200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2119 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  93.95 
 
 		 397 aa  765    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  92.44 
 
 		 397 aa  758    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  89.42 
 
 		 397 aa  717    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  100 
 
 		 397 aa  805    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  68.06 
 
 		 399 aa  552  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  66.41 
 
 		 403 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  67.45 
 
 		 403 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  65.54 
 
 		 411 aa  524  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  65.22 
 
 		 398 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  65.69 
 
 		 407 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2394  PepSY-associated TM helix  40.68 
 
 		 393 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.320508  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.23 
 
 		 389 aa  258  1e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.21 
 
 		 389 aa  258  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.21 
 
 		 389 aa  256  7e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.53 
 
 		 390 aa  250  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  37.6 
 
 		 389 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  36.68 
 
 		 389 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.33 
 
 		 389 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.07 
 
 		 389 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1143  PepSY-associated TM helix  28.57 
 
 		 377 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.193504  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  25.38 
 
 		 396 aa  130  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  28.07 
 
 		 396 aa  120  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3375  hypothetical protein  26.85 
 
 		 383 aa  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0248134  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39830  hypothetical protein  27.18 
 
 		 383 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.123723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  25.45 
 
 		 377 aa  100  7e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  25.95 
 
 		 380 aa  97.4  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  26.85 
 
 		 376 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  23.76 
 
 		 377 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0817  PepSY-associated TM helix domain protein  27.23 
 
 		 393 aa  95.1  2e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.51 
 
 		 374 aa  94.7  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  24.68 
 
 		 361 aa  94  4e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  26.11 
 
 		 444 aa  92.8  9e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5344  PepSY-associated TM helix domain protein  24.3 
 
 		 391 aa  92.4  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3008  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.9 
 
 		 399 aa  92.4  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.917647 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  26.93 
 
 		 371 aa  91.7  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2069  PepSY-associated TM helix domain protein  25.12 
 
 		 397 aa  91.3  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  25.38 
 
 		 382 aa  89  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.02 
 
 		 386 aa  88.2  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.79 
 
 		 376 aa  87.8  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1573  PepSY-associated TM helix domain protein  25.59 
 
 		 351 aa  85.1  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0338986 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1435  PepSY-associated membrane protein  27.49 
 
 		 376 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324657  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0349  PepSY-associated TM helix domain protein  24.73 
 
 		 370 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.472223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.49 
 
 		 370 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.65 
 
 		 387 aa  82.8  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.48 
 
 		 370 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3271  PepSY-associated TM helix  27.68 
 
 		 373 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.359337 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1737  hypothetical protein  26.84 
 
 		 380 aa  80.1  0.00000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.396154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  22.17 
 
 		 459 aa  78.2  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3894  PepSY-associated TM helix domain protein  28.32 
 
 		 371 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2081  PepSY-associated TM helix domain protein  25.13 
 
 		 381 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.4 
 
 		 377 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.97 
 
 		 525 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  26.01 
 
 		 497 aa  75.5  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3346  uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.88 
 
 		 411 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0244  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.35 
 
 		 412 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1718  PepSY-associated TM helix family protein  21.85 
 
 		 366 aa  73.9  0.000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0226  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.44 
 
 		 412 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.87 
 
 		 501 aa  72.4  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  25.22 
 
 		 356 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  26.4 
 
 		 627 aa  70.9  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  23.82 
 
 		 502 aa  70.5  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1877  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.64 
 
 		 395 aa  70.5  0.00000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.4 
 
 		 575 aa  69.3  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0347  hypothetical protein  24.52 
 
 		 470 aa  69.3  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.1 
 
 		 540 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  25.2 
 
 		 381 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  24.54 
 
 		 496 aa  68.2  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  24.59 
 
 		 527 aa  67.8  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0153  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.31 
 
 		 412 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3117  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.5 
 
 		 456 aa  67.4  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0872  putative iron-regulated membrane protein  22.04 
 
 		 348 aa  66.6  0.0000000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2723  putative iron-regulated membrane protein  25.34 
 
 		 372 aa  66.2  0.0000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454931  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  25 
 
 		 539 aa  65.5  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3065  PepSY-associated TM helix  23.75 
 
 		 366 aa  66.2  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.5229  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.6 
 
 		 526 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  23.86 
 
 		 397 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  22.44 
 
 		 543 aa  65.1  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04986  hypothetical protein  23.82 
 
 		 479 aa  65.1  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2398  PepSY-associated TM helix domain protein  22.77 
 
 		 398 aa  63.9  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  23.36 
 
 		 360 aa  64.3  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0595  hypothetical protein  22.79 
 
 		 459 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  22.66 
 
 		 394 aa  62.8  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.99 
 
 		 851 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.42 
 
 		 554 aa  62.8  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.18 
 
 		 539 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.18 
 
 		 539 aa  62  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  23.16 
 
 		 371 aa  61.6  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7043  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  27.19 
 
 		 377 aa  61.6  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  24.38 
 
 		 437 aa  61.2  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2075  PepSY-associated TM helix domain protein  26.6 
 
 		 411 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.668984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.99 
 
 		 525 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5956  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.23 
 
 		 402 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52704  decreased coverage  0.00676622 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.88 
 
 		 525 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  24.18 
 
 		 539 aa  60.5  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.73 
 
 		 570 aa  60.1  0.00000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0607  PepSY-associated TM helix domain protein  25 
 
 		 408 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.861518  normal  0.0104892 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  25.38 
 
 		 381 aa  60.1  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  21.16 
 
 		 381 aa  59.7  0.00000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  24.42 
 
 		 425 aa  59.7  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4839  hypothetical protein  24.09 
 
 		 455 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387206  normal  0.379548 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>