195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3894 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3894  PepSY-associated TM helix domain protein  100 
 
 		 371 aa  745    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3271  PepSY-associated TM helix  80.93 
 
 		 373 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.359337 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7043  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  66.2 
 
 		 377 aa  444  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3375  hypothetical protein  52.24 
 
 		 383 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0248134  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39830  hypothetical protein  51.98 
 
 		 383 aa  345  8.999999999999999e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.123723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0817  PepSY-associated TM helix domain protein  49.87 
 
 		 393 aa  335  1e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  46.26 
 
 		 386 aa  330  3e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  47.38 
 
 		 377 aa  327  3e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  48.77 
 
 		 377 aa  327  3e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5344  PepSY-associated TM helix domain protein  48.21 
 
 		 391 aa  325  5e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  50.53 
 
 		 396 aa  322  7e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0349  PepSY-associated TM helix domain protein  48.37 
 
 		 370 aa  319  5e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.472223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  48 
 
 		 370 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  47.2 
 
 		 370 aa  315  6e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  47.98 
 
 		 377 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1737  hypothetical protein  53.1 
 
 		 380 aa  302  8.000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.396154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  47.65 
 
 		 376 aa  299  5e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2069  PepSY-associated TM helix domain protein  49.47 
 
 		 397 aa  292  7e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3008  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  50.96 
 
 		 399 aa  292  7e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.917647 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1435  PepSY-associated membrane protein  50.14 
 
 		 376 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1877  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  49.2 
 
 		 395 aa  280  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  42.44 
 
 		 382 aa  278  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2081  PepSY-associated TM helix domain protein  46.41 
 
 		 381 aa  263  4e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5956  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.72 
 
 		 402 aa  193  5e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52704  decreased coverage  0.00676622 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  26.58 
 
 		 397 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  26.84 
 
 		 397 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  24.94 
 
 		 380 aa  94.4  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  27.82 
 
 		 397 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  24.68 
 
 		 398 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  25.65 
 
 		 397 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  23.91 
 
 		 399 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  25.79 
 
 		 506 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  23.08 
 
 		 403 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  25.4 
 
 		 506 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  24.46 
 
 		 411 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  25 
 
 		 407 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.6 
 
 		 530 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  24 
 
 		 389 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.13 
 
 		 530 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1573  PepSY-associated TM helix domain protein  28.03 
 
 		 351 aa  74.3  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0338986 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  23.38 
 
 		 403 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  21.75 
 
 		 361 aa  73.6  0.000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  25.32 
 
 		 538 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.44 
 
 		 389 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2723  putative iron-regulated membrane protein  24.19 
 
 		 372 aa  68.2  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454931  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.94 
 
 		 389 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.43 
 
 		 389 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  24.74 
 
 		 356 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.94 
 
 		 389 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.45 
 
 		 390 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.94 
 
 		 376 aa  67  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  28.24 
 
 		 504 aa  67  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  27.2 
 
 		 503 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  27.34 
 
 		 503 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.34 
 
 		 503 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.19 
 
 		 389 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  23.88 
 
 		 502 aa  64.7  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.54 
 
 		 575 aa  64.3  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  23.19 
 
 		 389 aa  64.3  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  26.28 
 
 		 542 aa  63.5  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.38 
 
 		 374 aa  63.5  0.000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.58 
 
 		 501 aa  63.5  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  23.04 
 
 		 540 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.3 
 
 		 387 aa  62.8  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.34 
 
 		 503 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.54 
 
 		 526 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.58 
 
 		 533 aa  62  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.89 
 
 		 525 aa  61.2  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2157  putative iron-regulated membrane protein  26.06 
 
 		 504 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.921249  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0885  hypothetical protein  26.06 
 
 		 504 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0795  hypothetical protein  26.06 
 
 		 504 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  21.85 
 
 		 543 aa  60.1  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.74 
 
 		 539 aa  59.7  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  21.87 
 
 		 385 aa  59.3  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.2 
 
 		 539 aa  59.3  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.58 
 
 		 539 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3266  hypothetical protein  28.02 
 
 		 479 aa  59.3  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.634571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  20.88 
 
 		 405 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3065  PepSY-associated TM helix  22.25 
 
 		 366 aa  58.9  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.5229  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1718  PepSY-associated TM helix family protein  20.89 
 
 		 366 aa  58.5  0.0000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  24.05 
 
 		 546 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  22.25 
 
 		 536 aa  57.8  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.04 
 
 		 525 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.49 
 
 		 562 aa  57.4  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4839  hypothetical protein  24.5 
 
 		 455 aa  57  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387206  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  25.76 
 
 		 627 aa  57  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  26.78 
 
 		 539 aa  56.2  0.0000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.91 
 
 		 369 aa  56.2  0.0000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  24.05 
 
 		 543 aa  56.2  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  26.36 
 
 		 539 aa  55.8  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  24.02 
 
 		 405 aa  55.8  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4717  peptidase  24.94 
 
 		 455 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292427  normal  0.0740605 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0201  peptidase  24.16 
 
 		 451 aa  55.5  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  28.5 
 
 		 381 aa  55.5  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  22.16 
 
 		 497 aa  55.5  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.13 
 
 		 525 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.94 
 
 		 540 aa  55.5  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  20.89 
 
 		 641 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  23.08 
 
 		 547 aa  55.1  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.31 
 
 		 529 aa  54.3  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>