206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3271 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3271  PepSY-associated TM helix  100 
 
 		 373 aa  745    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.359337 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3894  PepSY-associated TM helix domain protein  80.93 
 
 		 371 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7043  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  67.41 
 
 		 377 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3375  hypothetical protein  53.59 
 
 		 383 aa  356  5e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0248134  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39830  hypothetical protein  53.87 
 
 		 383 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.123723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  46.95 
 
 		 386 aa  336  2.9999999999999997e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0349  PepSY-associated TM helix domain protein  49.45 
 
 		 370 aa  335  7e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.472223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  47.98 
 
 		 377 aa  333  3e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  49.04 
 
 		 370 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  49.18 
 
 		 370 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  47.17 
 
 		 377 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5344  PepSY-associated TM helix domain protein  46.85 
 
 		 391 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  49.74 
 
 		 396 aa  325  7e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0817  PepSY-associated TM helix domain protein  48.39 
 
 		 393 aa  323  4e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  48.49 
 
 		 377 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2069  PepSY-associated TM helix domain protein  50.13 
 
 		 397 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  47.38 
 
 		 376 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1737  hypothetical protein  51.07 
 
 		 380 aa  300  3e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.396154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3008  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  51.78 
 
 		 399 aa  299  5e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.917647 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1435  PepSY-associated membrane protein  50.69 
 
 		 376 aa  290  3e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  42.13 
 
 		 382 aa  277  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1877  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  49.87 
 
 		 395 aa  277  3e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2081  PepSY-associated TM helix domain protein  43.8 
 
 		 381 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5956  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.83 
 
 		 402 aa  197  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52704  decreased coverage  0.00676622 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  23.97 
 
 		 397 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  25.93 
 
 		 397 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  24.74 
 
 		 397 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  25.6 
 
 		 380 aa  92.8  8e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  24.3 
 
 		 397 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  22.7 
 
 		 399 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  26.81 
 
 		 506 aa  87  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  27.46 
 
 		 506 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  25.92 
 
 		 538 aa  80.1  0.00000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  23.18 
 
 		 398 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  22.78 
 
 		 361 aa  79.3  0.0000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.51 
 
 		 575 aa  77.4  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.48 
 
 		 530 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  23.75 
 
 		 407 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.75 
 
 		 530 aa  76.6  0.0000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  27.04 
 
 		 503 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.23 
 
 		 376 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  27.46 
 
 		 503 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.46 
 
 		 503 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  23.33 
 
 		 519 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  21.74 
 
 		 403 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.59 
 
 		 389 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  21.48 
 
 		 403 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  22.73 
 
 		 539 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  24.44 
 
 		 627 aa  72  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.47 
 
 		 525 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  23.9 
 
 		 536 aa  70.9  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.82 
 
 		 374 aa  71.2  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.34 
 
 		 389 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  24.05 
 
 		 497 aa  69.7  0.00000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.57 
 
 		 503 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  22.93 
 
 		 411 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  25 
 
 		 540 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  20.84 
 
 		 389 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  23.27 
 
 		 545 aa  68.6  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.8 
 
 		 562 aa  67.4  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  29.09 
 
 		 542 aa  66.6  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.77 
 
 		 390 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.11 
 
 		 554 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.69 
 
 		 529 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  21.82 
 
 		 389 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  22.19 
 
 		 543 aa  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  24.27 
 
 		 356 aa  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  28.1 
 
 		 504 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.78 
 
 		 534 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  23.38 
 
 		 547 aa  64.3  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.64 
 
 		 389 aa  64.3  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0872  putative iron-regulated membrane protein  20.44 
 
 		 348 aa  63.9  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1718  PepSY-associated TM helix family protein  21.17 
 
 		 366 aa  63.5  0.000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.03 
 
 		 389 aa  63.5  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.88 
 
 		 389 aa  63.5  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.55 
 
 		 534 aa  63.2  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.73 
 
 		 539 aa  63.2  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.56 
 
 		 551 aa  63.2  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  22.06 
 
 		 543 aa  63.2  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.93 
 
 		 540 aa  63.2  0.000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2723  putative iron-regulated membrane protein  24.26 
 
 		 372 aa  61.6  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454931  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  20.4 
 
 		 385 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1573  PepSY-associated TM helix domain protein  26.64 
 
 		 351 aa  62  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0338986 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  27.92 
 
 		 539 aa  60.8  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  25.27 
 
 		 371 aa  60.8  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  23.06 
 
 		 542 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.53 
 
 		 539 aa  61.2  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.83 
 
 		 526 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.29 
 
 		 570 aa  61.2  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  22.68 
 
 		 1117 aa  60.5  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  23.02 
 
 		 496 aa  60.5  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  23 
 
 		 539 aa  60.1  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.35 
 
 		 575 aa  60.1  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  21.88 
 
 		 529 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.27 
 
 		 539 aa  59.7  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  23.18 
 
 		 388 aa  60.1  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.37 
 
 		 369 aa  59.7  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  24.16 
 
 		 550 aa  58.9  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0201  peptidase  24.87 
 
 		 451 aa  58.9  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.61 
 
 		 506 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>