184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2548 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 
390 aa  809    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  61.28 
 
 
389 aa  535  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  63.02 
 
 
389 aa  534  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  61.28 
 
 
389 aa  534  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  62.57 
 
 
389 aa  531  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  62.3 
 
 
389 aa  531  1e-150  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  61.03 
 
 
389 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  61.68 
 
 
389 aa  525  1e-148  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  39.73 
 
 
403 aa  296  5e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  37.9 
 
 
399 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  37.27 
 
 
398 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  37.3 
 
 
403 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  35.56 
 
 
407 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  35.07 
 
 
411 aa  262  8.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  36.8 
 
 
397 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  37.28 
 
 
397 aa  259  7e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  36.29 
 
 
397 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  35.53 
 
 
397 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2394  PepSY-associated TM helix  35.68 
 
 
393 aa  226  7e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.320508  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1143  PepSY-associated TM helix  32.67 
 
 
377 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.193504  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  29 
 
 
396 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1718  PepSY-associated TM helix family protein  25.26 
 
 
366 aa  94.7  2e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3065  PepSY-associated TM helix  26.83 
 
 
366 aa  94  5e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.5229  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.28 
 
 
376 aa  92.8  9e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  25.47 
 
 
444 aa  92  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  23.57 
 
 
380 aa  92  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  24.74 
 
 
371 aa  90.1  6e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  26.32 
 
 
356 aa  89.7  7e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  24.87 
 
 
371 aa  87  5e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1573  PepSY-associated TM helix domain protein  24.93 
 
 
351 aa  86.3  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0338986 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  22.31 
 
 
394 aa  84.7  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  26.95 
 
 
385 aa  83.6  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.55 
 
 
369 aa  83.2  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  22.49 
 
 
361 aa  82.8  0.000000000000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.57 
 
 
405 aa  82.4  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  24.93 
 
 
381 aa  80.1  0.00000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.34 
 
 
374 aa  79.3  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.12 
 
 
387 aa  79  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.26 
 
 
385 aa  78.6  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0872  putative iron-regulated membrane protein  22.49 
 
 
348 aa  78.2  0.0000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.67 
 
 
425 aa  76.6  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.49 
 
 
369 aa  76.6  0.0000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  23.34 
 
 
408 aa  76.3  0.0000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  23.08 
 
 
377 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  22.9 
 
 
377 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0607  PepSY-associated TM helix domain protein  22.84 
 
 
408 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.861518  normal  0.0104892 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2723  putative iron-regulated membrane protein  23.01 
 
 
372 aa  75.1  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454931  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.9 
 
 
526 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0244  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.52 
 
 
412 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  24.47 
 
 
1117 aa  72.8  0.000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3346  uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.34 
 
 
411 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.25 
 
 
386 aa  72.8  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  25.73 
 
 
641 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.72 
 
 
525 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0226  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.59 
 
 
412 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.75 
 
 
382 aa  69.7  0.00000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5344  PepSY-associated TM helix domain protein  22.93 
 
 
391 aa  70.1  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4111  hypothetical protein  22.73 
 
 
408 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.911346  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  22.68 
 
 
391 aa  68.9  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0349  PepSY-associated TM helix domain protein  23.53 
 
 
370 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.472223  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.03 
 
 
842 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  23.04 
 
 
502 aa  68.2  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  23.12 
 
 
408 aa  68.6  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.27 
 
 
370 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.75 
 
 
410 aa  68.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.83 
 
 
525 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  22.79 
 
 
396 aa  68.2  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0298  PepSY-associated TM helix family protein  23.56 
 
 
374 aa  67.4  0.0000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0757143  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.46 
 
 
533 aa  67  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4555  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.3 
 
 
403 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.48 
 
 
370 aa  66.2  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.13 
 
 
525 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  23.47 
 
 
437 aa  65.5  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  22.84 
 
 
410 aa  65.9  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.95 
 
 
554 aa  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0153  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.21 
 
 
412 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0817  PepSY-associated TM helix domain protein  24.42 
 
 
393 aa  65.5  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  21.86 
 
 
496 aa  64.3  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  23.66 
 
 
381 aa  64.3  0.000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  23.02 
 
 
459 aa  63.5  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  23.4 
 
 
627 aa  63.5  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.05 
 
 
575 aa  63.5  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1802  putative oxidoreductase  25.11 
 
 
385 aa  63.5  0.000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0337  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.49 
 
 
412 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  21.56 
 
 
497 aa  63.5  0.000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  22.77 
 
 
393 aa  62.8  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.910277 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0684  hypothetical protein  27.52 
 
 
406 aa  62  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.15671  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  22.81 
 
 
524 aa  61.6  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  20.97 
 
 
381 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1435  PepSY-associated membrane protein  22.76 
 
 
376 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324657  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39830  hypothetical protein  21.03 
 
 
383 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.123723  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.91 
 
 
377 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  22.69 
 
 
376 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  21.55 
 
 
382 aa  59.7  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  23.86 
 
 
519 aa  59.7  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2016  PepSY-associated TM helix family protein  24.09 
 
 
363 aa  58.9  0.0000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00288913  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  20.84 
 
 
527 aa  59.3  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3375  hypothetical protein  20.59 
 
 
383 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0248134  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  20.7 
 
 
850 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  21.59 
 
 
543 aa  58.5  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>