2  0.000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.92 
 
 		 405 aa  72  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  22.02 
 
 		 410 aa  71.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  22.74 
 
 		 437 aa  71.6  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.23 
 
 		 842 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.25 
 
 		 369 aa  71.2  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  23.3 
 
 		 380 aa  70.1  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  23.23 
 
 		 397 aa  69.7  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  20.41 
 
 		 459 aa  69.7  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6053  hypothetical protein  24.53 
 
 		 388 aa  68.9  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  22.1 
 
 		 410 aa  69.3  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0793  flavodoxin/nitric oxide synthase  21.88 
 
 		 843 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0714  hypothetical protein  23.18 
 
 		 362 aa  67  0.0000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0335793 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12440  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein alpha-component/ iron-regulated membrane protein  23.88 
 
 		 783 aa  66.2  0.0000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91057  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0684  hypothetical protein  22.19 
 
 		 406 aa  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.15671  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.83 
 
 		 849 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  22.51 
 
 		 381 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  22.05 
 
 		 381 aa  64.7  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5756  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.17 
 
 		 388 aa  64.7  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.08 
 
 		 850 aa  63.2  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  22.37 
 
 		 840 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.02 
 
 		 850 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.17 
 
 		 851 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1730  PepSY-associated TM helix domain protein  21.91 
 
 		 384 aa  60.5  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  20.37 
 
 		 388 aa  59.7  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  23.72 
 
 		 408 aa  58.2  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4883  hypothetical protein  28.06 
 
 		 379 aa  57.8  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.740599  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  23.08 
 
 		 399 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  24.03 
 
 		 403 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.83 
 
 		 386 aa  57.8  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  22.46 
 
 		 381 aa  58.2  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  20.58 
 
 		 377 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3117  Propeptide PepSY amd peptidase M4  21.13 
 
 		 456 aa  56.6  0.0000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  23.19 
 
 		 361 aa  55.8  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2398  PepSY-associated TM helix domain protein  22.14 
 
 		 398 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1573  PepSY-associated TM helix domain protein  20.67 
 
 		 351 aa  55.8  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0338986 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  20.32 
 
 		 377 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  22.62 
 
 		 376 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2075  PepSY-associated TM helix domain protein  23.57 
 
 		 411 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.668984  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5028  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.88 
 
 		 849 aa  54.7  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0817  PepSY-associated TM helix domain protein  22.88 
 
 		 393 aa  54.7  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  20.27 
 
 		 408 aa  54.3  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0530  flavodoxin/nitric oxide synthase  21.78 
 
 		 885 aa  54.3  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016747 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2121  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.22 
 
 		 403 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425818 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07035  putative iron-regulated transmembrane protein  20 
 
 		 377 aa  53.5  0.000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.346517  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0578  flavodoxin/nitric oxide synthase  21.64 
 
 		 844 aa  53.5  0.000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.142303  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  23.87 
 
 		 844 aa  53.5  0.000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5344  PepSY-associated TM helix domain protein  18.69 
 
 		 391 aa  53.1  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  22.96 
 
 		 403 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  21.64 
 
 		 360 aa  52.4  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3008  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.09 
 
 		 399 aa  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.917647 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  22.34 
 
 		 398 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  26.98 
 
 		 397 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.07 
 
 		 377 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  22.05 
 
 		 396 aa  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  24.62 
 
 		 397 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2069  PepSY-associated TM helix domain protein  21.47 
 
 		 397 aa  51.2  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  18.78 
 
 		 393 aa  50.4  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  24.1 
 
 		 397 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39830  hypothetical protein  20.61 
 
 		 383 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.123723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4265  PepSY-associated TM helix domain protein  22.48 
 
 		 380 aa  49.7  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.312937 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3632  flavodoxin/nitric oxide synthase  21.39 
 
 		 840 aa  48.9  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732599 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4375  PepSY-associated TM helix domain protein  22.48 
 
 		 380 aa  49.7  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.170457 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0349  PepSY-associated TM helix domain protein  21.34 
 
 		 370 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.472223  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4569  iron-uptake factor  23.48 
 
 		 822 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0120  PepSY-associated TM helix  20.63 
 
 		 392 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3271  PepSY-associated TM helix  22.32 
 
 		 373 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.359337 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3413  hypothetical protein  21.78 
 
 		 380 aa  48.5  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.25 
 
 		 482 aa  48.1  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.230745  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.07 
 
 		 370 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  23.62 
 
 		 397 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3375  hypothetical protein  20 
 
 		 383 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0248134  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  20.43 
 
 		 381 aa  47.4  0.0004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1737  hypothetical protein  20.27 
 
 		 380 aa  47  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.396154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  23.53 
 
 		 542 aa  47  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1718  PepSY-associated TM helix family protein  20.52 
 
 		 366 aa  47  0.0007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  22.68 
 
 		 850 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  19.83 
 
 		 370 aa  45.8  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4916  PepSY-associated TM helix domain protein  23.14 
 
 		 381 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.866851  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7043  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  41.46 
 
 		 377 aa  45.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.08 
 
 		 575 aa  45.4  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  24.06 
 
 		 546 aa  45.1  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58560  oxidoreductase  22.37 
 
 		 850 aa  44.3  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0303  PepSY-associated TM helix  21.29 
 
 		 470 aa  44.3  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0872  putative iron-regulated membrane protein  19.74 
 
 		 348 aa  44.3  0.004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>