115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0433 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0433  PepSY-associated TM helix domain protein  100 
 
 		 433 aa  866    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  56.27 
 
 		 409 aa  477  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0909277  normal  0.103498 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4775  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  52.56 
 
 		 433 aa  424  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.15009  normal  0.939836 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5242  PepSY-associated TM helix domain protein  52.22 
 
 		 433 aa  419  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.816011 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5317  PepSY-associated TM helix domain protein  51.79 
 
 		 430 aa  412  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0756  PepSY-associated TM helix  49.06 
 
 		 439 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4555  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  48.91 
 
 		 403 aa  392  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2382  PepSY-associated TM helix  48.64 
 
 		 428 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138441  normal  0.964791 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1822  PepSY-associated TM helix  46.06 
 
 		 428 aa  360  3e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.646512  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3317  PepSY-associated TM helix domain protein  47.78 
 
 		 446 aa  351  2e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00586385 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0607  PepSY-associated TM helix domain protein  43.38 
 
 		 408 aa  323  3e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.861518  normal  0.0104892 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4111  hypothetical protein  42.63 
 
 		 408 aa  316  4e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.911346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0244  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.49 
 
 		 412 aa  309  5e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0226  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.47 
 
 		 412 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3346  uncharacterized iron-regulated membrane protein  42.46 
 
 		 411 aa  307  3e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0153  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.89 
 
 		 412 aa  300  3e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0337  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.94 
 
 		 412 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0120  PepSY-associated TM helix  37.17 
 
 		 392 aa  257  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2773  hypothetical protein  38.54 
 
 		 382 aa  236  6e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32750  hypothetical protein  38.29 
 
 		 382 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196352  hitchhiker  0.0000232684 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1822  hypothetical protein  36.56 
 
 		 427 aa  193  5e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1911  hypothetical protein  28.6 
 
 		 426 aa  156  8e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.134613 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1511  hypothetical protein  26.41 
 
 		 432 aa  155  2e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  29.7 
 
 		 405 aa  133  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  27.36 
 
 		 393 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  27.43 
 
 		 381 aa  91.3  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.19 
 
 		 369 aa  87  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  23.3 
 
 		 394 aa  81.6  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  23.39 
 
 		 360 aa  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  27.17 
 
 		 397 aa  77.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  25.42 
 
 		 840 aa  77.4  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  26.02 
 
 		 444 aa  77  0.0000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.88 
 
 		 849 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.41 
 
 		 842 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.65 
 
 		 850 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.87 
 
 		 850 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  25.31 
 
 		 408 aa  73.9  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1819  PepSY-associated TM helix  23.46 
 
 		 370 aa  72.4  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0029007  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.48 
 
 		 851 aa  70.9  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  21.95 
 
 		 385 aa  70.5  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.45 
 
 		 385 aa  68.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.3 
 
 		 405 aa  67.8  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  21.14 
 
 		 425 aa  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1802  putative oxidoreductase  22.78 
 
 		 385 aa  66.2  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  23.49 
 
 		 389 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.83 
 
 		 369 aa  65.1  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5756  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.06 
 
 		 388 aa  65.1  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.73 
 
 		 389 aa  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  24.53 
 
 		 1117 aa  63.9  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  23.61 
 
 		 410 aa  63.5  0.000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6053  hypothetical protein  27.16 
 
 		 388 aa  63.2  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  24.04 
 
 		 844 aa  63.2  0.000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  20.39 
 
 		 459 aa  62.8  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.67 
 
 		 389 aa  63.2  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.22 
 
 		 389 aa  62.4  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.59 
 
 		 382 aa  62  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.43 
 
 		 389 aa  61.2  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  22.09 
 
 		 437 aa  60.5  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  23.24 
 
 		 389 aa  60.5  0.00000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.09 
 
 		 389 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  24.03 
 
 		 381 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1730  PepSY-associated TM helix domain protein  23.39 
 
 		 384 aa  59.3  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  22.25 
 
 		 380 aa  59.7  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15080  hypothetical protein  25.96 
 
 		 471 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00625491 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.35 
 
 		 482 aa  58.5  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.230745  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4569  iron-uptake factor  24.28 
 
 		 822 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  21.53 
 
 		 381 aa  57.4  0.0000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  23.57 
 
 		 850 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  21.43 
 
 		 385 aa  55.5  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0793  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.84 
 
 		 843 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0714  hypothetical protein  25.6 
 
 		 362 aa  53.5  0.000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0335793 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.75 
 
 		 390 aa  53.5  0.000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2398  PepSY-associated TM helix domain protein  29.58 
 
 		 398 aa  53.1  0.000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07035  putative iron-regulated transmembrane protein  21.93 
 
 		 377 aa  52.8  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.346517  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2319  propeptide, PepSY amd peptidase M4  24.77 
 
 		 461 aa  52.4  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  22.06 
 
 		 388 aa  52.8  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58560  oxidoreductase  22.58 
 
 		 850 aa  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  22.98 
 
 		 371 aa  51.6  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3117  Propeptide PepSY amd peptidase M4  20.18 
 
 		 456 aa  51.6  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4265  PepSY-associated TM helix domain protein  23.38 
 
 		 380 aa  50.8  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.312937 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4375  PepSY-associated TM helix domain protein  23.38 
 
 		 380 aa  50.8  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.170457 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  21.76 
 
 		 371 aa  50.8  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  24.83 
 
 		 543 aa  50.4  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  21.48 
 
 		 391 aa  50.1  0.00007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.59 
 
 		 374 aa  49.3  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5168  PepSY-associated TM helix domain protein  25.33 
 
 		 380 aa  48.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2121  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.75 
 
 		 403 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425818 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  25 
 
 		 538 aa  47.4  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  18.83 
 
 		 381 aa  47  0.0007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  22.01 
 
 		 396 aa  47  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1326  hypothetical protein  30.17 
 
 		 471 aa  47  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4839  hypothetical protein  22.69 
 
 		 455 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387206  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  22.14 
 
 		 411 aa  46.2  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  21.87 
 
 		 398 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  22.02 
 
 		 403 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.85 
 
 		 525 aa  45.8  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.52 
 
 		 575 aa  45.8  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0908  putative integral membrane protein  28.32 
 
 		 504 aa  45.1  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.843799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  22.02 
 
 		 408 aa  44.7  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0237  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.08 
 
 		 435 aa  44.7  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>