211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4916 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4916  PepSY-associated TM helix domain protein  100 
 
 		 381 aa  748    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.866851  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  59.17 
 
 		 397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6053  hypothetical protein  50.96 
 
 		 388 aa  352  8.999999999999999e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  46.17 
 
 		 381 aa  286  5e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2398  PepSY-associated TM helix domain protein  40.05 
 
 		 398 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2121  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.54 
 
 		 403 aa  233  5e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425818 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1779  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.2 
 
 		 398 aa  233  5e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.334456 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  36.43 
 
 		 849 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  37.11 
 
 		 851 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  36.18 
 
 		 850 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3632  flavodoxin/nitric oxide synthase  40.52 
 
 		 840 aa  219  7e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732599 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  35.9 
 
 		 850 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  35.45 
 
 		 842 aa  216  5e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0793  flavodoxin/nitric oxide synthase  37.01 
 
 		 843 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2075  PepSY-associated TM helix domain protein  39.04 
 
 		 411 aa  209  9e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.668984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  36.12 
 
 		 850 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58560  oxidoreductase  36.95 
 
 		 850 aa  206  5e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  35.28 
 
 		 840 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12440  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein alpha-component/ iron-regulated membrane protein  37.13 
 
 		 783 aa  198  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91057  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  36.43 
 
 		 844 aa  188  1e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4569  iron-uptake factor  35.18 
 
 		 822 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4375  PepSY-associated TM helix domain protein  33.51 
 
 		 380 aa  176  5e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.170457 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4265  PepSY-associated TM helix domain protein  33.51 
 
 		 380 aa  176  5e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.312937 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0578  flavodoxin/nitric oxide synthase  32.79 
 
 		 844 aa  163  4.0000000000000004e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.142303  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  29.38 
 
 		 381 aa  162  1e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5028  flavodoxin/nitric oxide synthase  33.77 
 
 		 849 aa  161  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4788  flavodoxin/nitric oxide synthase  35.44 
 
 		 892 aa  161  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0530  flavodoxin/nitric oxide synthase  32.98 
 
 		 885 aa  154  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016747 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.03 
 
 		 369 aa  144  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  32.96 
 
 		 371 aa  139  1e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0684  hypothetical protein  28.38 
 
 		 406 aa  133  5e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.15671  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  29.56 
 
 		 410 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  25.14 
 
 		 381 aa  128  2.0000000000000002e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  26.11 
 
 		 394 aa  127  3e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  28.8 
 
 		 425 aa  126  5e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  28.49 
 
 		 360 aa  124  4e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  25.13 
 
 		 405 aa  123  4e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.04 
 
 		 382 aa  123  5e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  25.83 
 
 		 459 aa  117  5e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  27.39 
 
 		 388 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.23 
 
 		 385 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  25.57 
 
 		 385 aa  114  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1802  putative oxidoreductase  25.77 
 
 		 385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.13 
 
 		 369 aa  108  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2016  PepSY-associated TM helix family protein  22.72 
 
 		 363 aa  106  6e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00288913  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3117  Propeptide PepSY amd peptidase M4  25.69 
 
 		 456 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5756  Propeptide PepSY amd peptidase M4  26.17 
 
 		 388 aa  105  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0298  PepSY-associated TM helix family protein  22.62 
 
 		 374 aa  102  1e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0757143  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  22.25 
 
 		 391 aa  102  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1730  PepSY-associated TM helix domain protein  26.34 
 
 		 384 aa  100  5e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2094  putative bifunctional protein: sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component; iron-uptake factor  21.37 
 
 		 372 aa  100  5e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  27.97 
 
 		 405 aa  99  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4625  Propeptide PepSY amd peptidase M4  34.76 
 
 		 512 aa  94.4  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0791517  normal  0.93462 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0908  putative integral membrane protein  33.8 
 
 		 504 aa  93.6  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.843799  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4883  hypothetical protein  24.09 
 
 		 379 aa  92.8  9e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.740599  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4424  peptidase  27.25 
 
 		 457 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.2 
 
 		 482 aa  91.7  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.230745  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2702  peptidase  33.49 
 
 		 487 aa  90.5  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.45 
 
 		 410 aa  89.7  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4558  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.68 
 
 		 409 aa  89.4  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179796 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2883  hypothetical protein  24.38 
 
 		 450 aa  89  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0901265  hitchhiker  0.000521416 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4063  peptidase  33.18 
 
 		 489 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3458  peptidase  33.64 
 
 		 491 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3761  peptidase  24.26 
 
 		 484 aa  84.7  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2319  propeptide, PepSY amd peptidase M4  25.19 
 
 		 461 aa  84  0.000000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  25.06 
 
 		 437 aa  83.2  0.000000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  25.2 
 
 		 381 aa  83.2  0.000000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4883  hypothetical protein  27.61 
 
 		 457 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0595  hypothetical protein  24.58 
 
 		 459 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0237  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  31.41 
 
 		 435 aa  81.3  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  25.64 
 
 		 380 aa  81.3  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1810  PepSY-associated TM helix family protein  25.47 
 
 		 370 aa  80.5  0.00000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1326  hypothetical protein  28.64 
 
 		 471 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  23.58 
 
 		 385 aa  78.6  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15080  hypothetical protein  27.78 
 
 		 471 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00625491 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4717  peptidase  24.49 
 
 		 455 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292427  normal  0.0740605 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07035  putative iron-regulated transmembrane protein  23.44 
 
 		 377 aa  78.6  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.346517  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4839  hypothetical protein  23.44 
 
 		 455 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387206  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2403  PepSY-associated TM helix  23.5 
 
 		 393 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4895  peptidase  23.62 
 
 		 455 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.606193  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3148  PepSY-associated TM helix domain protein  29.28 
 
 		 460 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.11538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3047  PepSY-associated TM helix domain protein  28.72 
 
 		 456 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.136247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1718  PepSY-associated TM helix family protein  20.46 
 
 		 366 aa  75.1  0.000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04986  hypothetical protein  24.13 
 
 		 479 aa  74.3  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0572  PepSY-associated TM helix domain protein  28.61 
 
 		 458 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.472751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2923  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.03 
 
 		 460 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.339688 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  22.83 
 
 		 1117 aa  73.2  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1630  hypothetical protein  25.8 
 
 		 461 aa  71.6  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0107193  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  26.97 
 
 		 393 aa  72  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0433  PepSY-associated TM helix domain protein  26.68 
 
 		 433 aa  72  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5168  PepSY-associated TM helix domain protein  29.02 
 
 		 380 aa  71.6  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0347  hypothetical protein  25.51 
 
 		 470 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4082  PepSY-associated TM helix domain protein  23.29 
 
 		 489 aa  70.9  0.00000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.16128  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.43 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  24.66 
 
 		 411 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0526  Propeptide PepSY amd peptidase M4  25.13 
 
 		 457 aa  70.5  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.679087 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  23 
 
 		 399 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  24.94 
 
 		 397 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5663  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  33.2 
 
 		 459 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  24.74 
 
 		 397 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>