213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4238 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  100 
 
 		 397 aa  775    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6053  hypothetical protein  56.1 
 
 		 388 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4916  PepSY-associated TM helix domain protein  58.91 
 
 		 381 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.866851  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  47.59 
 
 		 381 aa  312  6.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2398  PepSY-associated TM helix domain protein  42.26 
 
 		 398 aa  256  3e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2121  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.08 
 
 		 403 aa  243  5e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425818 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1779  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.88 
 
 		 398 aa  239  6.999999999999999e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.334456 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2075  PepSY-associated TM helix domain protein  41.85 
 
 		 411 aa  237  3e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.668984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  36.06 
 
 		 850 aa  226  7e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  35.9 
 
 		 851 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  35.29 
 
 		 849 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12440  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein alpha-component/ iron-regulated membrane protein  38.13 
 
 		 783 aa  221  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91057  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  34.61 
 
 		 850 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0793  flavodoxin/nitric oxide synthase  37.43 
 
 		 843 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  33.92 
 
 		 842 aa  213  7e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  36.27 
 
 		 850 aa  212  7e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58560  oxidoreductase  35.45 
 
 		 850 aa  206  4e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  34.34 
 
 		 840 aa  195  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5028  flavodoxin/nitric oxide synthase  37.5 
 
 		 849 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4569  iron-uptake factor  34.23 
 
 		 822 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  34.26 
 
 		 844 aa  175  9.999999999999999e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3632  flavodoxin/nitric oxide synthase  36.39 
 
 		 840 aa  175  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732599 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4265  PepSY-associated TM helix domain protein  32.39 
 
 		 380 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.312937 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4375  PepSY-associated TM helix domain protein  32.39 
 
 		 380 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.170457 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  28.49 
 
 		 381 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0530  flavodoxin/nitric oxide synthase  33.25 
 
 		 885 aa  164  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016747 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0578  flavodoxin/nitric oxide synthase  31.13 
 
 		 844 aa  155  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.142303  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  30.46 
 
 		 371 aa  150  4e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4788  flavodoxin/nitric oxide synthase  33.85 
 
 		 892 aa  150  5e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.96 
 
 		 369 aa  144  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1802  putative oxidoreductase  29.47 
 
 		 385 aa  136  6.0000000000000005e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0684  hypothetical protein  29.5 
 
 		 406 aa  135  9e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.15671  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  28.08 
 
 		 425 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  25.84 
 
 		 381 aa  126  7e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.58 
 
 		 382 aa  124  3e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  28.09 
 
 		 410 aa  124  4e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2094  putative bifunctional protein: sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component; iron-uptake factor  25.93 
 
 		 372 aa  123  5e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.69 
 
 		 385 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  25.64 
 
 		 394 aa  121  3e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.02 
 
 		 369 aa  120  6e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  26.42 
 
 		 360 aa  119  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.8 
 
 		 385 aa  119  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  25.88 
 
 		 405 aa  117  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  29.07 
 
 		 459 aa  113  6e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3458  peptidase  38.39 
 
 		 491 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2702  peptidase  37.79 
 
 		 487 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5756  Propeptide PepSY amd peptidase M4  27.03 
 
 		 388 aa  110  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0298  PepSY-associated TM helix family protein  22.69 
 
 		 374 aa  110  6e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0757143  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  24.02 
 
 		 391 aa  110  6e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4063  peptidase  37.05 
 
 		 489 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4558  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.73 
 
 		 409 aa  105  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179796 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.76 
 
 		 410 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  26.47 
 
 		 388 aa  104  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2016  PepSY-associated TM helix family protein  23.62 
 
 		 363 aa  103  5e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00288913  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  24.68 
 
 		 437 aa  103  6e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0908  putative integral membrane protein  34.26 
 
 		 504 aa  102  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.843799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  26.8 
 
 		 1117 aa  101  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3117  Propeptide PepSY amd peptidase M4  25 
 
 		 456 aa  99.8  9e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.3 
 
 		 482 aa  97.1  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.230745  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4717  peptidase  28 
 
 		 455 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292427  normal  0.0740605 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4895  peptidase  27.23 
 
 		 455 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.606193  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0237  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.22 
 
 		 435 aa  94  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07035  putative iron-regulated transmembrane protein  24.61 
 
 		 377 aa  93.6  5e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.346517  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4839  hypothetical protein  27.76 
 
 		 455 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387206  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  28.27 
 
 		 380 aa  92.8  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4625  Propeptide PepSY amd peptidase M4  34.5 
 
 		 512 aa  90.5  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0791517  normal  0.93462 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1730  PepSY-associated TM helix domain protein  24.49 
 
 		 384 aa  90.1  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  25.96 
 
 		 381 aa  90.1  6e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4082  PepSY-associated TM helix domain protein  25.85 
 
 		 489 aa  89.4  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.16128  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2883  hypothetical protein  25 
 
 		 450 aa  86.7  8e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0901265  hitchhiker  0.000521416 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.51 
 
 		 409 aa  84.3  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0909277  normal  0.103498 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0572  PepSY-associated TM helix domain protein  29.33 
 
 		 458 aa  83.2  0.000000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.472751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5317  PepSY-associated TM helix domain protein  26.26 
 
 		 430 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4883  hypothetical protein  23.82 
 
 		 379 aa  80.1  0.00000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.740599  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0595  hypothetical protein  21.65 
 
 		 459 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4631  peptidase  27.03 
 
 		 454 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0894362 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1718  PepSY-associated TM helix family protein  22.05 
 
 		 366 aa  78.2  0.0000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  24.73 
 
 		 385 aa  78.2  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  25.81 
 
 		 405 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1810  PepSY-associated TM helix family protein  24.53 
 
 		 370 aa  79  0.0000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0714  hypothetical protein  27.84 
 
 		 362 aa  77.8  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0335793 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2319  propeptide, PepSY amd peptidase M4  25.53 
 
 		 461 aa  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3047  PepSY-associated TM helix domain protein  26.59 
 
 		 456 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.136247  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0433  PepSY-associated TM helix domain protein  27.17 
 
 		 433 aa  77.8  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15080  hypothetical protein  26.9 
 
 		 471 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00625491 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4424  peptidase  24.58 
 
 		 457 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1326  hypothetical protein  27.55 
 
 		 471 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0526  Propeptide PepSY amd peptidase M4  27.41 
 
 		 457 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.679087 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1630  hypothetical protein  25.51 
 
 		 461 aa  75.1  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0107193  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2067  PepSY-associated TM helix domain protein  26.78 
 
 		 472 aa  74.7  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5242  PepSY-associated TM helix domain protein  25.57 
 
 		 433 aa  74.7  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.816011 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3413  hypothetical protein  24.74 
 
 		 380 aa  73.6  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4775  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.57 
 
 		 433 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.15009  normal  0.939836 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3144  sulfite reductase  27.01 
 
 		 456 aa  73.2  0.000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0201  peptidase  26.2 
 
 		 451 aa  72.8  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  22.41 
 
 		 396 aa  72.8  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3266  hypothetical protein  26.85 
 
 		 479 aa  71.6  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.634571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3761  peptidase  24.12 
 
 		 484 aa  71.2  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3353  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.26 
 
 		 493 aa  71.2  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.765099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2923  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.27 
 
 		 460 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.339688 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>