165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3524 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  82.16 
 
 
540 aa  855    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  100 
 
 
542 aa  1087    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  75.05 
 
 
539 aa  772    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  64.79 
 
 
575 aa  624  1e-177  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  60.32 
 
 
536 aa  568  1e-161  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  45.45 
 
 
521 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  46.38 
 
 
545 aa  407  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  44.69 
 
 
529 aa  402  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.47 
 
 
525 aa  382  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  44.2 
 
 
542 aa  375  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  45.53 
 
 
550 aa  369  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  42.45 
 
 
641 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.29 
 
 
526 aa  362  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.1 
 
 
525 aa  362  9e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  36.21 
 
 
543 aa  356  5.999999999999999e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  44.24 
 
 
538 aa  353  4e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  42.37 
 
 
524 aa  352  1e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.83 
 
 
530 aa  348  1e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.83 
 
 
530 aa  346  7e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.09 
 
 
562 aa  336  5.999999999999999e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  45.2 
 
 
539 aa  322  8e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.17 
 
 
534 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  34.44 
 
 
554 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.17 
 
 
534 aa  318  1e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.58 
 
 
560 aa  318  1e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.58 
 
 
560 aa  316  6e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.4 
 
 
560 aa  316  6e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  34.84 
 
 
575 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.02 
 
 
575 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  34.84 
 
 
565 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  34.66 
 
 
575 aa  312  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  34.95 
 
 
559 aa  309  9e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.52 
 
 
551 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.75 
 
 
570 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.5 
 
 
529 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.3 
 
 
556 aa  307  3e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  42.57 
 
 
476 aa  303  4.0000000000000003e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.8 
 
 
547 aa  301  1e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.74 
 
 
506 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.74 
 
 
506 aa  292  8e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.53 
 
 
507 aa  283  8.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.56 
 
 
571 aa  282  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.28 
 
 
541 aa  279  9e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  38.55 
 
 
519 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  37.27 
 
 
627 aa  270  2.9999999999999997e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  33.39 
 
 
574 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  36.07 
 
 
506 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  41.46 
 
 
560 aa  268  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  33.4 
 
 
529 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  37.92 
 
 
506 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  36.36 
 
 
553 aa  251  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.84 
 
 
560 aa  250  4e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  32.44 
 
 
557 aa  230  4e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  33.91 
 
 
519 aa  229  8e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  30.02 
 
 
559 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.54 
 
 
559 aa  198  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.54 
 
 
559 aa  196  7e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  28.88 
 
 
543 aa  143  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  28.9 
 
 
519 aa  141  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.64 
 
 
525 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.81 
 
 
374 aa  127  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  27.2 
 
 
540 aa  126  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.21 
 
 
533 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.36 
 
 
518 aa  116  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.75 
 
 
387 aa  110  8.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  23.3 
 
 
546 aa  110  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  25.7 
 
 
555 aa  101  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  22.88 
 
 
534 aa  100  8e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.91 
 
 
525 aa  100  9e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.26 
 
 
501 aa  99.8  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  25.1 
 
 
547 aa  98.6  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  24.81 
 
 
496 aa  94  6e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  24.94 
 
 
527 aa  91.3  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  24.62 
 
 
539 aa  87.8  5e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  22.67 
 
 
497 aa  86.7  9e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  26.48 
 
 
503 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.48 
 
 
503 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.65 
 
 
539 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.77 
 
 
539 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.48 
 
 
503 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  26.68 
 
 
503 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  25.06 
 
 
539 aa  80.9  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  25.8 
 
 
380 aa  80.1  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.1 
 
 
540 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  24.42 
 
 
502 aa  77.4  0.0000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.46 
 
 
425 aa  74.3  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  23.91 
 
 
399 aa  71.6  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1143  PepSY-associated TM helix  23.43 
 
 
377 aa  71.2  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.193504  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  24.57 
 
 
405 aa  70.5  0.00000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.16 
 
 
376 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5242  PepSY-associated TM helix domain protein  26.57 
 
 
433 aa  70.1  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.816011 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5317  PepSY-associated TM helix domain protein  26.56 
 
 
430 aa  67.8  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1822  PepSY-associated TM helix family protein  25.92 
 
 
504 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.84 
 
 
529 aa  67  0.0000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4775  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.27 
 
 
433 aa  66.6  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.15009  normal  0.939836 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  22.89 
 
 
410 aa  66.2  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2157  putative iron-regulated membrane protein  24.27 
 
 
504 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.921249  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0885  hypothetical protein  24.27 
 
 
504 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0795  hypothetical protein  24.27 
 
 
504 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.56 
 
 
369 aa  65.9  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>