186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2145 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  100 
 
 		 411 aa  837    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  92.38 
 
 		 407 aa  759    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  70.13 
 
 		 399 aa  570  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  65.84 
 
 		 403 aa  531  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  64.16 
 
 		 398 aa  531  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  65.45 
 
 		 397 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  63.12 
 
 		 403 aa  525  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  66.14 
 
 		 397 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  65.54 
 
 		 397 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  64.54 
 
 		 397 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.96 
 
 		 389 aa  267  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.01 
 
 		 389 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.22 
 
 		 389 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2394  PepSY-associated TM helix  39.42 
 
 		 393 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.320508  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  38.12 
 
 		 389 aa  263  4e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.07 
 
 		 390 aa  262  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  38.36 
 
 		 389 aa  259  4e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.83 
 
 		 389 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.57 
 
 		 389 aa  255  9e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1143  PepSY-associated TM helix  27.5 
 
 		 377 aa  139  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.193504  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  27.2 
 
 		 396 aa  139  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  25.99 
 
 		 396 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  26.52 
 
 		 380 aa  102  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39830  hypothetical protein  26.52 
 
 		 383 aa  96.3  9e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.123723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  25.33 
 
 		 371 aa  94.4  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3375  hypothetical protein  26.16 
 
 		 383 aa  94  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0248134  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  25.13 
 
 		 377 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  24.63 
 
 		 377 aa  90.1  7e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.2 
 
 		 374 aa  89  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5344  PepSY-associated TM helix domain protein  24.69 
 
 		 391 aa  88.6  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3008  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.88 
 
 		 399 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.917647 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0817  PepSY-associated TM helix domain protein  25.4 
 
 		 393 aa  85.5  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.62 
 
 		 386 aa  84.3  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  24.4 
 
 		 361 aa  84  0.000000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.86 
 
 		 376 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  26.32 
 
 		 356 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.07 
 
 		 387 aa  80.5  0.00000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2069  PepSY-associated TM helix domain protein  25.12 
 
 		 397 aa  79.3  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  23.59 
 
 		 444 aa  77.8  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.26 
 
 		 501 aa  78.2  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  23.54 
 
 		 394 aa  77  0.0000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1573  PepSY-associated TM helix domain protein  24.63 
 
 		 351 aa  76.3  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0338986 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0349  PepSY-associated TM helix domain protein  23.12 
 
 		 370 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.472223  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2723  putative iron-regulated membrane protein  24.58 
 
 		 372 aa  75.5  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454931  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.12 
 
 		 370 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1718  PepSY-associated TM helix family protein  21.33 
 
 		 366 aa  75.5  0.000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  23.61 
 
 		 376 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  23.99 
 
 		 497 aa  74.3  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3065  PepSY-associated TM helix  25.09 
 
 		 366 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.5229  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  22.14 
 
 		 382 aa  73.2  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1435  PepSY-associated membrane protein  28.7 
 
 		 376 aa  72.8  0.000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.08 
 
 		 370 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0872  putative iron-regulated membrane protein  21.8 
 
 		 348 aa  71.2  0.00000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4424  peptidase  22.84 
 
 		 457 aa  70.9  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  24.93 
 
 		 529 aa  69.7  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2398  PepSY-associated TM helix domain protein  22.17 
 
 		 398 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3346  uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.43 
 
 		 411 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  24.36 
 
 		 543 aa  68.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.53 
 
 		 377 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  25.74 
 
 		 425 aa  68.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0347  hypothetical protein  23.4 
 
 		 470 aa  67.8  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.73 
 
 		 530 aa  67  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  23.65 
 
 		 360 aa  66.6  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  23.5 
 
 		 381 aa  66.2  0.0000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.46 
 
 		 530 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.78 
 
 		 539 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  24.81 
 
 		 627 aa  66.2  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0244  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.43 
 
 		 412 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  23.99 
 
 		 538 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3894  PepSY-associated TM helix domain protein  25.36 
 
 		 371 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  22.02 
 
 		 502 aa  63.9  0.000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  21.77 
 
 		 496 aa  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1737  hypothetical protein  24 
 
 		 380 aa  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.396154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4555  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.84 
 
 		 403 aa  63.5  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  24.12 
 
 		 542 aa  63.2  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4895  peptidase  22.11 
 
 		 455 aa  63.2  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.606193  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3117  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.93 
 
 		 456 aa  62  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  20.31 
 
 		 381 aa  62.4  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.28 
 
 		 575 aa  62  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5168  PepSY-associated TM helix domain protein  25.36 
 
 		 380 aa  61.6  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0226  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.02 
 
 		 412 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2094  putative bifunctional protein: sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component; iron-uptake factor  22.87 
 
 		 372 aa  60.8  0.00000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4631  peptidase  22.65 
 
 		 454 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0894362 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3761  peptidase  21.38 
 
 		 484 aa  60.8  0.00000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2081  PepSY-associated TM helix domain protein  23.85 
 
 		 381 aa  60.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  22.51 
 
 		 527 aa  60.5  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3271  PepSY-associated TM helix  23.94 
 
 		 373 aa  60.1  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.359337 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4883  hypothetical protein  22.84 
 
 		 457 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5756  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.38 
 
 		 388 aa  59.7  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  20.23 
 
 		 459 aa  59.7  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  22.56 
 
 		 371 aa  59.3  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0595  hypothetical protein  22.86 
 
 		 459 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4111  hypothetical protein  22.95 
 
 		 408 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.911346  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4839  hypothetical protein  23.1 
 
 		 455 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387206  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.81 
 
 		 506 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0607  PepSY-associated TM helix domain protein  21.92 
 
 		 408 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.861518  normal  0.0104892 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04986  hypothetical protein  21.66 
 
 		 479 aa  57.8  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1877  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.45 
 
 		 395 aa  58.2  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7043  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  27.95 
 
 		 377 aa  57.8  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  22.42 
 
 		 397 aa  57.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>