112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3413 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3413  hypothetical protein  100 
 
 		 380 aa  785    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4883  hypothetical protein  36.56 
 
 		 379 aa  211  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.740599  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4558  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.96 
 
 		 409 aa  183  6e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179796 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.03 
 
 		 369 aa  108  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  27.81 
 
 		 840 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2094  putative bifunctional protein: sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component; iron-uptake factor  24.53 
 
 		 372 aa  102  1e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  27.15 
 
 		 388 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  26.99 
 
 		 391 aa  102  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  23.64 
 
 		 459 aa  101  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.79 
 
 		 850 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  25.46 
 
 		 425 aa  99.8  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6053  hypothetical protein  26.04 
 
 		 388 aa  99.8  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  24.11 
 
 		 410 aa  98.2  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.53 
 
 		 849 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4569  iron-uptake factor  27.35 
 
 		 822 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  27.16 
 
 		 842 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.55 
 
 		 850 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  24.33 
 
 		 381 aa  97.4  4e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  25.97 
 
 		 360 aa  97.4  4e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  25.38 
 
 		 385 aa  97.1  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  28.11 
 
 		 381 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0578  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.63 
 
 		 844 aa  95.9  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.142303  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.45 
 
 		 851 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  26.96 
 
 		 850 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  26.18 
 
 		 371 aa  94  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  24.25 
 
 		 381 aa  93.6  5e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0793  flavodoxin/nitric oxide synthase  27.79 
 
 		 843 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  23.75 
 
 		 394 aa  92.8  9e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58560  oxidoreductase  27.27 
 
 		 850 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12440  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein alpha-component/ iron-regulated membrane protein  26.89 
 
 		 783 aa  90.9  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91057  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1802  putative oxidoreductase  25.68 
 
 		 385 aa  88.2  2e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  27.56 
 
 		 844 aa  88.2  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5756  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.8 
 
 		 388 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0298  PepSY-associated TM helix family protein  23.96 
 
 		 374 aa  87.8  3e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0757143  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  24.74 
 
 		 397 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  23.99 
 
 		 410 aa  85.1  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  24.23 
 
 		 1117 aa  84.3  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.57 
 
 		 482 aa  83.6  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.230745  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2075  PepSY-associated TM helix domain protein  30.53 
 
 		 411 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.668984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2121  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.25 
 
 		 403 aa  82.8  0.000000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425818 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2398  PepSY-associated TM helix domain protein  28.85 
 
 		 398 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  26.33 
 
 		 405 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.25 
 
 		 369 aa  80.5  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.3 
 
 		 385 aa  80.5  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  26.73 
 
 		 385 aa  79.3  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1730  PepSY-associated TM helix domain protein  25.96 
 
 		 384 aa  79  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.02 
 
 		 382 aa  77.4  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  23.66 
 
 		 437 aa  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1779  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  31.25 
 
 		 398 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.334456 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.1 
 
 		 405 aa  73.9  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2016  PepSY-associated TM helix family protein  22.81 
 
 		 363 aa  70.5  0.00000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00288913  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0684  hypothetical protein  26.03 
 
 		 406 aa  70.1  0.00000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.15671  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1810  PepSY-associated TM helix family protein  24.48 
 
 		 370 aa  67.8  0.0000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3632  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.47 
 
 		 840 aa  67.4  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732599 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2403  PepSY-associated TM helix  22.57 
 
 		 393 aa  66.2  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1511  hypothetical protein  23.47 
 
 		 432 aa  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  24.21 
 
 		 393 aa  64.7  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2884  hypothetical protein  26.82 
 
 		 371 aa  63.5  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.179346  hitchhiker  0.000404668 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07035  putative iron-regulated transmembrane protein  22.02 
 
 		 377 aa  62.8  0.000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.346517  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5389  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  25.07 
 
 		 732 aa  62.4  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1665  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.87 
 
 		 732 aa  62.4  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.664708 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2949  hypothetical protein  27.02 
 
 		 337 aa  59.7  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1115  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  26.24 
 
 		 718 aa  59.3  0.00000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.95767  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1911  hypothetical protein  23.15 
 
 		 426 aa  59.3  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.134613 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2319  propeptide, PepSY amd peptidase M4  21.83 
 
 		 461 aa  55.5  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1143  PepSY-associated TM helix  27.88 
 
 		 377 aa  55.1  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.193504  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  21.68 
 
 		 380 aa  54.7  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  24.36 
 
 		 444 aa  53.1  0.000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4839  hypothetical protein  20.84 
 
 		 455 aa  53.1  0.000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387206  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2870  putative integral membrane protein  22.64 
 
 		 469 aa  52.4  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  24.65 
 
 		 408 aa  51.6  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  22.17 
 
 		 398 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4895  peptidase  21.26 
 
 		 455 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.606193  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  20.47 
 
 		 377 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0595  hypothetical protein  20.54 
 
 		 459 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2702  peptidase  21.16 
 
 		 487 aa  50.8  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4717  peptidase  20.94 
 
 		 455 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292427  normal  0.0740605 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1573  PepSY-associated TM helix domain protein  23.25 
 
 		 351 aa  49.7  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0338986 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3117  Propeptide PepSY amd peptidase M4  21.01 
 
 		 456 aa  49.7  0.00008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0530  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.19 
 
 		 885 aa  49.7  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016747 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  23.45 
 
 		 397 aa  49.7  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4631  peptidase  21.48 
 
 		 454 aa  49.7  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0894362 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4265  PepSY-associated TM helix domain protein  24.2 
 
 		 380 aa  49.7  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.312937 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4375  PepSY-associated TM helix domain protein  24.2 
 
 		 380 aa  49.7  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.170457 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  22.45 
 
 		 407 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  23.1 
 
 		 381 aa  49.3  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04986  hypothetical protein  21.22 
 
 		 479 aa  49.3  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4424  peptidase  20.24 
 
 		 457 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5028  flavodoxin/nitric oxide synthase  28.77 
 
 		 849 aa  48.1  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  20.31 
 
 		 377 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  23.71 
 
 		 397 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11710  uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.64 
 
 		 486 aa  47  0.0005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0768282  normal  0.550676 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1819  PepSY-associated TM helix  25.99 
 
 		 370 aa  47  0.0006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0029007  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  23.34 
 
 		 408 aa  46.6  0.0007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0303  PepSY-associated TM helix  25.2 
 
 		 470 aa  46.6  0.0008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4625  Propeptide PepSY amd peptidase M4  32.14 
 
 		 512 aa  46.6  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0791517  normal  0.93462 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4916  PepSY-associated TM helix domain protein  28.47 
 
 		 381 aa  46.6  0.0008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.866851  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3458  peptidase  33.33 
 
 		 491 aa  46.2  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4788  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.16 
 
 		 892 aa  46.2  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4063  peptidase  33.33 
 
 		 489 aa  46.2  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>