178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4839 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4839  hypothetical protein  100 
 
 		 455 aa  919    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387206  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4631  peptidase  92.29 
 
 		 454 aa  840    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0894362 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4883  hypothetical protein  72.16 
 
 		 457 aa  637    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4424  peptidase  71.27 
 
 		 457 aa  664    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0595  hypothetical protein  73.12 
 
 		 459 aa  684    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4895  peptidase  94.07 
 
 		 455 aa  871    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.606193  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4717  peptidase  97.58 
 
 		 455 aa  899    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292427  normal  0.0740605 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15080  hypothetical protein  66.67 
 
 		 471 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00625491 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1326  hypothetical protein  66.67 
 
 		 471 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3761  peptidase  46.97 
 
 		 484 aa  416  9.999999999999999e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4213  integral membrane protein  37.94 
 
 		 470 aa  332  1e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0397228  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2319  propeptide, PepSY amd peptidase M4  40.45 
 
 		 461 aa  328  9e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3117  Propeptide PepSY amd peptidase M4  39.17 
 
 		 456 aa  325  1e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0347  hypothetical protein  40.41 
 
 		 470 aa  321  1.9999999999999998e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04986  hypothetical protein  36.44 
 
 		 479 aa  313  5.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0303  PepSY-associated TM helix  41.78 
 
 		 470 aa  312  9e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0908  putative integral membrane protein  35.5 
 
 		 504 aa  306  6e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.843799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2702  peptidase  36.97 
 
 		 487 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0201  peptidase  36.65 
 
 		 451 aa  301  1e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2067  PepSY-associated TM helix domain protein  38.36 
 
 		 472 aa  292  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0526  Propeptide PepSY amd peptidase M4  35.08 
 
 		 457 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.679087 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3458  peptidase  37.03 
 
 		 491 aa  289  7e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4063  peptidase  37.03 
 
 		 489 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4625  Propeptide PepSY amd peptidase M4  35.23 
 
 		 512 aa  282  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0791517  normal  0.93462 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02130  sulfite reductase  36.02 
 
 		 530 aa  278  1e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0161924  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3144  sulfite reductase  38.33 
 
 		 456 aa  276  7e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3560  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.11 
 
 		 465 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.668518 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5663  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.34 
 
 		 459 aa  272  9e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3266  hypothetical protein  38.07 
 
 		 479 aa  269  7e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.634571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3047  PepSY-associated TM helix domain protein  36.45 
 
 		 456 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.136247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0572  PepSY-associated TM helix domain protein  36.68 
 
 		 458 aa  256  7e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.472751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2923  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.97 
 
 		 460 aa  253  6e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.339688 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3148  PepSY-associated TM helix domain protein  35.07 
 
 		 460 aa  247  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.11538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0032  hypothetical protein  33.47 
 
 		 511 aa  245  9.999999999999999e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.924965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4447  peptidase  34.53 
 
 		 518 aa  244  3e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.251853  normal  0.436375 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4082  PepSY-associated TM helix domain protein  31.58 
 
 		 489 aa  231  2e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.16128  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1630  hypothetical protein  34.12 
 
 		 461 aa  201  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0107193  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2883  hypothetical protein  30.6 
 
 		 450 aa  196  6e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0901265  hitchhiker  0.000521416 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1502  peptidase  27.92 
 
 		 446 aa  192  1e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1531  peptidase  27.92 
 
 		 446 aa  192  1e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4584  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.38 
 
 		 433 aa  192  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4866  hypothetical protein  27.72 
 
 		 433 aa  190  5e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0373  hypothetical protein  27.88 
 
 		 433 aa  189  7e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4489  sulfite reductase [NADPH], flavoprotein, alpha subunit  28.92 
 
 		 433 aa  189  1e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4507  sulfite reductase [NADPH], flavoprotein, alpha subunit  27.65 
 
 		 433 aa  188  2e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4901  hypothetical protein  28.1 
 
