159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4610 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  100 
 
 		 641 aa  1308    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  81.17 
 
 		 526 aa  833    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  94.86 
 
 		 525 aa  999    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  96.95 
 
 		 525 aa  1013    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  60.62 
 
 		 529 aa  595  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  57.36 
 
 		 521 aa  585  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  46.61 
 
 		 524 aa  395  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  43.95 
 
 		 539 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  43.33 
 
 		 545 aa  389  1e-106  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  39.58 
 
 		 543 aa  383  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  40.75 
 
 		 542 aa  368  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  43.43 
 
 		 536 aa  366  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  43.91 
 
 		 550 aa  365  1e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.61 
 
 		 547 aa  365  1e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  45.08 
 
 		 575 aa  364  3e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.9 
 
 		 562 aa  356  6.999999999999999e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  42.86 
 
 		 540 aa  355  1e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  41.85 
 
 		 542 aa  350  5e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.26 
 
 		 506 aa  349  9e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.3 
 
 		 554 aa  347  5e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.99 
 
 		 506 aa  340  4e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.39 
 
 		 541 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.14 
 
 		 570 aa  336  7e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  41.7 
 
 		 538 aa  336  9e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.42 
 
 		 551 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.82 
 
 		 556 aa  335  1e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.67 
 
 		 575 aa  332  2e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.63 
 
 		 534 aa  331  3e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.72 
 
 		 575 aa  330  5.0000000000000004e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.64 
 
 		 539 aa  330  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.57 
 
 		 534 aa  330  7e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.48 
 
 		 575 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  38.69 
 
 		 574 aa  327  5e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.35 
 
 		 560 aa  327  5e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.35 
 
 		 560 aa  327  5e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.76 
 
 		 530 aa  325  1e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  36.65 
 
 		 565 aa  324  2e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.15 
 
 		 560 aa  325  2e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  35.98 
 
 		 559 aa  324  3e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.56 
 
 		 530 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.08 
 
 		 529 aa  317  5e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  37.02 
 
 		 519 aa  306  8.000000000000001e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  40 
 
 		 627 aa  306  8.000000000000001e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  41.44 
 
 		 476 aa  302  1e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  42.27 
 
 		 560 aa  299  8e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  37.91 
 
 		 553 aa  298  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.01 
 
 		 507 aa  297  5e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.39 
 
 		 571 aa  282  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.75 
 
 		 560 aa  278  2e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  34.71 
 
 		 506 aa  278  3e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  33.46 
 
 		 529 aa  273  1e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  34.79 
 
 		 506 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  35.86 
 
 		 519 aa  242  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  32.39 
 
 		 557 aa  236  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  30.97 
 
 		 559 aa  203  9e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.85 
 
 		 559 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.5 
 
 		 559 aa  195  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.63 
 
 		 533 aa  159  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.33 
 
 		 525 aa  144  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.9 
 
 		 518 aa  138  4e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  25.48 
 
 		 543 aa  128  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  29.22 
 
 		 539 aa  126  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  26.69 
 
 		 540 aa  124  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.2 
 
 		 539 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.39 
 
 		 539 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  26.29 
 
 		 539 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.26 
 
 		 525 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  25.46 
 
 		 534 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  25.2 
 
 		 546 aa  120  7.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.93 
 
 		 540 aa  118  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  25.24 
 
 		 519 aa  116  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  26.17 
 
 		 547 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  26.67 
 
 		 497 aa  114  7.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.16 
 
 		 529 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  24.49 
 
 		 555 aa  110  6e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  25.4 
 
 		 502 aa  105  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.45 
 
 		 374 aa  104  6e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.93 
 
 		 387 aa  103  8e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  27 
 
 		 496 aa  100  8e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  25.14 
 
 		 527 aa  97.4  6e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  24.46 
 
 		 503 aa  81.3  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.46 
 
 		 503 aa  81.3  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.84 
 
 		 503 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.25 
 
 		 410 aa  76.6  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  24.13 
 
 		 399 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.08 
 
 		 501 aa  73.9  0.000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  23.83 
 
 		 437 aa  72.8  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  25.52 
 
 		 389 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.24 
 
 		 369 aa  72.8  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  21.67 
 
 		 398 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.73 
 
 		 390 aa  71.6  0.00000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  23.63 
 
 		 504 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.26 
 
 		 389 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  23.86 
 
 		 397 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  24.41 
 
 		 425 aa  69.3  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.19 
 
 		 389 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  23.04 
 
 		 403 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.96 
 
 		 389 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.65 
 
 		 389 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1143  PepSY-associated TM helix  26.65 
 
 		 377 aa  67.8  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.193504  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>