187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5168 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5168  PepSY-associated TM helix domain protein  100 
 
 		 380 aa  734    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0714  hypothetical protein  30.81 
 
 		 362 aa  123  4e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0335793 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  28.24 
 
 		 393 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1819  PepSY-associated TM helix  29.09 
 
 		 370 aa  116  6.9999999999999995e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0029007  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  25.33 
 
 		 405 aa  112  7.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.94 
 
 		 369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  28.12 
 
 		 405 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  25.74 
 
 		 425 aa  109  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  27.03 
 
 		 371 aa  106  7e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  29.87 
 
 		 381 aa  106  8e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  27.05 
 
 		 444 aa  101  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  23 
 
 		 410 aa  101  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  28.31 
 
 		 380 aa  97.8  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0684  hypothetical protein  25.2 
 
 		 406 aa  97.4  4e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.15671  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0028  PepSY-associated TM helix  27.8 
 
 		 362 aa  95.9  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.522005  normal  0.11263 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58560  oxidoreductase  27.3 
 
 		 850 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0244  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.86 
 
 		 412 aa  94  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  22.87 
 
 		 381 aa  90.5  4e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3346  uncharacterized iron-regulated membrane protein  28.57 
 
 		 411 aa  90.9  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  26.15 
 
 		 850 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  22.97 
 
 		 388 aa  88.6  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0226  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.32 
 
 		 412 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  26.68 
 
 		 399 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0578  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.7 
 
 		 844 aa  86.7  6e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.142303  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  26.63 
 
 		 408 aa  86.3  8e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  28.61 
 
 		 844 aa  85.9  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.25 
 
 		 382 aa  85.9  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3919  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  31.65 
 
 		 330 aa  85.9  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.666066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  21.37 
 
 		 394 aa  85.1  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  28.12 
 
 		 398 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0607  PepSY-associated TM helix domain protein  27.38 
 
 		 408 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.861518  normal  0.0104892 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0153  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.13 
 
 		 412 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  24.11 
 
 		 385 aa  83.6  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1511  hypothetical protein  22.61 
 
 		 432 aa  82.8  0.000000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4111  hypothetical protein  27.56 
 
 		 408 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.911346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  25.19 
 
 		 408 aa  80.1  0.00000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.67 
 
 		 842 aa  79.7  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  26.55 
 
 		 403 aa  79.7  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  27.44 
 
 		 403 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12440  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein alpha-component/ iron-regulated membrane protein  27.45 
 
 		 783 aa  78.2  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91057  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  25.79 
 
 		 840 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  26.3 
 
 		 407 aa  77  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  20.32 
 
 		 459 aa  76.6  0.0000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5317  PepSY-associated TM helix domain protein  24.47 
 
 		 430 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5242  PepSY-associated TM helix domain protein  24.71 
 
 		 433 aa  76.3  0.0000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.816011 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  20.37 
 
 		 385 aa  75.9  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1911  hypothetical protein  22.17 
 
 		 426 aa  75.5  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.134613 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0237  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.64 
 
 		 435 aa  74.7  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  24.23 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  25.78 
 
 		 411 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3317  PepSY-associated TM helix domain protein  26.34 
 
 		 446 aa  73.9  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00586385 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4775  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.88 
 
 		 433 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.15009  normal  0.939836 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4265  PepSY-associated TM helix domain protein  26.41 
 
 		 380 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.312937 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4375  PepSY-associated TM helix domain protein  26.41 
 
 		 380 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.170457 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.49 
 
 		 409 aa  73.2  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0909277  normal  0.103498 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3632  flavodoxin/nitric oxide synthase  27.78 
 
 		 840 aa  73.2  0.000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732599 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5028  flavodoxin/nitric oxide synthase  27.46 
 
 		 849 aa  72  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2949  hypothetical protein  28.1 
 
 		 337 aa  71.6  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.06 
 
 		 849 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  19.41 
 
 		 369 aa  70.5  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  25.63 
 
 		 397 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  25.88 
 
 		 397 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.28 
 
 		 850 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.89 
 
 		 850 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  25.38 
 
 		 397 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  21.2 
 
 		 361 aa  67.8  0.0000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4555  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.43 
 
 		 403 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  24.94 
 
 		 1117 aa  67.4  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3065  PepSY-associated TM helix  23.73 
 
 		 366 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.5229  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  22.91 
 
 		 381 aa  67  0.0000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1822  PepSY-associated TM helix  25.6 
 
 		 428 aa  66.6  0.0000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.646512  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.77 
 
 		 389 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2687  PepSY-associated TM helix  23.94 
 
 		 464 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.36 
 
 		 385 aa  66.6  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4569  iron-uptake factor  26.09 
 
 		 822 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  23.6 
 
 		 389 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0756  PepSY-associated TM helix  21.61 
 
 		 439 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.51 
 
 		 851 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  27.86 
 
 		 397 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3761  peptidase  23.52 
 
 		 484 aa  65.1  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3266  hypothetical protein  27.56 
 
 		 479 aa  65.1  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.634571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1718  PepSY-associated TM helix family protein  20.33 
 
 		 366 aa  64.7  0.000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0337  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.07 
 
 		 412 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3117  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.47 
 
 		 456 aa  64.3  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  24.43 
 
 		 389 aa  63.9  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0120  PepSY-associated TM helix  24.75 
 
 		 392 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0872  putative iron-regulated membrane protein  18.55 
 
 		 348 aa  63.9  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.97 
 
 		 389 aa  63.5  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.07 
 
 		 376 aa  63.5  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.77 
 
 		 390 aa  62.4  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0793  flavodoxin/nitric oxide synthase  24 
 
 		 843 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4717  peptidase  23.83 
 
 		 455 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292427  normal  0.0740605 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2773  hypothetical protein  24.08 
 
 		 382 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0303  PepSY-associated TM helix  25.13 
 
 		 470 aa  61.6  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  19.93 
 
 		 482 aa  61.6  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.230745  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4424  peptidase  24.51 
 
 		 457 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4895  peptidase  24.08 
 
 		 455 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.606193  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4839  hypothetical protein  23.82 
 
 		 455 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387206  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1822  hypothetical protein  26.16 
 
 		 427 aa  59.3  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.87 
 
 		 389 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>