More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3536 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 247 aa  505  9.999999999999999e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2188  GntR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 224 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1295  GntR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 239 aa  142  6e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0845  GntR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 231 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64820  putative transcriptional regulator  40.58 
 
 		 237 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00305784  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2906  transcriptional regulator VanR  38.18 
 
 		 236 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118956  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2710  transcriptional regulator GntR  37.73 
 
 		 236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0839086  normal  0.32208 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5629  putative transcriptional regulator  40.58 
 
 		 237 aa  125  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2168  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 237 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0196493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2134  GntR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 240 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.777086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2043  GntR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 237 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3738  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 237 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6553  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 233 aa  116  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.697702 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2025  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 244 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6983  GntR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 243 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1336  GntR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0345  GntR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 238 aa  113  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5155  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 273 aa  112  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal  0.249121 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3123  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 233 aa  109  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00780857  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3386  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 264 aa  108  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.020999 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2731  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 261 aa  108  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000186795  normal  0.0139063 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1746  transcriptional regulator, GntR family  36.65 
 
 		 257 aa  107  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1138  GntR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128923 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  34.8 
 
 		 244 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  32.23 
 
 		 214 aa  104  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 265 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3215  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 256 aa  102  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0184388 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1372  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6551  transcriptional regulator, GntR family  34.07 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0264715  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  30.5 
 
 		 226 aa  99  6e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 223 aa  98.6  8e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 247 aa  97.8  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  33.33 
 
 		 224 aa  97.1  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5559  transcriptional regulator GntR family  32.89 
 
 		 252 aa  97.1  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2185  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 251 aa  96.7  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  32.16 
 
 		 228 aa  97.1  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4322  GntR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 252 aa  96.3  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 227 aa  95.9  5e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 258 aa  95.9  5e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 234 aa  95.9  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  36.68 
 
 		 223 aa  95.5  6e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 255 aa  95.9  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 255 aa  95.9  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 262 aa  95.5  7e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  30.04 
 
 		 222 aa  95.1  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 229 aa  95.1  9e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 233 aa  94.4  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 242 aa  94.7  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1907  GntR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 251 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.128765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  36.22 
 
 		 238 aa  94.4  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 223 aa  94.7  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  35.15 
 
 		 248 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 255 aa  94  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 255 aa  94  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3788  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 238 aa  94.4  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 226 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  34.13 
 
 		 225 aa  93.2  3e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 247 aa  92.8  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 267 aa  92  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  29.15 
 
 		 222 aa  92  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0535  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 256 aa  91.7  9e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0372585 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3719  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 232 aa  91.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329499  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4140  transcriptional regulator, GntR family  30.41 
 
 		 251 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.183104  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 211 aa  91.3  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 262 aa  91.7  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 262 aa  91.7  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0459  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 235 aa  90.9  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 228 aa  90.5  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 238 aa  90.9  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 217 aa  90.5  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 241 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1351  GntR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 252 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0399  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 235 aa  90.9  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.333354  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 227 aa  90.9  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 228 aa  90.9  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 222 aa  90.1  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 243 aa  89.7  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 241 aa  89.7  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 242 aa  89.7  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 248 aa  89.4  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  31.44 
 
 		 240 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 226 aa  89  6e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  34.43 
 
 		 230 aa  89  6e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 239 aa  88.6  7e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  31.44 
 
 		 240 aa  89  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 239 aa  88.6  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 231 aa  88.6  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 223 aa  88.6  9e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 206 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 218 aa  87.8  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 234 aa  88.2  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 223 aa  87.8  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 222 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4691  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 233 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.517604  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0307  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 234 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  35.23 
 
 		 249 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  33.96 
 
 		 230 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 242 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  27.2 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>