More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2906 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2906  transcriptional regulator VanR  100 
 
 		 236 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118956  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2710  transcriptional regulator GntR  92.37 
 
 		 236 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0839086  normal  0.32208 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3738  GntR family transcriptional regulator  81.97 
 
 		 237 aa  377  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2025  GntR family transcriptional regulator  81.97 
 
 		 244 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2168  GntR family transcriptional regulator  81.55 
 
 		 237 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0196493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2043  GntR family transcriptional regulator  81.55 
 
 		 237 aa  374  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5629  putative transcriptional regulator  71.49 
 
 		 237 aa  318  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64820  putative transcriptional regulator  71.95 
 
 		 237 aa  317  9e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00305784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1295  GntR family transcriptional regulator  62.13 
 
 		 239 aa  298  4e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0845  GntR family transcriptional regulator  57.01 
 
 		 231 aa  258  4e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0345  GntR family transcriptional regulator  51.83 
 
 		 238 aa  225  4e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1336  GntR family transcriptional regulator  48.4 
 
 		 246 aa  203  2e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6553  GntR family transcriptional regulator  46.89 
 
 		 233 aa  174  7e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.697702 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6983  GntR family transcriptional regulator  45.5 
 
 		 243 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3215  GntR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 256 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0184388 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2134  GntR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 240 aa  155  7e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.777086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5155  GntR family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 273 aa  151  8.999999999999999e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal  0.249121 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3123  GntR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 233 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00780857  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1372  GntR family transcriptional regulator  44.39 
 
 		 242 aa  149  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3788  GntR family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 238 aa  148  6e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1907  GntR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 251 aa  143  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.128765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4140  transcriptional regulator, GntR family  40.1 
 
 		 251 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.183104  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1138  GntR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 242 aa  141  7e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128923 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3386  GntR family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.020999 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2185  GntR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 251 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2731  GntR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 261 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000186795  normal  0.0139063 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2188  GntR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 224 aa  131  7.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1746  transcriptional regulator, GntR family  39.65 
 
 		 257 aa  130  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 247 aa  130  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5559  transcriptional regulator GntR family  37.21 
 
 		 252 aa  124  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1351  GntR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 252 aa  118  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6551  transcriptional regulator, GntR family  36.59 
 
 		 250 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0264715  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 		 226 aa  95.5  7e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 235 aa  89.4  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 242 aa  86.3  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0535  GntR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 256 aa  86.3  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0372585 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  34.39 
 
 		 256 aa  85.5  7e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 240 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 241 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 242 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 228 aa  82  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  34.33 
 
 		 217 aa  82  0.000000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 214 aa  81.6  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 234 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 242 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 234 aa  81.6  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  33.18 
 
 		 240 aa  81.6  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 223 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 232 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  31.11 
 
 		 239 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4322  GntR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 252 aa  80.5  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  33.99 
 
 		 263 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 235 aa  79.3  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 242 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  33.99 
 
 		 263 aa  79.7  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 224 aa  79.7  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 242 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 227 aa  79.3  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  35.71 
 
 		 237 aa  79  0.00000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 241 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 227 aa  78.6  0.00000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17540  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 224 aa  78.2  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.615531  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 234 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 225 aa  77.8  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  29.11 
 
 		 214 aa  77.8  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  30.22 
 
 		 232 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 253 aa  77  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  32.06 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  31.8 
 
 		 239 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  28.02 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 221 aa  76.6  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  30.66 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 233 aa  76.3  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  26.27 
 
 		 229 aa  75.9  0.0000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  37.59 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 238 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6620  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 207 aa  75.5  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0364591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 238 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 247 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  31.9 
 
 		 258 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 255 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 275 aa  74.7  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 219 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 237 aa  74.3  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 219 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 233 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3363  transcriptional regulator, GntR family  34.5 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  31.08 
 
 		 240 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  31.42 
 
 		 240 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>