More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2731 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2731  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 261 aa  516  1.0000000000000001e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000186795  normal  0.0139063 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1746  transcriptional regulator, GntR family  73.97 
 
 		 257 aa  355  2.9999999999999997e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3386  GntR family transcriptional regulator  68.09 
 
 		 264 aa  333  2e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.020999 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1351  GntR family transcriptional regulator  65.2 
 
 		 252 aa  294  1e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1907  GntR family transcriptional regulator  60.36 
 
 		 251 aa  270  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.128765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4140  transcriptional regulator, GntR family  56.02 
 
 		 251 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.183104  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2185  GntR family transcriptional regulator  61.06 
 
 		 251 aa  265  5.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3215  GntR family transcriptional regulator  54.8 
 
 		 256 aa  255  5e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0184388 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1138  GntR family transcriptional regulator  57.26 
 
 		 242 aa  254  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128923 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6551  transcriptional regulator, GntR family  50.85 
 
 		 250 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0264715  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5559  transcriptional regulator GntR family  48.29 
 
 		 252 aa  196  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2134  GntR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 240 aa  185  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.777086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5155  GntR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 273 aa  177  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal  0.249121 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6983  GntR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 243 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1295  GntR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 239 aa  166  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1336  GntR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 246 aa  162  6e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0845  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 231 aa  162  6e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3738  GntR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 237 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2025  GntR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2168  GntR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 237 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0196493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5629  putative transcriptional regulator  44.5 
 
 		 237 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2043  GntR family transcriptional regulator  42 
 
 		 237 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64820  putative transcriptional regulator  45 
 
 		 237 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00305784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6553  GntR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 233 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.697702 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3123  GntR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 233 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00780857  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0345  GntR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 238 aa  141  9e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2710  transcriptional regulator GntR  41.5 
 
 		 236 aa  139  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0839086  normal  0.32208 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2906  transcriptional regulator VanR  39.02 
 
 		 236 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118956  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2188  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 224 aa  129  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1372  GntR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 242 aa  125  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3788  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 238 aa  116  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 247 aa  108  8.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4322  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 252 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0535  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 256 aa  99  6e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0372585 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 227 aa  96.7  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 223 aa  95.5  8e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 237 aa  94.7  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 230 aa  94  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  34.47 
 
 		 232 aa  93.2  4e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 233 aa  92.4  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 233 aa  92.4  7e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 233 aa  92.4  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  31 
 
 		 233 aa  92  9e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 235 aa  92  9e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  32.29 
 
 		 221 aa  91.7  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  30.48 
 
 		 225 aa  90.9  2e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  35.44 
 
 		 293 aa  90.5  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 		 223 aa  90.1  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 222 aa  89.7  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 251 aa  89.7  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 233 aa  89.7  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 231 aa  89.4  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  30.52 
 
 		 231 aa  89  7e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  34.8 
 
 		 231 aa  89  8e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 214 aa  87.8  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4772  transcriptional regulator, GntR family  31.1 
 
 		 235 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.100134 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 222 aa  87.4  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  32.18 
 
 		 263 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 223 aa  86.7  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  32.16 
 
 		 227 aa  86.7  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 254 aa  86.7  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  32.18 
 
 		 263 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 234 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  30.05 
 
 		 214 aa  86.3  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 235 aa  86.3  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 223 aa  86.3  5e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  32.08 
 
 		 229 aa  85.9  6e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 234 aa  85.5  7e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 246 aa  84.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 233 aa  84.7  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 238 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  30.73 
 
 		 240 aa  85.1  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  28.14 
 
 		 228 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  28.87 
 
 		 240 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0602  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 220 aa  84  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0180782  normal  0.364212 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  35.19 
 
 		 217 aa  83.6  0.000000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  28.87 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  28.51 
 
 		 256 aa  83.2  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  29.96 
 
 		 274 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 241 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 255 aa  82.4  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1978  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 222 aa  82.4  0.000000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 243 aa  82  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 		 219 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 248 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 255 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 231 aa  81.6  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 238 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 255 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 240 aa  80.5  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  27.5 
 
 		 226 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 232 aa  79.7  0.00000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 255 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 262 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 262 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>