113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1106 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  100 
 
 		 542 aa  1084    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  52.02 
 
 		 545 aa  492  9.999999999999999e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.68 
 
 		 560 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  43.54 
 
 		 559 aa  437  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.28 
 
 		 560 aa  436  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.89 
 
 		 560 aa  432  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.21 
 
 		 547 aa  426  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.01 
 
 		 556 aa  421  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.1 
 
 		 534 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.05 
 
 		 554 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  42.8 
 
 		 565 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.87 
 
 		 575 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.06 
 
 		 575 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.73 
 
 		 534 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.98 
 
 		 575 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.42 
 
 		 541 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.56 
 
 		 570 aa  403  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  50.22 
 
 		 538 aa  403  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  44.55 
 
 		 521 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  40.34 
 
 		 574 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  44.99 
 
 		 529 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.39 
 
 		 529 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  46.89 
 
 		 575 aa  393  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  47.81 
 
 		 530 aa  390  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  44.22 
 
 		 539 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  47.59 
 
 		 530 aa  383  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  49.02 
 
 		 539 aa  379  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.57 
 
 		 525 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  45.08 
 
 		 550 aa  369  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.18 
 
 		 526 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  42.43 
 
 		 536 aa  365  1e-99  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  37.64 
 
 		 543 aa  361  1e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.63 
 
 		 525 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  41.87 
 
 		 519 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  44.2 
 
 		 542 aa  356  5.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  44.14 
 
 		 540 aa  356  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  40.62 
 
 		 641 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  44.16 
 
 		 524 aa  354  2e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.33 
 
 		 562 aa  352  1e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.14 
 
 		 551 aa  343  7e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.59 
 
 		 507 aa  332  1e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  41.49 
 
 		 476 aa  314  1.9999999999999998e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.87 
 
 		 506 aa  301  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.66 
 
 		 506 aa  300  6e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  38.65 
 
 		 506 aa  293  4e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  43.3 
 
 		 560 aa  281  3e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  39.6 
 
 		 506 aa  280  5e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  35.99 
 
 		 627 aa  265  2e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.88 
 
 		 560 aa  259  9e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  33.09 
 
 		 529 aa  247  4e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.2 
 
 		 571 aa  243  9e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  34.3 
 
 		 553 aa  234  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  33.08 
 
 		 519 aa  226  6e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  33.16 
 
 		 557 aa  212  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.23 
 
 		 559 aa  167  4e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  29.23 
 
 		 559 aa  167  4e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.23 
 
 		 559 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  27.7 
 
 		 543 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.32 
 
 		 533 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  28.38 
 
 		 540 aa  139  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.67 
 
 		 525 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  27.88 
 
 		 519 aa  118  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.99 
 
 		 518 aa  115  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  23.03 
 
 		 546 aa  100  9e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  25.48 
 
 		 534 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.24 
 
 		 525 aa  99  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.81 
 
 		 374 aa  97.8  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  24.33 
 
 		 547 aa  92  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.88 
 
 		 539 aa  91.7  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24 
 
 		 529 aa  91.3  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.41 
 
 		 387 aa  91.3  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  27.25 
 
 		 502 aa  91.3  5e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.64 
 
 		 539 aa  89.4  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  25.3 
 
 		 555 aa  87.8  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.39 
 
 		 540 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  24.88 
 
 		 527 aa  85.5  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  24.22 
 
 		 539 aa  83.6  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  24.7 
 
 		 539 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  23.8 
 
 		 496 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  23.82 
 
 		 497 aa  75.1  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  24.63 
 
 		 380 aa  72.8  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  25.21 
 
 		 503 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.21 
 
 		 503 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.05 
 
 		 501 aa  66.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.79 
 
 		 503 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  23.63 
 
 		 398 aa  57.8  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  24.18 
 
 		 403 aa  57.4  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  26.94 
 
 		 396 aa  56.6  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  26.52 
 
 		 504 aa  56.6  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  25.74 
 
 		 503 aa  54.7  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  21.78 
 
 		 399 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24 
 
 		 386 aa  52.8  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3271  PepSY-associated TM helix  27.4 
 
 		 373 aa  50.8  0.00006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.359337 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  27.52 
 
 		 376 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2157  putative iron-regulated membrane protein  24.95 
 
 		 504 aa  48.9  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.921249  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0885  hypothetical protein  24.95 
 
 		 504 aa  48.9  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0795  hypothetical protein  24.95 
 
 		 504 aa  48.9  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  22.87 
 
 		 382 aa  48.5  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  40.32 
 
 		 356 aa  48.1  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1877  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.24 
 
 		 395 aa  48.1  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>