87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1228 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1228  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 263 aa  528  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3565  hypothetical protein  29.15 
 
 		 222 aa  87  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.576229 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3075  TPR repeat-containing protein  29.61 
 
 		 240 aa  75.5  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0440  TPR repeat-containing protein  28.19 
 
 		 272 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1812  TPR repeat-containing protein  32.54 
 
 		 189 aa  60.8  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2959  cellulose binding, type IV  26.92 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2992  TPR repeat-containing protein  33.98 
 
 		 824 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000746825 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4782  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  31.48 
 
 		 746 aa  55.5  0.0000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.20458 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  35.24 
 
 		 685 aa  54.7  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18211  hypothetical protein  30.28 
 
 		 603 aa  55.1  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.905605 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1699  TPR repeat-containing protein  30.93 
 
 		 409 aa  53.9  0.000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.52405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1226  hypothetical protein  30.26 
 
 		 243 aa  52.4  0.000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0441  TPR repeat-containing protein  30 
 
 		 1085 aa  52  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.239248 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  32.89 
 
 		 878 aa  50.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0301  TPR repeat-containing protein  27 
 
 		 1827 aa  50.8  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3340  TPR repeat-containing protein  29.52 
 
 		 828 aa  50.8  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0165  TPR repeat-containing protein  29.52 
 
 		 828 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0585605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1092  TPR repeat-containing protein  33.71 
 
 		 612 aa  51.2  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  27.15 
 
 		 3035 aa  50.1  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1825  TPR repeat-containing protein  28.16 
 
 		 523 aa  50.4  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.578572  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0738  TPR repeat-containing protein  31.46 
 
 		 323 aa  50.4  0.00003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  hitchhiker  0.00630781  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7095  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.56 
 
 		 354 aa  50.4  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.524118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0911  TPR domain-containing protein  26.8 
 
 		 714 aa  50.4  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.55611 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  33.06 
 
 		 1676 aa  50.1  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0152  TPR repeat-containing protein  29.52 
 
 		 828 aa  49.7  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0541  TPR repeat-containing protein  27.44 
 
 		 190 aa  49.7  0.00005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.555978  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1683  TPR repeat-containing protein  32.29 
 
 		 362 aa  49.3  0.00006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1840  TPR repeat-containing protein  29.81 
 
 		 3560 aa  48.9  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2349  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 649 aa  48.5  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0186841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  31.53 
 
 		 637 aa  48.1  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15741  hypothetical protein  28.33 
 
 		 514 aa  48.1  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.354121 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0639  TPR repeat-containing protein  31.91 
 
 		 542 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23400  TPR repeat-containing protein  25.21 
 
 		 183 aa  48.5  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000457247  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1220  TPR repeat-containing protein  27.07 
 
 		 609 aa  47.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00113386  hitchhiker  0.00622178 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1211  TPR domain/sulfotransferase domain protein  32.95 
 
 		 695 aa  48.1  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3339  TPR repeat-containing protein  29.52 
 
 		 732 aa  47.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.469864 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4628  TPR repeat-containing protein  27.84 
 
 		 714 aa  47  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.342126 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0637  TPR repeat-containing protein  25.76 
 
 		 4489 aa  47  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18201  hypothetical protein  31.25 
 
 		 430 aa  47  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.48017 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  30.85 
 
 		 718 aa  47.4  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0164  TPR repeat-containing protein  27.93 
 
 		 833 aa  46.6  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.863115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  32.21 
 
 		 810 aa  46.6  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0641  TPR repeat-containing protein  27.43 
 
 		 1094 aa  46.6  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.230386  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0661  TPR repeat-containing methyltransferase  27.88 
 
 		 561 aa  46.6  0.0004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.25847  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  32.26 
 
 		 594 aa  46.6  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0151  TPR repeat-containing protein  28.04 
 
 		 833 aa  46.6  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4040  TPR repeat-containing protein  28.77 
 
 		 226 aa  46.2  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19131  hypothetical protein  27.27 
 
 		 936 aa  46.2  0.0006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.105709 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  32.04 
 
 		 816 aa  46.2  0.0006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1516  tetratricopeptide repeat family protein  27.88 
 
 		 561 aa  46.2  0.0006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0213  TPR repeat-containing protein  27.84 
 
 		 409 aa  45.8  0.0007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0901  TPR repeat-containing protein  27.84 
 
 		 409 aa  45.8  0.0007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18191  hypothetical protein  30 
 
 		 425 aa  45.4  0.0008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.888115 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4770  sulfotransferase  28.68 
 
 		 887 aa  45.8  0.0008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.185793 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8213  TPR repeat-containing protein  23.97 
 
 		 392 aa  45.8  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0720948  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02811  hypothetical protein  31.45 
 
 		 837 aa  45.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.370164 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2383  TPR repeat-containing protein  28.79 
 
 		 1421 aa  45.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.823331 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4342  TPR repeat-containing protein  32.14 
 
 		 1406 aa  45.4  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  29.84 
 
 		 681 aa  45.4  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1568  hypothetical protein  27.03 
 
 		 820 aa  45.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0121  TPR repeat-containing protein  30.21 
 
 		 576 aa  43.9  0.002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.416255 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  26.21 
 
 		 543 aa  44.3  0.002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5021  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.05 
 
 		 295 aa  44.3  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.667321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  27.94 
 
 		 875 aa  44.7  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0200  TPR repeat-containing protein  26.53 
 
 		 505 aa  43.9  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  21.54 
 
 		 818 aa  44.3  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  29.45 
 
 		 3301 aa  43.9  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.326818 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23981  hypothetical protein  27.27 
 
 		 587 aa  43.5  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2853  TPR repeat-containing protein  29.73 
 
 		 3172 aa  43.9  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19711  hypothetical protein  31.63 
 
 		 865 aa  43.5  0.003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.372007  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  28.24 
 
 		 864 aa  43.5  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  30.86 
 
 		 4079 aa  43.1  0.004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3199  TPR repeat-containing protein  24 
 
 		 565 aa  42.7  0.005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.714786  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1342  TPR repeat-containing protein  26.8 
 
 		 391 aa  43.1  0.005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28481  hypothetical protein  28.07 
 
 		 462 aa  42.7  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1499  TPR repeat-containing protein  28.93 
 
 		 620 aa  42.7  0.006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0511559 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0783  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.28 
 
 		 542 aa  42.4  0.007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3556  TPR repeat-containing protein  25.27 
 
 		 291 aa  42.4  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.276509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3808  TPR repeat-containing protein  35.23 
 
 		 578 aa  42.4  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.556982 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2993  TPR repeat-containing protein  28.16 
 
 		 789 aa  42.4  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312978 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3330  TPR repeat-containing protein  23.42 
 
 		 1038 aa  42.4  0.008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1782  TPR repeat-containing protein  27.08 
 
 		 542 aa  42.4  0.008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.300078  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2825  Methyltransferase type 12  27.14 
 
 		 436 aa  42.4  0.008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0516  TPR repeat-containing protein  32.74 
 
 		 673 aa  42.4  0.009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000776603  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  33.71 
 
 		 750 aa  42  0.009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28501  hypothetical protein  29.91 
 
 		 706 aa  42  0.009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0416  1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase  26.53 
 
 		 541 aa  42  0.01  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>