42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3919 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3919  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 		 330 aa  645    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.666066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0028  PepSY-associated TM helix  59.76 
 
 		 362 aa  376  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.522005  normal  0.11263 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  30.17 
 
 		 393 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  29.84 
 
 		 405 aa  96.3  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5168  PepSY-associated TM helix domain protein  30.29 
 
 		 380 aa  87.4  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0714  hypothetical protein  29.25 
 
 		 362 aa  79  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0335793 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1819  PepSY-associated TM helix  31.84 
 
 		 370 aa  75.9  0.0000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0029007  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.11 
 
 		 369 aa  75.9  0.0000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  27.2 
 
 		 408 aa  71.2  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  27.92 
 
 		 408 aa  69.7  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2260  iron-regulated membrane protein-like protein  30.59 
 
 		 352 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2360  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.55 
 
 		 353 aa  63.2  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.917069 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  25.86 
 
 		 444 aa  58.2  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  24.25 
 
 		 844 aa  56.2  0.0000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  23.48 
 
 		 360 aa  53.9  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3238  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.35 
 
 		 359 aa  53.9  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  23.79 
 
 		 410 aa  50.8  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2949  hypothetical protein  24.85 
 
 		 337 aa  50.1  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  25.11 
 
 		 356 aa  50.1  0.00005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  21.28 
 
 		 394 aa  48.9  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0847  PepSY-associated TM helix  28.44 
 
 		 505 aa  48.9  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0233  oxidoreductase, FAD-binding, putative  33.9 
 
 		 734 aa  48.5  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166526  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0900  nitrate reductase/sulfite reductase flavoprotein alpha-component, putative  34.07 
 
 		 756 aa  47.4  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.638423  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3290  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  27.46 
 
 		 735 aa  47  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.126941  normal  0.108188 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  26.75 
 
 		 506 aa  47  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2773  hypothetical protein  35.9 
 
 		 382 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5165  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase:oxidoreductase FAD-binding region  31.16 
 
 		 736 aa  46.6  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974018  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5389  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  30.67 
 
 		 732 aa  46.2  0.0008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.95 
 
 		 530 aa  45.4  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.33 
 
 		 570 aa  45.8  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.95 
 
 		 530 aa  45.4  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.23 
 
 		 571 aa  45.8  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  21.11 
 
 		 361 aa  45.4  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  26.45 
 
 		 506 aa  45.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  23.08 
 
 		 538 aa  45.1  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  26.7 
 
 		 504 aa  44.3  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1115  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  23.96 
 
 		 718 aa  44.3  0.003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.95767  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  26.79 
 
 		 371 aa  43.9  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.79 
 
 		 503 aa  43.5  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.89 
 
 		 842 aa  43.5  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.6 
 
 		 376 aa  43.1  0.006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.19 
 
 		 533 aa  42.7  0.008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>