177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4119 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 
530 aa  1063    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  98.68 
 
 
530 aa  1052    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  90.37 
 
 
538 aa  919    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  64.53 
 
 
539 aa  633  1e-180  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  51.26 
 
 
507 aa  457  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  46.07 
 
 
545 aa  398  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  47.81 
 
 
542 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.6 
 
 
575 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.93 
 
 
575 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39 
 
 
554 aa  378  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  39.42 
 
 
565 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.42 
 
 
575 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  45.6 
 
 
539 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  43.33 
 
 
529 aa  369  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.49 
 
 
534 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  41.96 
 
 
521 aa  368  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.68 
 
 
534 aa  368  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  37.89 
 
 
559 aa  361  2e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.41 
 
 
560 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.23 
 
 
560 aa  356  6.999999999999999e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.97 
 
 
547 aa  355  1e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.05 
 
 
560 aa  353  4e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  45.8 
 
 
575 aa  351  2e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.78 
 
 
556 aa  350  5e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.89 
 
 
526 aa  347  3e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.91 
 
 
570 aa  344  2e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.36 
 
 
541 aa  343  4e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  43.71 
 
 
476 aa  342  1e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.66 
 
 
529 aa  342  1e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  44.25 
 
 
542 aa  341  2e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  41.94 
 
 
540 aa  339  7e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  41.6 
 
 
536 aa  337  3.9999999999999995e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.77 
 
 
506 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  43.45 
 
 
524 aa  333  4e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.16 
 
 
525 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.1 
 
 
525 aa  329  8e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.86 
 
 
506 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  36.96 
 
 
574 aa  324  3e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.45 
 
 
562 aa  323  5e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  35.3 
 
 
543 aa  323  6e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  40.39 
 
 
641 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  41.3 
 
 
550 aa  318  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.5 
 
 
551 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  35.54 
 
 
519 aa  281  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  41.51 
 
 
560 aa  273  5.000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  36.64 
 
 
627 aa  269  8.999999999999999e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.15 
 
 
560 aa  267  4e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  36.87 
 
 
506 aa  263  8e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  37.1 
 
 
506 aa  260  4e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  38.03 
 
 
553 aa  258  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.73 
 
 
571 aa  253  5.000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  32.05 
 
 
529 aa  249  1e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  34.29 
 
 
519 aa  243  7.999999999999999e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  30.57 
 
 
559 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  33.98 
 
 
557 aa  207  5e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.38 
 
 
559 aa  204  3e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  30.19 
 
 
559 aa  204  4e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.55 
 
 
533 aa  162  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26 
 
 
525 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  28.52 
 
 
519 aa  134  3.9999999999999996e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.22 
 
 
518 aa  133  9e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  25.32 
 
 
543 aa  127  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  28.33 
 
 
496 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  24.63 
 
 
540 aa  118  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  26.05 
 
 
546 aa  118  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  27.03 
 
 
527 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.23 
 
 
539 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.99 
 
 
539 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  24.29 
 
 
547 aa  109  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  24.76 
 
 
539 aa  105  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  24.72 
 
 
539 aa  103  6e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  24.57 
 
 
497 aa  99.8  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.69 
 
 
540 aa  99  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  20.19 
 
 
534 aa  96.7  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.56 
 
 
374 aa  96.3  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.19 
 
 
525 aa  95.5  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  32.66 
 
 
387 aa  92.4  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  23.35 
 
 
555 aa  89.7  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  28.23 
 
 
503 aa  88.2  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  27.98 
 
 
502 aa  87.4  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  26.45 
 
 
503 aa  87.4  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.45 
 
 
503 aa  87.4  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.91 
 
 
501 aa  87  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0885  hypothetical protein  27.74 
 
 
504 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2157  putative iron-regulated membrane protein  27.74 
 
 
504 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.921249  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0795  hypothetical protein  27.74 
 
 
504 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  27.65 
 
 
504 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  24.62 
 
 
425 aa  84.3  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.34 
 
 
503 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.47 
 
 
529 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  24.15 
 
 
403 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  24.28 
 
 
403 aa  71.2  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  21.08 
 
 
380 aa  68.9  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  24.73 
 
 
407 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  22.64 
 
 
381 aa  67.4  0.0000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  27.31 
 
 
410 aa  67.4  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  23.99 
 
 
444 aa  66.6  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.7 
 
 
385 aa  66.6  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  22.59 
 
 
408 aa  66.6  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  22.19 
 
 
391 aa  66.6  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>