More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4648 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4648  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 102 aa  202  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 246 aa  69.3  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 246 aa  69.3  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 243 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  53.03 
 
 		 246 aa  64.7  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 241 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 241 aa  62.4  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 247 aa  61.6  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 245 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 262 aa  60.8  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  50.88 
 
 		 222 aa  60.5  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  40.58 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  39.44 
 
 		 235 aa  59.7  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  49.12 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 244 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 260 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  41.1 
 
 		 230 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 219 aa  58.2  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  46.15 
 
 		 234 aa  57.8  0.00000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  43.28 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 253 aa  56.6  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  41.79 
 
 		 249 aa  55.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  41.79 
 
 		 249 aa  55.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  43.28 
 
 		 239 aa  55.1  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  50 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 235 aa  54.3  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  42.47 
 
 		 244 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 251 aa  53.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 219 aa  53.1  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 242 aa  52.4  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.99 
 
 		 266 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  37.68 
 
 		 224 aa  52.4  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.99 
 
 		 231 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  42.42 
 
 		 227 aa  52  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.99 
 
 		 231 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  47.06 
 
 		 223 aa  52  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3123  transcriptional regulator, GntR family  42.42 
 
 		 219 aa  52  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 217 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  37.68 
 
 		 224 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0705  transcriptional regulator, GntR family  48.28 
 
 		 243 aa  50.8  0.000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000407645 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  45.45 
 
 		 236 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  42.19 
 
 		 226 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 235 aa  50.4  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 247 aa  50.4  0.000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0223  transcriptional regulator, GntR family  41.98 
 
 		 233 aa  50.4  0.000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 235 aa  50.4  0.000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  45.61 
 
 		 238 aa  50.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0205  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 268 aa  49.7  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.134484 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 245 aa  50.1  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4995  GntR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 254 aa  49.7  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0093  GntR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 216 aa  48.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1872  GntR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 318 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.345922  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  40.54 
 
 		 243 aa  49.3  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 222 aa  48.9  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 221 aa  49.3  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 245 aa  49.3  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 230 aa  49.3  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 260 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3949  transcriptional regulator, GntR family  42.62 
 
 		 234 aa  48.9  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  39.71 
 
 		 226 aa  48.5  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  39.71 
 
 		 238 aa  48.5  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2641  GntR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 216 aa  48.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0981  GntR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 228 aa  48.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2081  GntR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 366 aa  48.1  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3711  GntR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 228 aa  48.1  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1432  GntR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 239 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0457  GntR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 239 aa  47.8  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6491  transcriptional regulator, GntR family  44.44 
 
 		 239 aa  47.8  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 229 aa  47.8  0.00005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  37.04 
 
 		 224 aa  47.8  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2181  GntR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 228 aa  47.8  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.79016  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1829  GntR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 246 aa  47.8  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 245 aa  47.8  0.00005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0554  GntR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 239 aa  47.8  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2259  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 250 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2081  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 250 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5281  GntR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 234 aa  47.8  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0412197 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0236  GntR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 228 aa  47.4  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 225 aa  47.8  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.76 
 
 		 226 aa  47.4  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9612  transcriptional regulatory protein  39.66 
 
 		 222 aa  47.8  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.350752  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2405  transcriptional regulator GntR  39.71 
 
 		 250 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.146644  normal  0.768585 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3236  GntR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 250 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5097  GntR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 216 aa  47.4  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 219 aa  47.4  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2671  transcriptional regulator, GntR family  39.71 
 
 		 250 aa  47  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0107111  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2025  transcriptional regulator, GntR family  41.54 
 
 		 232 aa  47  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00234923  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 215 aa  47  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  48.98 
 
 		 216 aa  47  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 215 aa  47  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 247 aa  47  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 231 aa  47  0.00008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4133  GntR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 231 aa  47  0.00009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 241 aa  46.6  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  45.16 
 
 		 246 aa  46.2  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 230 aa  47  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 245 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 252 aa  46.2  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>