273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0714 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0714  hypothetical protein  100 
 
 		 362 aa  715    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0335793 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1819  PepSY-associated TM helix  33.52 
 
 		 370 aa  171  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0029007  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.49 
 
 		 369 aa  163  5.0000000000000005e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  35.2 
 
 		 371 aa  160  5e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  31.28 
 
 		 405 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  27.3 
 
 		 410 aa  140  4.999999999999999e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  27.59 
 
 		 405 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  29.27 
 
 		 381 aa  133  6e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.68 
 
 		 382 aa  132  6.999999999999999e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  27.15 
 
 		 381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  26.69 
 
 		 388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  29.32 
 
 		 408 aa  129  6e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5168  PepSY-associated TM helix domain protein  31.09 
 
 		 380 aa  129  8.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  30.46 
 
 		 444 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  24.06 
 
 		 459 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  28.61 
 
 		 393 aa  124  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  26.44 
 
 		 385 aa  123  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  27.53 
 
 		 394 aa  123  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  25.75 
 
 		 385 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  25.89 
 
 		 360 aa  122  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0684  hypothetical protein  30.19 
 
 		 406 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.15671  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  25.8 
 
 		 425 aa  117  3e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.5 
 
 		 369 aa  114  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  28.76 
 
 		 397 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  28.45 
 
 		 385 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0028  PepSY-associated TM helix  30.95 
 
 		 362 aa  112  7.000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.522005  normal  0.11263 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12440  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein alpha-component/ iron-regulated membrane protein  26.92 
 
 		 783 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91057  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  28.35 
 
 		 380 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  29.37 
 
 		 844 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5756  Propeptide PepSY amd peptidase M4  26.82 
 
 		 388 aa  110  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.75 
 
 		 842 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  27.35 
 
 		 850 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  25.65 
 
 		 840 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0872  putative iron-regulated membrane protein  22.87 
 
 		 348 aa  103  5e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.74 
 
 		 849 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1730  PepSY-associated TM helix domain protein  25.33 
 
 		 384 aa  102  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  26.86 
 
 		 1117 aa  103  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  22.49 
 
 		 391 aa  102  7e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.39 
 
 		 850 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0793  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.56 
 
 		 843 aa  102  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.93 
 
 		 850 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58560  oxidoreductase  26.8 
 
 		 850 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3117  Propeptide PepSY amd peptidase M4  26.34 
 
 		 456 aa  98.6  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  25.97 
 
 		 408 aa  98.2  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.81 
 
 		 851 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1573  PepSY-associated TM helix domain protein  26.67 
 
 		 351 aa  96.7  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0338986 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2403  PepSY-associated TM helix  24.01 
 
 		 393 aa  96.3  7e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  27.73 
 
 		 381 aa  95.9  9e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0595  hypothetical protein  25.37 
 
 		 459 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07035  putative iron-regulated transmembrane protein  23.47 
 
 		 377 aa  93.6  4e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.346517  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2702  peptidase  30.89 
 
 		 487 aa  94  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2773  hypothetical protein  27.48 
 
 		 382 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0120  PepSY-associated TM helix  26.14 
 
 		 392 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0237  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.11 
 
 		 435 aa  92  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3632  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.6 
 
 		 840 aa  91.7  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732599 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0578  flavodoxin/nitric oxide synthase  27.32 
 
 		 844 aa  91.7  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.142303  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  24.08 
 
 		 361 aa  91.7  2e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4717  peptidase  24.56 
 
 		 455 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292427  normal  0.0740605 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4555  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25 
 
 		 403 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4895  peptidase  23.79 
 
 		 455 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.606193  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  27.12 
 
 		 356 aa  90.1  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4063  peptidase  29.84 
 
 		 489 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.85 
 
 		 374 aa  89  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3458  peptidase  29.84 
 
 		 491 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4839  hypothetical protein  24.81 
 
 		 455 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387206  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1822  PepSY-associated TM helix  23.43 
 
 		 428 aa  88.2  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.646512  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3648  putative iron-regulated membrane protein  25.65 
 
 		 472 aa  87.8  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.119895  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2398  PepSY-associated TM helix domain protein  24.4 
 
 		 398 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4631  peptidase  24.04 
 
 		 454 aa  87  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0894362 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3919  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.25 
 
 		 330 aa  86.7  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.666066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  25.71 
 
 		 397 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  23.14 
 
 		 437 aa  85.1  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3317  PepSY-associated TM helix domain protein  29.3 
 
 		 446 aa  84.3  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00586385 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.18 
 
 		 482 aa  84.3  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.230745  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.81 
 
 		 376 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1511  hypothetical protein  23.43 
 
 		 432 aa  84.3  0.000000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  21.29 
 
 		 381 aa  83.2  0.000000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32750  hypothetical protein  27.74 
 
 		 382 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196352  hitchhiker  0.0000232684 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4569  iron-uptake factor  25.07 
 
 		 822 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6053  hypothetical protein  28.12 
 
 		 388 aa  82  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  22.4 
 
 		 410 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  25.77 
 
 		 403 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0908  putative integral membrane protein  24.19 
 
 		 504 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.843799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2081  PepSY-associated TM helix domain protein  28.76 
 
 		 381 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1780  PepSY-associated TM helix domain protein  25.47 
 
 		 488 aa  80.9  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.40116 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2870  putative integral membrane protein  24.94 
 
 		 469 aa  80.1  0.00000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4788  flavodoxin/nitric oxide synthase  29.14 
 
 		 892 aa  80.5  0.00000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3065  PepSY-associated TM helix  26.37 
 
 		 366 aa  79  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.5229  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4207  peptidase  31.43 
 
 		 490 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4265  PepSY-associated TM helix domain protein  25.61 
 
 		 380 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.312937 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4375  PepSY-associated TM helix domain protein  25.61 
 
 		 380 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.170457 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5317  PepSY-associated TM helix domain protein  25.48 
 
 		 430 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0530  flavodoxin/nitric oxide synthase  28.31 
 
 		 885 aa  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016747 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0433  PepSY-associated TM helix domain protein  24.39 
 
 		 433 aa  77.4  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1718  PepSY-associated TM helix family protein  20.64 
 
 		 366 aa  77  0.0000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3761  peptidase  26.21 
 
 		 484 aa  77  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2319  propeptide, PepSY amd peptidase M4  24.31 
 
 		 461 aa  76.6  0.0000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0201  peptidase  25.92 
 
 		 451 aa  76.6  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.73 
 
 		 390 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4775  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.77 
 
 		 433 aa  76.3  0.0000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.15009  normal  0.939836 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>