207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4853 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0349  PepSY-associated TM helix domain protein  92.16 
 
 		 370 aa  689    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.472223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  92.97 
 
 		 370 aa  696    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  93.24 
 
 		 370 aa  697    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 		 377 aa  766    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  79.19 
 
 		 377 aa  624  1e-178  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  77.84 
 
 		 377 aa  618  1e-176  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  78.14 
 
 		 376 aa  586  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  53.89 
 
 		 396 aa  387  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2069  PepSY-associated TM helix domain protein  54.28 
 
 		 397 aa  369  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3375  hypothetical protein  50.68 
 
 		 383 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0248134  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39830  hypothetical protein  50.68 
 
 		 383 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.123723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  51.78 
 
 		 386 aa  367  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3008  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  53.05 
 
 		 399 aa  356  2.9999999999999997e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.917647 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1737  hypothetical protein  53.66 
 
 		 380 aa  352  8.999999999999999e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.396154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0817  PepSY-associated TM helix domain protein  47.98 
 
 		 393 aa  347  2e-94  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1877  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  53.13 
 
 		 395 aa  346  5e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5344  PepSY-associated TM helix domain protein  46.43 
 
 		 391 aa  344  2e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1435  PepSY-associated membrane protein  51.24 
 
 		 376 aa  325  9e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  44.47 
 
 		 382 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3271  PepSY-associated TM helix  48.49 
 
 		 373 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.359337 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3894  PepSY-associated TM helix domain protein  47.98 
 
 		 371 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7043  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  48.37 
 
 		 377 aa  292  5e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2081  PepSY-associated TM helix domain protein  40.92 
 
 		 381 aa  270  4e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5956  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.12 
 
 		 402 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52704  decreased coverage  0.00676622 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  25.33 
 
 		 397 aa  93.2  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  25.07 
 
 		 397 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  24.4 
 
 		 397 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.54 
 
 		 376 aa  88.2  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  22.43 
 
 		 380 aa  87.4  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  24.2 
 
 		 543 aa  84.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  24.16 
 
 		 398 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.41 
 
 		 385 aa  82  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  23.92 
 
 		 397 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  24.03 
 
 		 407 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  22.94 
 
 		 411 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  28.42 
 
 		 504 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  23.04 
 
 		 388 aa  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  23.1 
 
 		 399 aa  77  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.48 
 
 		 405 aa  76.3  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  25.41 
 
 		 356 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  24.68 
 
 		 519 aa  75.5  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.76 
 
 		 387 aa  75.1  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5756  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.19 
 
 		 388 aa  74.3  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  28.99 
 
 		 506 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  23.1 
 
 		 361 aa  73.9  0.000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  21.68 
 
 		 385 aa  72.4  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  24.39 
 
 		 529 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  19.89 
 
 		 382 aa  72  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0201  peptidase  26.79 
 
 		 451 aa  71.6  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  23.29 
 
 		 403 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  28.99 
 
 		 506 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  23.71 
 
 		 641 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  24.88 
 
 		 627 aa  70.5  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.94 
 
 		 525 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.71 
 
 		 525 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.91 
 
 		 369 aa  68.6  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.73 
 
 		 526 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  25.2 
 
 		 502 aa  67.8  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3266  hypothetical protein  29.19 
 
 		 479 aa  68.2  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.634571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.23 
 
 		 540 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  24.92 
 
 		 503 aa  67  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.78 
 
 		 525 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.63 
 
 		 533 aa  67  0.0000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  21.84 
 
 		 547 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  22.08 
 
 		 539 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.7 
 
 		 374 aa  66.6  0.0000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  22.11 
 
 		 385 aa  66.2  0.0000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.63 
 
 		 390 aa  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  23.88 
 
 		 538 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.42 
 
 		 539 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  21.99 
 
 		 543 aa  63.9  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.01 
 
 		 562 aa  63.9  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.84 
 
 		 525 aa  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  21.24 
 
 		 403 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.08 
 
 		 539 aa  63.2  0.000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.62 
 
 		 575 aa  62.4  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  20.84 
 
 		 534 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  27.51 
 
 		 524 aa  61.6  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  25.58 
 
 		 410 aa  62  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  23.21 
 
 		 540 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.72 
 
 		 530 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  24.16 
 
 		 503 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.83 
 
 		 539 aa  61.2  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  23.6 
 
 		 371 aa  60.8  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.16 
 
 		 503 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.24 
 
 		 503 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.03 
 
 		 529 aa  59.7  0.00000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  25.85 
 
 		 521 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1802  putative oxidoreductase  26.64 
 
 		 385 aa  59.7  0.00000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.5 
 
 		 530 aa  59.7  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.3 
 
 		 575 aa  58.9  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  23.18 
 
 		 389 aa  59.3  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  21.67 
 
 		 394 aa  58.5  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.55 
 
 		 534 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2394  PepSY-associated TM helix  26.3 
 
 		 393 aa  58.2  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.320508  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.48 
 
 		 389 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  22.6 
 
 		 539 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.57 
 
 		 389 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.29 
 
 		 575 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  24.58 
 
 		 565 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>