 		 433 aa  187  5e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4891  hypothetical protein  27.43 
 
 		 433 aa  186  7e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4875  hypothetical protein  27.88 
 
 		 433 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4651  hypothetical protein  27.65 
 
 		 433 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5006  hypothetical protein  27.65 
 
 		 433 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2870  putative integral membrane protein  32.39 
 
 		 469 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3353  Propeptide PepSY amd peptidase M4  29.34 
 
 		 493 aa  154  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.765099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1570  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.48 
 
 		 464 aa  152  8.999999999999999e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.105469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7006  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.32 
 
 		 560 aa  151  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.103084  normal  0.241919 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1600  PepSY-associated TM helix  28.67 
 
 		 464 aa  149  9e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.239487  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1624  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.67 
 
 		 464 aa  149  9e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4207  peptidase  30.24 
 
 		 490 aa  145  1e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3977  PepSY-associated TM helix domain protein  29.28 
 
 		 483 aa  142  9.999999999999999e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.134146  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4790  Propeptide PepSY amd peptidase M4  28.17 
 
 		 489 aa  141  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2252  PepSY-associated TM helix domain protein  26.97 
 
 		 520 aa  131  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.31682  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2159  peptidase  27.96 
 
 		 474 aa  129  9.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3648  putative iron-regulated membrane protein  27.1 
 
 		 472 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.119895  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1919  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.26 
 
 		 464 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.355321  normal  0.221484 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2687  PepSY-associated TM helix  26.38 
 
 		 464 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1654  PepSY-associated TM helix domain protein  28.78 
 
 		 479 aa  122  9e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3085  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.6 
 
 		 455 aa  119  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0746465 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2587  Propeptide PepSY amd peptidase M4  27.02 
 
 		 486 aa  117  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11710  uncharacterized iron-regulated membrane protein  25.81 
 
 		 486 aa  114  3e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0768282  normal  0.550676 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1780  PepSY-associated TM helix domain protein  28.54 
 
 		 488 aa  114  4.0000000000000004e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.40116 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1842  PepSY-associated TM helix domain protein  27.76 
 
 		 484 aa  110  6e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.829813  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.47 
 
 		 369 aa  107  3e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1603  putative iron-regulated membrane protein  26.83 
 
 		 495 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  23.7 
 
 		 410 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2830  PepSY-associated TM helix domain protein  25.51 
 
 		 507 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.942277  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  27.76 
 
 		 397 aa  93.2  8e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2525  PepSY-associated TM helix domain protein  23.86 
 
 		 507 aa  93.2  9e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0237  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25 
 
 		 435 aa  92.4  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  21.84 
 
 		 405 aa  89.4  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.05 
 
 		 382 aa  89.4  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.05 
 
 		 850 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  23.16 
 
 		 381 aa  89  2e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  25.12 
 
 		 408 aa  88.2  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.81 
 
 		 850 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.56 
 
 		 851 aa  87.4  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.05 
 
 		 849 aa  86.7  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  21.97 
 
 		 381 aa  85.9  0.000000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  21.37 
 
 		 388 aa  84.7  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  24.17 
 
 		 444 aa  83.6  0.000000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  22.33 
 
 		 425 aa  82.8  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  24.36 
 
 		 371 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  25 
 
 		 381 aa  81.3  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0793  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.14 
 
 		 843 aa  79.7  0.00000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2398  PepSY-associated TM helix domain protein  25.47 
 
 		 398 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.64 
 
 		 385 aa  77.8  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.69 
 
 		 842 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.14 
 
 		 369 aa  75.9  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2094  putative bifunctional protein: sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component; iron-uptake factor  19.65 
 
 		 372 aa  75.9  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  25.96 
 
 		 850 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0298  PepSY-associated TM helix family protein  23.57 
 
 		 374 aa  75.1  0.000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0757143  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  19.95 
 
 		 394 aa  75.1  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>