153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0618 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  100 
 
 		 547 aa  1113    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  62.72 
 
 		 534 aa  691    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  57.52 
 
 		 529 aa  649    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  62.67 
 
 		 525 aa  694    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  48.45 
 
 		 539 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  49.34 
 
 		 540 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  49.72 
 
 		 539 aa  509  1e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  48.48 
 
 		 539 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  48.67 
 
 		 539 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  33.03 
 
 		 555 aa  290  7e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  29.63 
 
 		 543 aa  219  7e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  29.43 
 
 		 540 aa  206  9e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  30.81 
 
 		 519 aa  199  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  24.57 
 
 		 559 aa  127  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.89 
 
 		 554 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.67 
 
 		 575 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.84 
 
 		 533 aa  117  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.54 
 
 		 575 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  24.85 
 
 		 574 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.97 
 
 		 560 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.09 
 
 		 575 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  26.17 
 
 		 641 aa  114  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.92 
 
 		 560 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.71 
 
 		 547 aa  113  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  26.54 
 
 		 529 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.96 
 
 		 518 aa  112  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.86 
 
 		 525 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  24.95 
 
 		 565 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.62 
 
 		 560 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.42 
 
 		 525 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.81 
 
 		 530 aa  109  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.29 
 
 		 530 aa  109  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.33 
 
 		 526 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.4 
 
 		 525 aa  105  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  22.92 
 
 		 539 aa  105  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  25.6 
 
 		 506 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  26.04 
 
 		 506 aa  102  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.02 
 
 		 570 aa  100  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.86 
 
 		 541 aa  100  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  24.12 
 
 		 538 aa  100  7e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  23.17 
 
 		 540 aa  99.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.06 
 
 		 534 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24 
 
 		 534 aa  99  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  27.18 
 
 		 521 aa  97.8  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.22 
 
 		 529 aa  96.7  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  25.34 
 
 		 543 aa  95.9  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  25.27 
 
 		 546 aa  95.1  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.48 
 
 		 562 aa  93.6  9e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  28.15 
 
 		 542 aa  92.8  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.25 
 
 		 556 aa  92.4  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  24.33 
 
 		 542 aa  92  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.15 
 
 		 575 aa  89.7  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.35 
 
 		 557 aa  89  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.29 
 
 		 551 aa  88.6  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  25.67 
 
 		 519 aa  87.4  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.38 
 
 		 374 aa  84.7  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  23.93 
 
 		 536 aa  85.1  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  22.98 
 
 		 519 aa  83.2  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.68 
 
 		 506 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.66 
 
 		 539 aa  81.6  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  23.82 
 
 		 524 aa  79.7  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.06 
 
 		 571 aa  78.6  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  22.88 
 
 		 529 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  22.68 
 
 		 496 aa  77  0.0000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  22.99 
 
 		 627 aa  77  0.0000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.63 
 
 		 507 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  25.36 
 
 		 476 aa  76.6  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  23.91 
 
 		 550 aa  75.9  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  25.32 
 
 		 545 aa  73.2  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.55 
 
 		 506 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  22.05 
 
 		 497 aa  70.9  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.31 
 
 		 376 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  23.97 
 
 		 371 aa  68.6  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  23.31 
 
 		 559 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.27 
 
 		 559 aa  67  0.0000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  24.37 
 
 		 376 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.31 
 
 		 370 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  22.86 
 
 		 377 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  24.3 
 
 		 377 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.05 
 
 		 387 aa  64.7  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0377  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.56 
 
 		 370 aa  64.7  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  21.99 
 
 		 396 aa  64.3  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  21.78 
 
 		 553 aa  63.5  0.000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  23.51 
 
 		 560 aa  62  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  21.48 
 
 		 459 aa  62.4  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.59 
 
 		 560 aa  62.4  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0349  PepSY-associated TM helix domain protein  23.19 
 
 		 370 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.472223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.84 
 
 		 377 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1737  hypothetical protein  21.68 
 
 		 380 aa  62  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.396154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2069  PepSY-associated TM helix domain protein  21.7 
 
 		 397 aa  62  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.17 
 
 		 559 aa  60.5  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  27.34 
 
 		 502 aa  60.1  0.00000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  27.17 
 
 		 840 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3271  PepSY-associated TM helix  22.48 
 
 		 373 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.359337 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.28 
 
 		 501 aa  57.8  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0219  hypothetical protein  30.67 
 
 		 180 aa  57.8  0.0000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  25.46 
 
 		 382 aa  57.8  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4265  PepSY-associated TM helix domain protein  22.47 
 
 		 380 aa  57.4  0.0000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.312937 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2081  PepSY-associated TM helix domain protein  23.82 
 
 		 381 aa  57.4  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4375  PepSY-associated TM helix domain protein  22.47 
 
 		 380 aa  57.4  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.170457 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>